同治九年七月二十六日上午，新任兩江總督馬新貽在校場閱兵完畢，在返回督署的路上，遇刺身亡。刺殺他的刺客張汶祥在殺人後並未逃走，而是高喊：“刺客是我張汶祥！”馬新貽遇刺身亡的消息傳出後，朝野震驚。這張汶祥是有多大的膽子，敢當街刺殺一位當紅的封疆大吏？他的背後，又是何人在指使？一時間，朝野上下人心惶惶。
慈禧太后為之震怒，命剛剛調任為直隸總督的曾國藩回浙江審理此案。在曾國藩出發之前，慈禧曾召他入京，面授機宜，說：“馬新貽辦事很好”!有了曾國藩的保證，慈禧還不放心，在一週之內又連派數人參與此案。刑部尚書鄭敦謹，也被委派到浙江與曾國藩同審此案。
而在審案的過程中，刺客張汶祥數次更改口供，主審大員也是奏案含糊。雖然有曾國藩和鄭敦謹進行復審，但卻始終未得出真相。最後，護督將軍魁玉和漕運總督張之萬給慈禧上了一份含糊其辭的供詞：“張汶祥曾是太平軍，後來又暗通海盜。因馬新貽擔任浙江巡撫期間，曾大力捕殺南田海盜，所以導致張汶祥同鄉大多被殺，妻子也被人擄走。馬新貽到寧波閱兵時，張汶祥向他遞狀紙，但馬新貽並未接受。張汶祥懷恨在心，因此刺殺了馬新貽。”
看到這份供詞，慈禧仍舊憤怒不已，事情真有這麼簡單麼？很顯然，並沒有。太平天國被平定後，湘軍勢力急劇擴充，引起了清廷的忌憚。尤其是慈禧在聽說有人慫恿曾國藩稱帝后，更是坐臥不安。為了防止曾國藩發動兵變，慈禧便將他調到了天津處理教案，命心腹大臣馬新貽接任兩江總督一職。同時慈禧令馬新貽裁撤湘軍，削減湘軍的規模。而就在馬新貽上任沒多久，就被當街刺殺。此事若背後沒有湘軍和曾國藩兄弟的影子，慈禧是打死也不相信的。
而民間的小說家、文人也將此事寫成野史、筆記、小說等公之於眾。在他們的筆下，馬新貽之所以步步高昇，全是靠假報軍功得來的。他在所謂的“剿匪”戰鬥中，其實是個敗軍之將，曾被土匪和海盜俘虜。為了活命，他在張汶祥的牽線搭橋下與匪首“義結金蘭”。之後，在把兄弟的配合下，馬新貽才能夠“收復失地”，並坐上封疆大吏的位置。
當他飛黃騰達後，把兄弟前來投靠，他便誘殺了把兄弟，還奸佔了兄弟妻室。張汶祥是僥倖逃出，才刺殺他為兄弟們報仇。而慈禧重用這樣的人，可見清廷已經腐敗到了什麼程度。關於馬新貽被殺的原因還有各種不同的版本，但要說他死亡的背後沒有政治因素，誰也不相信。慈禧雖然傾向於是湘軍買兇殺人，但卻找不到證據。最後只能將此事交給曾國藩處理。最終，曾國藩以張汶祥暗通海盜圖謀報復定案，將他凌遲處死，並剜其心祭奠馬新貽。而從此之後，兩江總督的寶座一直控制在湘系手中，其他人再不敢問津。
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