中國進入元朝後的65年後，日本由鎌倉幕府進入了短暫的南北朝時期，日本的南北朝，存在時間為1336年至1392年，存續時間56年。
日本南北朝始於天皇繼承問題，96代後醍醐天皇（1288年－1339年）因哥哥後二條天皇暴病而亡，得以繼承皇位，但是其父也
就是退位的後宇多法皇更偏愛後二條天皇，愛屋及烏，在後伏見天皇的強烈要求和活動下，後醍醐天皇只能被迫將侄子邦良親王立為皇太子，而自己的兒子降為親王。
後醍醐天皇自然心生不滿，越想越膈應，因此與後宇多法皇矛盾漸多，雖說後醍醐天皇已經即位，但實權基本上掌握在他老子的政院手裡。後醍醐天皇是個很有主見的人，豈能甘心淪為傀儡，所以他加強了與鎌倉幕府的聯繫。鎌倉幕府那時候對後宇多法皇退位後還干政的行為也多有不滿，所以在鎌倉幕府的支持下，於1321年廢止了後宇多法皇的政院，讓後醍醐天皇親政。
然而後醍醐天皇不僅僅是要奪回父親那裡的權力，他對幕府的權力也同樣充滿了渴慕，所以藉著朝野上下對鎌倉幕府越來越不滿的形勢，後醍醐天皇開始了倒幕計劃。不幸的是，1324年，鎌倉幕府察覺了後醍醐天皇的計劃，因此，嚴厲處理了後醍醐天皇倚賴的重臣，同時加強了對天皇的監控。
在處理後醍醐天皇的意見上，鎌倉幕府陷入了爭執，後醍醐天皇逃過一劫。經歷此變，後醍醐天皇更加深了倒幕的決心，他四處拉攏貴族，但是效果甚微，兩大皇室系統中大覺寺統的皇親貴胄大多支持邦良皇太子，持明寺統則支持幕府。後醍醐天皇陷入孤立。
邦良親王去世後，鎌倉幕府覺得後醍醐天皇是個隱患，下決心廢掉後醍醐天皇，換作持明寺統的量仁親王繼承天皇之位。
1331年，後醍醐天皇再次計劃倒幕，被身邊人告發，後醍醐天皇只能攜帶代表天皇統治的三神器逃出京都，以比叡山為據點，起兵討幕。舉兵的結果自然顯而易見，幕府仍然佔據著軍事上的絕對優勢，後醍醐天皇城破被逮。押回京都後，後醍醐天皇被廢，
幕府立量仁親王為光嚴天皇，後醍醐天皇本人也流放到了隱岐島。
後醍醐天皇雖說倒幕失敗，但是幕府的腐敗無能也導致了不少親王大名效忠天皇.1333年，後醍醐天皇在被流放兩年後，逃離隱岐島，伯耆國船上山舉兵倒幕。鎌倉幕府派出將軍足利高氏（足利尊氏），也就是後來建立室町幕府的創始人，足利高氏同樣不滿鎌倉幕府已久，在征討途中順勢宣佈脫離幕府，倒向後醍醐天皇。足利高氏率部攻入京都，鎌倉幕後不久後滅亡，後醍醐天皇復位，將光嚴天皇尊為上皇，足利高氏為足利尊氏。後醍醐天皇廢除了幕府，大權獨攬，施行建武新政。
然而其激進的改革、恩賞的不公平、朝令夕改的法令和政策最終導致了新政的失敗。1335年，足利尊氏鎮壓中先代之亂成功，成功後大肆封賞有功之將，儼然另一個幕府。後醍醐天皇威嚴受到踐踏，派將領前去征討，結果大敗。足利尊氏逼近京都，在後醍醐天皇的忠臣楠木正成、北畠顯家領導下，足利尊氏敗走九州島。1336年，足利尊氏在九州島站穩腳跟，在光嚴上皇的旨意下，再次組織兵力壓迫京都。楠木正成建議同足利尊氏和談，被後醍醐天皇拒絕，結果一番大戰，楠木正臣戰死。
足利軍入京後，後醍醐天皇逃往比叡山抵抗。足利尊氏以後醍醐天皇交出三神器為和解條件，後醍醐天皇屈服。足利尊氏讓光嚴上皇開設院政，並由持明院統的光明天皇（光嚴天皇親弟）即位，制定建武式目，開設室町幕府。後醍醐天皇被幽禁於花山院。
後來，後醍醐天皇從花山院逃出，號稱交給足利尊氏的三神器是贗品，他逃到了大和國的吉野（今奈良縣吉野郡吉野町），開設南朝朝廷。自此，日本國的南北朝正式形成。
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