明洪武元年八月，明將徐達又攻佔元大都，改名北平，並改元大都路曰北平府。同時省潞縣入通州，從此潞縣之名變成歷史地名。通、漷二州俱隸北平府。
永樂元年正月，以北平為北京，改北平府曰順天府。此後通州及所領四縣均屬順天府。清順治十六年，省漷縣入通州，時通州領三河、武清、寶坻三縣。
民國元年改順天府為京兆地方，通州改名通縣屬之。民國十七年廢京兆，通縣直屬河北省。1958年3月7日，通縣、通州市劃歸北京市。
清末漕運終止；八國聯軍燒掠，通州城內官署民居精華火毀殆盡；1912年、1920 年、1926年、1937年又連遭戰火洗劫，致使百業凋零、滿目瘡痍。新中國成立後，為了改善市容環境，通縣政府於1952年將通州古城拆除。
燃燈佛舍利塔坐落於通州區北部區域，該塔始建於南北朝北周宇文時期，距今已有1400多年曆史。清康熙十八年因地震塔身傾圮，康熙三十年重建。
1900年，八國聯軍時又遭破壞。1976年唐山地震使塔下蓮座震壞，塔身出現許多裂紋。1985年重修，塔頂蓮座及各層塔簷補鑄銅鈴，復原一新。
小湯山是京北重鎮，素有“溫泉古鎮”之美稱，西北距昌平衛星城東南10公里，南距亞運村17公里，東距首都機場16公里，總面積70.1平方公里，小湯山具有地熱資源豐富的自然優勢。
小湯山溫泉泉水湧溢無窮，水溫較高，水質含多種元素，對治療皮膚病及關節炎和心血管等病尤有特效，50年代建成小湯山療養院。
湯泉行宮修建於康熙五十四年，乾隆年間又進行擴建，形成前面是行宮，後面是御苑的格局。1900年秋毀於八國聯軍的炮火，民國期間袁克定、徐世昌等諸多民國要員在此興建別墅。解放後成為今天的小湯山療養院。【北京通州與小湯山，1936年。資料：東洋文庫】
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