中國歷史上曾經有南北朝分裂時期（420-589），而鄰國日本也有南北朝時期，它在鎌倉時代（1185年—1333年）之後，室町時代（（1336年-1573年）之前（1336年-1392年） ，日本同時出現了南、北兩個天皇，並有各自的傳承，是日本歷史上一段分裂時期-南北朝。
後醍醐天皇消滅了鎌倉幕府後，進行了第一次的王政復古，推行新政，史稱建武新政。由於新政未能滿足武士的要求，而且僅僅重用京都的公卿貴族，故引來武士不滿。其中倒幕大將足利尊氏更為不滿，他雖然被賜予天皇名字中的尊字，但他有意開幕府，而後足利尊氏迫後醍醐天皇退位，並立持明院統之光明天皇。光明天皇策封他為徵夷大將軍，建立室町幕府，是為北朝之始。
而後醍醐天皇被迫退位後設法逃出，持著天皇象徵的三神器退往大和（今奈良縣）的吉野，是為南朝，至此南北朝終於形成，又稱為“一天二帝南北京”。經過多次攻防後，南朝勢力衰退，公元1392年，南朝第四代後龜山天皇在室町幕府第三代將軍足利義滿的軍事壓力下，以雙方皇室血統輪流繼位為條件，把三神器交給北朝第五代後小松天皇，至此，日本歷史上長達半個世紀的南北朝時代結束。
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