731部隊是在抗日戰爭和二戰期間，日軍從事生物戰細菌戰研究和人體試驗研究的秘密軍事醫療部隊的代稱，偽裝為關東軍第659部隊下之第731防疫飲水淨化部隊，直屬於日本陸軍軍醫學校防疫研究室，基地在哈爾濱附近的平房區。
其研究內容主要是使用活體人類進行生物武器與化學武器的效果實驗。731部隊把活人稱為“馬路大”、“木頭”、“丸太”，用活人進行的各種試驗，方法五花八門，手段極其殘忍。
為了觀察人被細菌感染的病變過程和各類細菌的效能，他們把含有各種細菌的溶液注入被試驗者的靜脈內；把菌液加入飯食、瓜果和水中，讓被試驗者食用或飲用；對女性進行梅毒傳染試驗；用試製的各種小型細菌武器對活人進行實地試驗。
為觀察人凍傷程度，將被試驗者的手腳冷凍，分別插入冷水、溫水和開水中解凍；將被試驗者關進密閉室進行各類毒氣實驗；將馬血注入人體，觀察血液的變化；將被試驗者手、腳、肝、脾、胃進行移植手術試驗。
731的手段極其殘忍，行為及其野蠻，令人髮指。直接用活人進行各種試驗，被試驗者只有死路一條。
731部隊進行過“真空環境實驗”，將被試驗者塞進密封室，進行真空窒息而死試驗，以測量在真空中人體的抵抗限度。
1945年春天，關東軍強迫東北群眾捕田鼠30萬隻。許多學校停課，學生終日在野外捕捉田鼠，捉來的田鼠用來培養鼠疫菌苗。
731部隊將試驗的結果用於戰爭，製成各種細菌武器和化學武器。他們生產細菌武器的能力，每月可培養出300公斤鼠疫菌、600公斤炭疽熱菌，1000公斤霍亂菌。據戰後的估計，731部隊所生產的細菌，數量足夠殺死全人類。
1939年，關東軍同蘇聯紅軍爆發戰爭，關東軍屢受挫折，731部隊奉命參戰。
7月13日，731部隊長石井四郎派出敢死隊員22人，攜帶裝有各種細菌的容器，在中蒙邊界的哈拉哈河，施放了鼻炭疽、傷寒、霍亂、鼠疫等細菌溶液22.5公斤。
日軍還向蘇軍陣地發射了裝有細菌的炮彈，致使這一地區爆發傳染病疫情。日軍也因引用被汙染的河水、吸入風吹來的細菌和食用被感染的獵物，有1000多步兵被感染而死亡，日軍不敢聲張，石井部隊還受到關東軍司令的特別嘉獎。
1943年夏秋時節，日軍駐濟南細菌戰部隊掘開衛河大堤，播撒霍亂病菌，致使魯西北、河北南部、河南北部霍亂流行，據估計至少有20至30萬人感染霍亂。
731部隊和慰安婦的惡行、南京大屠殺的暴行等等，是抹不掉的，這些把日本永遠地釘在了歷史的恥辱柱上。
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