yuuuu_蕭蕭
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題主這個問題非常大也非常難解釋，我決定三言並作兩語來解答。
日本漫畫社會雖然一直以來都是百花齊放，但是在每一個歷史時期都會井噴式的爆發一些同款類型的作品，這並非是90年代的特色。
比如上世紀70年代，SF漫畫如井噴一般席捲了整個日本，這其中有很多社會層面的原因。比如美蘇的軍備競賽與太空競賽，再比如80年代的戰鬥漫畫熱潮是因為“武論尊”的小說與《北斗神拳》的空前成功，而90年代的漫畫，題主會感到一種蕭瑟，想必是因為90年代是世紀末，而“世紀末的大預言”則是一個極為容易激發思考的創作題材。
《北斗神拳》以及其後來受其影響的跟隨者《JOJO的奇妙冒險》。但令人感到高興的是，後者脫胎於前者，現如今更成為了一部神作。
在這種“世紀末的大恐慌”的社會背景下，誕生了以《20世紀少年》為代表的一系列色調灰暗的日本漫畫，這使得就算是並非以世界末日為主要創作題材的漫畫，或多或少也會被這個“主色調”所影響。即使如此，同樣在上個世紀末出現的《海賊王》又或許是一抹明亮的顏色，而誕生自千禧年的《火影忍者》又像是一種劫後餘生的慶幸。
浦澤直樹的《20世紀少年》
所以，把每一部漫畫貼合到那個時代，自然會有那個時代來解釋它的出現，這是社會賦予漫畫的一種使命，也代表著身處那個時代，那個社會背景下的作者對世界的思考，所以這種現象也就不難解釋了。
但我在這裡的解釋也只是一種比較主觀的看法，而且又因為日本戰後社會的變化極其複雜，這對日本戰後漫畫史又有著極為重大的影響，所以如果題主想深入瞭解這個問題，可以去找研究日本漫畫史的書籍，裡面或許會有更為詳盡的解答。
無名修仙組織
如果說題主看漫畫感覺九十年代的作品會有一種鬱郁沉沉的感覺的話，那麼我認為主要還是由幾個方面構成的。
1. 從經濟發展角度來看，雖然日本在九十年代還是屬於東亞第一強國，其無論是經濟規模還是人均收入等等都遠比中國以及周邊地區要好，但事實上它從九一年開始就已經進入了停滯衰退期，九二年日經更是跌到了三年前的一半。對於一個國家來說，當經濟不行的時候，國民的精神狀態也會變得更加萎靡，這時候一些能夠表現或者說發洩大家內心積鬱的作品就更容易受歡迎，所以九十年代就會出現一些此類受歡迎的作品。
2. 從故事創作或者說流行來說，從歷史上來看，每個時期都會有其代表性的一種流行，而九十年代或許就是剛好處於日本流行此類題材作品的時期，就像八十年代流行熱血類的一樣，是屬於一種固有的潮流。
3. 其實，除非有人專門去進行一個龐大的數據統計，計算出八十年代九十年代以及兩千年代，日本所有漫畫的種類以及其數量，才能真正研究出，九十年代是否陰鬱的作品比較多，如果只是個人感受的話，那麼其實……說實在的，更多的可能就是，你剛好看到了這麼一些作品而已，並不是它多。要知道一個事實是，即便是現在，我們能夠看到的日本的漫畫作品，其實也遠沒有達到一個很高的比例，不說同人，光說那些連載的作品，其實我們看到的也就是一部分。那麼，就更不用說九十年代了，九十年代日本那麼多動漫作品，我們看到的只是很少的一些，而即便是在這一小部分裡，我們都能找出一大堆反例，比如國內都很火的《純情房東俏房客》啦，《電腦情人夢》啦，《鬼神童子》啦，《棒球英豪》啦，《四驅兄弟》啦，《逮捕令》啦，《地獄老師》啦等等等等，這些又哪裡有什麼陰鬱的表現？
對吧？其實你說的陰鬱的，或許只是因為你剛好看了那些青年漫畫的，而如果要拿這些來說的話，那現在其實也是一堆，比如早些時候的《速寫者》，或者近一些的《心理測量者》，這些看起來不也是很陰鬱的嗎？
所以，以上理由都可以解釋，而個人認為，第三條是題主感覺的主因。
橙心社
因為你看的是…青年漫畫…
或者說，面向的讀者群體不是未成年人。倒不是鬱郁沉悶，而是這一類作品都是這種風格的。只要是文藝創作者，有喜歡喜劇的作者，那自然有喜歡悲劇的作者。（不是說結局悲劇，而是作品透露出的氣質）
一般情況下，少年漫畫（比如集英社）和少女漫畫面向的讀者都是18歲以下的兒童青少年。這個年齡階段的讀者朝氣蓬勃，當然會喜歡一些積極向上的作品（我這種從小心理有問題的除外）。自然少年少女漫畫多以喜劇或者熱血為主。
但青年漫畫不一樣，青年漫畫的讀者群體年齡偏大，甚至還有中年人。經過社會生活洗禮的他們，在心理層面和閱讀需求上自然和少年少女不一樣。他們會更注重作品裡是否有真實的情感存在（貼近生活的意思）。這裡並不是說漫畫設定背景真實，而是作品裡透露出的情感和情緒貼近真實。因為他們知道生活的真相，人生的真相。
有時候不是你努力了就會有結果的。
這種情況下，面向他們的作品當然在氣質上會更沉悶抑鬱一些。
不止90年代的漫畫，各個時代都有這樣的作品。
另外你提問裡提到了《孤獨的美食家》。它的作者谷口治郎其他的作品也是這種調調。甚至在歐洲都有獲獎而且名氣不低，一些歐洲電視劇裡都有提到谷口治郎的作品（具體哪個電視劇我忘了，這條消息是我在聽播客節目時知道的）。
但並不是年輕人就不能看青年漫畫了。看什麼作品更多是看你自己的個人口味。
Will
這個問題是不存在的。覺得沉悶灰暗，是你長大後回味時的感覺吧？換個角度想，同年代也有很多少女漫畫，不過確實少年漫畫佔據半邊天了。最主要的原因，也是我現在不喜歡看漫畫的原因，那時候的漫畫每一筆每一格都是作者的心血，純粹靠手繪，必須用到網格紙或者淡墨渲染，總體給人感覺就是灰不溜秋的。就喜歡這種手繪線條力度的變化。然而普及電腦後完全沒這個感覺了。
