自宋朝建立以後，中原勢弱，北方遊牧及漁獵民族卻十分強盛，最終，宋朝滅亡於蒙元之手，這是中國歷史上第一次全境淪陷於異民族。到了明朝"驅除韃虜，恢復中華"之後，立刻就面臨是否認可元朝正統的問題，而明朝官方對此的態度是十分糾結的，這從明朝對祭祀元世祖忽必烈的態度反覆上就可以看出。
明朝初年，文人士大夫普遍認可元朝是正統王朝。明太祖雖然強調自身"驅除韃虜，恢復中華"的功績，但同時對自身的紅巾軍出身十分忌諱，將反元紅軍定為"盜賊"，而承認元朝是正統。
洪武六年，明朝在南京建立歷代帝王廟，其中共祭祀帝王十六名。這些帝王的選取標準十分嚴格，其中十一人是三皇五帝等上古帝王，秦朝以後的帝王僅有五人，即漢高祖，漢光武帝，唐太宗，宋太祖和元世祖。從這一選擇看，明初不僅承認元朝正統，而且給予很高地位。
明朝在為建廟所撰《敕建歷代帝王廟碑》一文中，解釋了選取入祀帝王的標準，稱讚漢、唐、宋、元四朝為得國正的大一統王朝，其"功德"在西晉、秦朝及隋朝之上。可見此時明朝官方對元朝的看法。
忽必烈
但是此後明人的觀點漸漸發生變化。有記載的第一個對元朝正統提出質疑的文人是著名的方孝孺，他在《釋統》一文中否定了那種認為"地盤大自然就是正統"的功利史觀，提出"取之不以正，使全有天下，亦不可為正"，"夷狄而僭中國……治如苻堅，亦不可繼統矣"。
按照這種觀點，得國不正，地盤再大也不是正統；夷狄出身，不管治理的多好，哪怕像是前秦苻堅一樣仁厚，也不能成為正統。
到了嘉靖年間，徹底否定元朝正統已經成為明朝士大夫的主流觀念，並因此影響到對忽必烈的祭祀。
明成祖遷都北京後，並未新建歷代帝王廟。直到嘉靖九年，才提出要在北京建立歷代帝王廟。此時，對於是否要繼續祭祀元世祖，立即引起了爭論。翰林修撰姚淶上疏"請罷元世祖祀"，稱蒙元"為中國之大仇恥"，"太祖高皇帝，聲罪而掃之，廓中國之妖氛，雪中國之仇恥"，"而今若在胡元故都崇祀元世祖，尤為不可"。
嘉靖皇帝見此，便下詔禮部複議。結果禮部認為仍宜遵循舊制，於是元世祖得以進入嘉靖十一年新建的歷代帝王廟。但是到嘉靖二十四年，禮科右給事中陳裴兩度上疏，強烈要求廢除對元世祖的祭祀，他在上疏中的觀點很能體現當時明朝士人的普遍看法：
胡元為中國之所當驅，是中國決非胡元之所當居矣；中國非胡元之所當居，是胡元 決非中國之所當祀矣。 故必除胡君之祀，而後驅胡之功彰。臣固知祀忽必烈於帝王廟者，非皇祖之本心也，是則當黜也。
明世宗嘉靖皇帝
此次上疏得到禮部認可，未引起任何爭議，嘉靖皇帝表示"元本胡夷"，下詔廢除南北兩京對忽必烈的一切祭祀，毀去其神主，從祀的木華黎等五人也同樣廢除。至此，明朝完成了對蒙元正統論從肯定到否定的轉變。
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