由於忽視飲水機的日常清洗消毒工作，很多飲水機流出的水可能已被“二次汙染”。 因此，一般家庭飲水機使用3—6個月左右就應該進行一次消毒，長期不消毒的飲水機， 即使換上的是新水，水質當天也會被汙染，微生物數量更會急劇增加。
據一項調查顯示，人們腹瀉，嘔吐等很多常見的腸胃病都是由於長期不進行飲水機清洗造成的。所謂病從口入，飲水機的消毒清洗是不可以忽視的！尤其是炎熱的夏天，
絕大多數飲水機的結構一般是由桶裝水的桶頸倒過來放在飲水機的座上，在桶裝水裝上飲水機以後，每放出一升，必定有相應的一升體積的空氣夾帶的灰塵、大腸桿菌，葡萄球菌，黴菌等多種細菌也隨之附著在飲水機內部，此後細菌會在飲水機內不斷繁殖，呈淡黃色，黏滑感。時間一長就可達到危害人體健康的程度。
桶裝水是經過嚴格消毒殺菌的乾淨水，但是由於在儲存、運輸或開封后會接觸到細菌，（特別開封后長時間裝在飲水機上飲用的桶裝水）（一般一桶水一週左右飲完最為適合）。細菌會在飲水機內部繁殖，造成桶裝水的二次汙染。 因為桶頸部分這是與飲水機“聰明座”最緊密接觸的地方。一些廠家對瓶頸部分不嚴格消毒，密封性能不夠，甚至使用劣質瓶蓋，工人在運輸過程中，一提瓶頸，瓶蓋會脫開，使飲水水遭到二次汙染。 
定期清理或找專業清洗很有必要的。
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