上海考古歷史6000年、建城史700年以來，勤勞勇敢的上海先民不僅篳路襤褸以啟山林，開創了發祥於崧澤文化、廣富林文化的上海史前文明，在順應自然，改造社會的同時，也與入侵自身的病毒（瘟疫）相鬥爭。
唐朝：有旨可依 依法抗疫
唐代，上海地區隸屬江南道（唐貞觀元年置，轄境長江之南）。據史料記載，隋唐五代時期，見諸文獻記錄的瘟疫共有 50 多次。其中，唐肅宗寶應元年（762），江東大疫，“死者十七八，城郭邑居為之空虛”。唐德宗貞元年（790）間，江南大旱，井泉乾涸，人多渴死，暴發瘟疫，疫死者眾。唐憲宗元和元年（806），浙東大疫“死者大半”（《新唐書·五行志三》）。人口流失、土地荒蕪、經濟凋敝、人心恐慌給社會發展帶來極大的影響，乃至當時一些官員都十分害怕到南方任職。
面對突發疫情，唐朝政府建立的中央—地方醫療體系在治療中起到了很大作用。疫情暴發時，在中央醫政機構的指導下，地方機構與慈善機構，如寺院等，聯合開展治疫工作，主要有送醫送藥、抑制傳染、減免賦稅三類機制。為避免交叉感染，政府還強制患者本地就醫，並以法律的形式予以強化。如《唐律》雲：諸丁匠在役及防人在防，若官戶奴婢疾病，主司不為請給醫藥救療者，笞四十，以故致死，者徒一年。為重視防疫工作，天寶五載（746），唐玄宗親撰《廣濟方》，頒敕要求郡縣用大版刻錄，“當村坊要路榜示”。德宗時以同樣方式頒佈《貞元集要廣利方》（《唐大詔令集·政事·醫方》）。
唐代依法防疫的若干對策，成為此後歷朝應對疫病災害時的效仿對象。
宋朝：以“行政問責”抗疫
民間醫生手術圖，宋代李唐繪
有宋一代，上海歸屬兩浙路。宋代江南因經濟蓬勃發展形成的環境問題，成為疫病高發區。如鹹平三年（1000），兩浙大飢，民疫死。宋熙寧八年（1075），“兩浙無貧富皆病，死者十有五六”；元祐七年（1092），“浙西飢疫大作，蘇、湖、秀三州人死過半”。可見瘟疫對於江南社會的破壞力之強。
應對瘟疫，宋代統治者在借鑑前朝經驗的同時，開始提升城市管理水平，建立以政府為主導、社會力量為輔助的疫病防治體系。為確保信息暢通，宋太宗還命令內廷官宦的“中黃門”作為監督官，直接向皇室通報疫情，以資獎懲。據《越州趙公救災記》記載，宋神宗熙寧八年夏，吳越之地發生大旱災。同年9月，資政殿大學士趙忭出知越州。趙下車伊始，即展開全面調研：“為書問屬縣災所被者幾鄉，民能自食者有幾，當廩於官者幾人，溝防構築可僦民使治之者幾所，庫錢倉粟可發者幾何，富人可募出粟者幾家，僧道士食之羨粟書於籍者其幾具存。”趙的調研決不是枯燥冰冷的統計數字，而是對屬下官員的一次考核問政。凡是不能及時彙報屬地情況的官員，一律拿下治罪。
可見，在重大疫情危機面前，早在宋代就已建立了信息快報制度及一套嚴厲的官員問責制度。
元代：“破除迷信”“個人保健”抗疫
元代，上海歸屬江浙行省（兩浙西路）。元朝疫災平均兩年就有一次，遠高於歷朝。且疫災多沿海、沿江、沿交通線分佈，長江中下游區、華北區、華南區疫災較重；經濟發達、開發較早、城鎮集中地區疫災多於落後地區；其中江浙行省為全國重災區。至正十二年（1352）後，大疫一場連著一場暴發，至正二十年（1360）夏天，南方疫病流行時，社會秩序極為混亂。
針對瘟疫的發生，元廷對當年草原瘟疫的殘酷情形，記憶尤深，因此也更加留心。如江浙地區發生瘟疫，時任江浙行省都事的宋崇祿立即從鹽課中預支賑濟費用，“歲旱疫死者殆半，沿檄入閩，預收鹽課，勸誘疑者，得米三十八萬餘石以賑”。
元廷抗疫有幾種創新之舉：首先，破除迷信，針對人民盲目的迷信瘟神情況，元代轄地建立三皇廟，使人四時祭祀 ，並在其中進行醫療救治宣講，藉以宣傳醫學 ，用實例使人相信醫學，從而摒棄巫術、祁穰等迷信行為 。“越三月而（三皇廟）成 。覬覦一頭以劑起死回生者 ，幾數幹人 ，用是知醫之利。”其次，將防禦瘟疫與個人衛生聯繫在一起，提倡加強個人保健養生、個體清潔，以避免瘟疫的滋生、傳播，這也使得民間防疫精準到了個人。元代《飲膳正要》裡說：“凡清旦刷牙，不如夜刷牙，齒疾不生，則百疾不入。”元人深知“病從口入”的道理。據《馬可·波羅行記》載：元制規定，向大汗獻食者，皆用絹巾蒙口鼻，以防唾沫汙染食品。這是使用口罩的較早記載。這些良好的個人衛生習慣對於預防傳染病的發生有著重要的意義。
元代防疫對策中的個人保健意識，已幾近現代口腔衛生觀念。而破除迷信，崇尚醫學之舉，也下啟明清，影響深遠。
明代：民間鄉紳積極抗疫
明代，上海隸屬於南直隸州，分屬蘇州府和松江府。《中國救荒史》顯示：“明朝共歷二百七十六年，而災害之繁，則竟達一千零十一次之多，是誠曠古未有之記錄也。”尤其是瘟疫，幾乎與大明王朝相終始。江南地區的蘇州府和松江府因水旱災害頻發，更成為疫病重災區。景泰五年（1454）夏，上海縣、華亭縣田廬漂沒殆半，大疫，死者無數，飢殍相枕。
明代防治瘟疫措施跟元代大致相同，除了政府戰“疫”行為外，民間力量開始走向抗“疫”歷史舞臺。以鄉紳賢良為主的民間社會慈善機構，根據自身力量或配藥散發施救，或刊發治疫藥方散發宣傳，或賑濟遺孤、安葬病歿之人，彌補官方能力之不足。如明朝前期“預備倉”中鼓勵富紳捐糧制度，中後期民間“社倉”對官方預備倉制度廢弛的補充等。晚明愛國士人祁彪佳，退官後就在家鄉紹興組織了慈善病坊和藥局。1636年，他草擬當年應對瘟疫的藥局規條，同10位有名望的地方醫生簽署協議，共同主持坐落在城中一座古老的大佛寺中的藥局。每天派兩位醫生當值，每位醫生被要求輪流工作6天。據稱在當年6月至8月間，該藥局拯救了10000多人的生命。
這些民間慈善機構在參加抗“疫”的同時，也逐漸在社會力量之中佔據了一席之地。
清代：現代衛生介入抗疫
清代，上海隸屬蘇松太道（上海道）松江府。有清一代瘟疫暴發依舊高頻，且有新疫發生。道光元年（1821），上海發現霍亂病人。此後道光六年、二十年均有流行。同治元年（1862），法租界鼠疫流行，居民患此症死亡者頗多，此為上海出現鼠疫之最早記載。光緒七年（1881）天花盛行，數10歲之人亦能沾染，得愈者十中一二，此為上海天花疫情之最早記載。光緒二十五年（1899），上海流行猩紅熱，公共租界內約1500名中國人死於此病。
《清明上河圖》中的宋代病坊
在抗疫方面，清未如宋朝一樣建立了從中央到地方統一的醫療機構。1843年上海開埠以後，受西學東漸之影響，上海防疫工作逐步引入現代衛生理念。1863年，上海公共租界工部局設立糞穢股，專管環境衛生與垃圾處理工作。1873年，為防止泰國及馬來西亞霍亂傳入，上海港開始實施檢疫制度。1883年，公共租界自來水廠建成供水。至此，上海的衛生防疫工作初見端倪。1907年，白喉逞兇時，一個叫“中國國民衛生會”的組織，創辦了一份《衛生世界》雜誌。就連商務印書館的語文教科書也編入普及衛生知識的課文《鼠疫》。上海市民對傳染病的防治觀念大大增強。
現代醫學理念的普及大大改觀了當時的防疫方式，如光緒三十四年（1908）6月，在滬浙江富商沈敦和（仲禮）、朱葆三共同籌建“施救急痧醫院”，專治白喉。1913年改稱上海時疫醫院，由中國紅十字會總醫生、愛爾蘭柯師太福（Stanford Cox）就任醫務主任。他經手添置的醫療機器達20餘架，病房可容納數百人。
民國：國際合作抗疫
民國十六年（1927），根據孫中山的大上海計劃，設立上海特別市。開埠後的上海因大量人口的匯聚與流動，各種時疫的種類及傳染源都漸趨複雜，如民國七年（1918），世界範圍的流行性感冒襲擊上海，“身熱咳嗆，足軟頭暈，患者十居五六”，當年死亡418人。民國二十七年（1938）8月，難民大量湧入上海，霍亂迅速蔓延，當年登記霍亂11365例，死亡2246人。民國三十一年（1942），霍亂連續第六年流行，疫勢猖獗，當年登記患者2465例，死亡513人。鑑於瘟疫的惡劣影響，民國二十年（1931），上海宣佈為霍亂流行港口；民國二十一年（1932）、二十六年（1937），上海分別宣佈為天花疫港。
民國時期，現代衛生知識及醫療科學的傳播，對上海的防疫工作具有重要的推動作用。民國時期，上海市防疫檔案內容大體上就包括傳染病防治、隔離、消毒、計劃免疫等法律條文的頒佈及制度化建設。除此之外，最有特色的防疫行動是國際合作。當時，國際社會對中國災民普遍表示同情。1931年9月10日《申報》報道：“路透社8日日內瓦電，今日午後國聯議會開會，英代表提出一議案，對於中國災民表示國聯議會之同情，此案全體通過，英代表薛西爾建議國聯衛生委員團應扶助中國，以應其需要，此議亦通過。”與此同時，國府救濟水災委員會加強與國際社會的合作與交流。國聯衛生部特派遣部長拉西曼到中國來，“國聯會衛生部長拉西曼，15晨抵京，宋子文往迎，即下榻財部官邸，下午3時訪劉瑞恆，對於災區面積、災民總額、防疫各情形，詢問甚詳，3時半，偕劉赴總部謁蔣，代表國聯同人致候，政躬安泰，對整個防疫計劃有所詳商，擬日內赴漢口及長江一帶，實地考察災況，從事於防疫設計”。 國府救濟水災委員會還聘拉西曼為衛生防疫的高等顧問。此外，荷蘭、埃及、德國、意大利、西班牙、瑞士等國政府和慈善機構，也為中國提供幫助並捐贈大量醫藥用品。
亂世無良方。抗戰暴發後，隨著大批難民的湧入，上海華界、租界衛生防疫事業皆遭到嚴重破壞，傳染病死亡人數仍占上海人口死亡人數之首，廣大勞動人民的生命健康仍得不到保障。
新中國成立後：完善制度抗疫
1988年，上海甲肝暴發，各醫院積極收治患者
1949年10月1日，中華人民共和國成立，上海為中央直轄市。1958年，江蘇所屬上海地區郊縣劃入上海市。新中國成立至改革開放以來，上海影響較大的傳染病共暴發10多起。然無論哪次疫情，都比此前歷朝更具可控性，其防疫措施也更加科學完備。
1951年，衛生部宣佈上海為天花疫港。1962年，副霍亂傳入國內，全市共發現病人1321例，死亡59人。1965年，流行性腦脊髓膜炎暴發，全市發病15196例。1967年，流行性腦膜炎暴發，全市發病約3萬例。1974年，副霍亂暴發，同年病毒性肝炎大流行，發病48493例，死亡718人。1975年，流行性乙型腦炎發病2200例，死亡128人。1988年1月19日，甲肝暴發，當天傳報感染人數134人，累計發病633例。2003年春，“非典”發生，上海1700萬人口中共確診“非典”病例8例，其中治癒6例，死亡2人。
鑑於上海在全國經濟社會發展中的重要地位及其“海納百川”的人口結構，人民政府極為重視防疫工作。第一是領導高度重視。1950年血吸蟲病暴發時，陳毅市長不僅親自坐鎮部署，還特為《血吸蟲病防治手冊》題寫書名。第二是有法可依。1949年上海剛解放即成立臨時性上海市防疫委員會，翌年又頒佈《上海市傳染病報告暫行辦法》，2003年5月頒行《關於控制傳染性非典型肺炎傳播的決定》。第三是統一部署、統一指揮、聯防聯控。1988年甲肝暴發時，即成立防治肝炎領導小組，統一指揮全市肝防工作。1989年，上海於全國率先實現疫情快報微機聯網，屬地化管理與監督員制度以及醫院、社會聯防聯治等措施。第四是提前預防。1950年，上海就在各區原衛生事務所基礎上，改建29個防疫站。第五是專業救治。1949—1975年間，先後派出4次約5000人的專業技術醫療隊，分赴嘉定、青浦、寶山等重點地區防治副霍亂及血吸蟲病。第六是建立信息報送制度。每逢疫情發生，各區衛生事務所及時派人調查處理，向衛生局報告。第七是嚴肅考核制度。對於遲報、誤報、未報且久勸無效者，依規嚴肅處理。對於依規報告且從未遺漏者，由市政府予以嘉獎。第八是加強衛生監管。政府出面清理河道、修繕破舊，全面整治環境張亂差現象。第九是大力宣傳動員。僅解放後的3個月內，上海就“動員醫界學生舉行防疫宣傳化裝遊行3次，聘請專家講演14次，出版防疫特刊，印發防疫守則3萬份，標語4000套及宣傳單2萬張”。
在前瞻性政策規劃與先進的醫療水平支持下。20世紀80年代，全市急性傳染病總髮病率、死亡率逐年下降,前者從1980年的1719.8/10萬下降到1990年的356.1/10萬，後者從4.1/10萬下降為0.7/10萬，其死因順位從1950年的首位下降到1990年的第六位。為及時借鑑國際衛生防疫前沿經驗，自1983年起，按世界衛生組織推薦的抽樣方法,對計劃免疫進行考核和質量監測，發現問題，及時糾正。1989年2、3月，聯合國兒童基金會官員來滬檢查、評審計劃免疫工作，確認“上海的計劃免疫工作是優秀的，可以與世界先進的歐美國家相媲美，達到發達國家的水平”。2016年11月，在被譽為健康界“奧林匹克”的第九屆全球健康大會上，世界衛生組織總幹事稱讚上海是健康城市工作的樣板城市。
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