1、取得的通行費電子發票，左上角沒有“通行費”字樣，“稅率”欄顯示“不徵稅”、“稅額”不顯示金額的通行費電子發票，屬於不徵稅發票，不得申報抵扣。納稅人購進貨物、勞務、服務、無形資產、不動產，取得的增值稅扣稅憑證不符合法律、行政法規或者國務院稅務主管部門有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
2、公司組織銷售代理商舉辦經營年會發生的會議費，屬於銷售費用的範疇;公司組織員工崗位技能培訓發生的會議費，屬於職工教育經費的範疇，都可以抵扣進項稅額;公司替客戶報銷承擔的會議費，屬於業務招待費的範疇，不得抵扣進項稅額。
3、納稅人購進的旅客運輸服務、貸款服務、餐飲服務、居民日常服務和娛樂服務，這些發票都是不允許抵扣增值稅的。輔導期一般納稅人取得的抵扣聯，在稽核比對沒有返回比對結果或比對不符時，其進項稅額也是不允許抵扣的，未收到交叉稽核比對結果的增值稅抵扣憑證留待下期抵扣。
4、增值稅一般納稅人5月1日以後取得的按17%或11%稅率開具的增值稅專用發票、機動車銷售統一發票和海關進口增值稅專用繳款書(含4月30日前開具的)，仍按《國家稅務總局關於進一步明確營改增有關征管問題的公告》規定抵扣進項稅額。
5、納稅人購進貨物或應稅勞務，支付運輸費用，所支付款項的對象，必須與開具抵扣憑證的銷貨單位、提供勞務的單位一致，才能夠申報抵扣進項稅額，票款不一致的情況不能抵扣進項稅。
6、增值稅抵扣不一定非得取得增值稅專用發票，增值稅的抵扣憑證還包括取得的農產品發票，通行費發票以及從境外單位或者個人購進服務、無形資產或者不動產，或者扣繳義務人取得的完稅憑證等。
7、一般納稅人會計核算不健全，或者不能夠提供準確稅務資料的，應當按照銷售額和增值稅稅率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發票。
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