據記載，第一個將佛教帶進日本的是中國南梁人司馬達。他於522年在日本的首都奈良建起一座簡陋的草堂，在裡面安置佛像，每天禮佛。當地人見到以後，不明白那是什麼，只是簡單地把它看作外來的神，不予理會。直至552年，朝鮮半島的百濟國派使者給當時的欽明天皇送來一尊佛祖釋迦牟尼的金銅像，日本人才第一次正式地觀察和研究起這個外來的神像究是什麼？
據說，欽明天皇拿到這份禮物後，立即犯起愁來，不知如何處理，便詢問群臣。當時大和國掌權的兩大貴族分別是蘇我氏和物部氏。蘇我氏的代表蘇我稻目思想比較開放，他認為佛教源自印度，而後又傳入中國，進而傳入朝鮮半島，教眾無數，自然是有其獨到之處，所以主張日本也供奉佛祖，好與周邊國家保持一致。而物部氏的代表人物物部尾輿思想則比較保守，他認為日本自有本民族的神，現在要是無端請來外族的神，勢必會引起本民族大神的不滿，從而降罪。這兩大派可以說是公說公有理，婆說要有理，一時間誰也無法完全說服對方。飲明天皇最終決定採取一個折中的方法，那就是請蘇我稻目把佛像帶回家去，先行供奉，看看結果如何。其實，就是拿蘇我稻目做個試驗，試驗成功，就在全國推行佛教，試驗不成功，就把這個佛像當作一件藝術品放到皇家倉庫裡去。
蘇我稻目非常同意這個方法，於是就歡天喜地地將金銅佛像拿回家去，並將自己的一處私宅改為佛寺，發動全家人一起拜佛誦經。一段時間後，蘇我稻目又自掏腰在京城附近廣修寺院，發動更多的人參拜佛祖，其目的就是在日本形成全民崇佛的勝景，給物部氏施壓。但人算不如天算，就在蘇我稻目的願望就要成真的時候，日本突然流行起一種瘟疫，很多人因此喪命。物部尾輿就乘機報告敏達天皇(此時欽明天皇已過世)說，這是本國大神對蘇我氏的懲罰，請求天皇立即停止試驗，並把佛像到難波(今大阪)的河流中去。敏達天皇聽從了他的意見，毀掉了像，繼而又將蘇我稻目建起的伽藍寺院燒掉，查封了各地的大小佛寺。蘇我稻目見此狀況，一時難忿，抑鬱而亡。佛教在日本落根的第一步失敗了。
577年，百濟國再次使者來到日本，這次進獻的不再是佛像，而是佛經和造佛像及寺院的技工。繼承父志的蘇我馬子見機又在日本掀起崇佛浪潮，而老冤家物部尾輿的兒子物部守屋也不相讓，繼續抑佛。蘇我馬子剛把佛寺建好，物部守屋就帶人把佛寺給砸了。佛寺被砸之後，瘟疫再度發生，敏達天皇也患上了傳染病。蘇我馬子便乘機回將物部氏一軍，說正是因為物部守屋擅自砸佛，得罪了佛祖，天皇才有此業報。病入膏肓的敏達天皇聽了後，立即撤銷了之前的禁佛令，要求蘇我馬子趕緊重修佛院，誦讀佛經，為天指天皇祈福。這是佛教第一次得到日本最高統治者的認可，自此教便在日本紮根。
敏達天皇最終還是因為瘟疫不治而亡。他死後，蘇我馬子聯手敏達皇后，也就是自己的外甥女額田部皇女(後來的推古天皇)，除掉了物部守屋，成為日本大和朝延最大的權臣。蘇我馬子掌權後，支持推古天皇登上王位，而後者剛一即位就任命聖德太子攝政。聖德太子和蘇我馬子一樣都是崇佛的代表人物，他攝政以後，立即下詔在全國傳播佛數，並將敬奉佛祖寫進《十七條憲法》中的第二條。聖德太子命令大臣在朝堂上討論佛經，並禮請百濟、高句麗等地的高僧來日本為貴族子弟講學。為更好地弘揚佛法，聖德太子還派遣學問僧隨小野妹子入隋留學。就這樣，在聖德太子的極力倡導下，日本社會上層首先形成了崇佛、敬佛的風氣，而這種風氣很快隨著寺廟的不斷興建延伸至民間。
聖德太子之後，佛教在一代又一代繼任天皇的支持下，發展勢頭絲毫不減。等到了柰良時代的中，佛數到達了第一個高峰期。這時，大量的日本學問僧不懼生死，隨著遣唐使船來到中國求法，而中國的一些高僧也以大無畏的精神乘風破浪來到日本弘揚佛法。雙方的交流使日本的佛教從早期的重視寺院興建轉化為對佛教理論的研究和引入，出現了三論宗、成實宗、法相宗、俱舍宗、律宗、華嚴宗六家宗派，史稱“南都六宗”。“南都六宗”基本全部傳自中國，本身創新極其有限。
奈良時代的佛教和政權聯繫比較緊密，僧侶常常捲入政治鬥爭中，這給日本佛教的發展埋下了隱憂。這也導致在奈良時代未期，隨著戰亂頻繁，人們對奈良朝廷失去信心的同時，也對佛教開始有所排斥，曾經香火鼎盛的寺院逐漸門庭冷落。
794年，桓武天皇遷都平安京，日本進入平安時代。此時，佛教依然備受推崇，但有鑑於奈良朝佛教徒亂政的經驗，天皇開始對佛教進行一系列整修，其中最重要的一條就是鼓勵本土佛學的研究。在這種背景下，重視教義研究的天台宗和重視修行的真言宗得到朝廷的重視，迅速發展起來。
天台宗由最澄和尚從中國引入，此後，最澄對其進行了大範圍的創新。其中最重要的一點是他以《法華經》為基礎，將天台宗、禪宗、密宗和大乘戒融會貫通，實現了“四宗合一”。
真言宗原是密宗的一種，由空海和尚從中國引入。引入後，空海對其進行了改造，在中國密宗的基礎上創立出“三密成佛說”，即完成“手密”“口密”“意密”使可成佛，真言宗吸收了神道教的一些思想，強調成佛時咒語的影響。這與中國密宗已大不相同。最澄的天台宗、空海的真言宗，開啟了日本佛教“去中國化”的歷程，也起了日本佛教發展的第二個高峰期。
平安時代末期，新興的武士階級為提升自己的社會地位，頻頻發動針對舊貴族的戰爭，社會秩序再度動盪起來，佛教也受到波及。為求自保，許多寺院養起了僧兵，但很快就失去了對僧兵的控制，他們殺人放火、爭權奪利，比之世倍之人有過之而無不及。於是，處於水深火熱中的日本民眾產生了種強烈的遠離此地、尋找淨土的美好願望，這給日本淨土系宗派的興起提供了前所未有的機會。
這一時期發展起來的日本淨土系宗派主要有淨土宗、融通唸佛宗和時宗三種。其中，淨土宗後來又分離出淨土真宗。淨土真宗是日本特有的淨土宗派，創始人叫作親鸞，是淨土宗創始人源空的關門弟子，撰有《教行信證文類》六卷。淨土真宗在教義方面不同於其他淨土系分支，強調修行的誠意，不拘於形式，所以教眾甚廣。
比淨土宗稍晚興起的是禪宗，此時日本已進入幕府時期。幕府將軍十分欣賞禪宗以心傳心、見性成法的修行方式和清流寡慾、視死如歸的修行家旨，所以大力推廣之。禪宗是由榮西和道元從中國引入的，前者在中國禪親的基礎上開創了臨濟宗，後者開創了曹洞宗。臨濟宗的信徒多為將軍和武土，曹洞宗的信徒則多為地方農民，這種明顯的區分，使日本產生了一句“曹洞土民，臨濟將軍”的諺語。禪宗對日本的文化產生了很大的影響，如茶道、花道、香道與書道等，都是由此而發。此外，日本在這段時間還獨立發展了一種日蓮宗。其創始人日蓮十分推崇《妙法蓮經》，認為此經才是佛家正宗，因此與其他派系發生了很多衝突。
縱觀這一階段的本教，雖然與中國佛教還有著千絲萬縷的聯繫，但已經是自成一系，大致勾勒出了日本現代佛教支系的版圖。
德幕府時代，佛教受程朱理學的影，開始走下坡路。等到明治維斷時，日本天皇為建立國神道，強制“神佛分離”，使各地掀起了沸沸揚揚的“廢佛毀釋”運動，日本佛教遇了自其傳入以來最嚴厲的打擊。然而千年發展鑄就的基石不是那麼容易被動搖的，時至今日，佛教仍是日本民眾最信仰的宗教之一。
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