1860年10月6日英法聯軍攻入北京，10月7日英法聯軍要求釋放巴夏禮等人，不然就炮轟北京城。10月8日至13日僧格林沁先後釋放巴夏禮一行19人，其餘的20人已在獄中死去。這20人死得很慘，英國記者鮑爾比的屍體被野狗吃了，安德森中尉手腳被勒得生蛆，最終死去，還有幾個人都是被虐待而死，清政府扣押虐待殘害外國談判代表的行為確實即愚昧又無知野蠻。
一開始英法聯軍並不知道圓明園在哪，給他們帶路的是一批中國人民，為首的是晚清大思想家龔自珍的兒子龔橙。英法聯軍從進入圓明園開始，搶劫行動就伴隨了始終，這些強盜甚至為了爭搶這些無價之寶相互打了起來，英法軍官和士兵被這真正的萬園之園圓明園所震驚，有些英法侵略者為了金子把銀子扔了，又為了珠寶把金子扔掉，甚至於許多黃金製品侵略者認為是黃銅而被摧毀，有些珍奇的手抄本被當作廢紙用作點菸斗的工具。”
搶劫結束後，英國額爾金認為圓明園是俘虜被殘酷虐待之地，英法談判代表手腳被鎖鏈拷在一起，關了3天，不給吃喝。如果不嚴懲清政府，英國就不會滿意，這是對人權遭野蠻侵犯所表現的憤恨。如果滿足於和平籤條約，然後撤軍，清政府就以為他們可隨便抓捕和殺害同胞，在這點上有必要讓清政府醒悟。圓明園在皇帝心中極為重要，摧毀它只是針對清政府，而不是針對中國人民，因為只有清政府該對這些野蠻行為負責。為此，額爾金向英國首相帕默斯頓打報告，說要燒燬圓明園，帕默斯頓贊同這個決定。
1860年10月19日英法聯軍火燒焚燬了圓明園，承載雍正、乾隆、嘉慶、道光、咸豐5代帝王夢想的“萬園之園”——圓明園化為灰燼。附近居民目睹了當時的慘景。根據英國軍官的記載只有正大光明殿當時末被焚燬，因為裡面住著英法侵略者，但在英法聯軍開拔進駐北京城時，也被一把火點燃。一把大火在圓明園燃燒起來，遮蔽天日，所有廟宇、宮殿、美輪美奐的數萬件收藏、富有皇家風味的精美物品都一起付之—炬，化為劫灰。火光熊熊燃燒，彷彿一張帽子，籠罩著圓明園，並隨著風飄去，黑雲壓城，日光淹沒，看起來彷彿一個長期的日食。
儘管我們在第二次鴉片戰爭中輸得很慘，首都被佔，國寶被焚，軍人丟了榮譽，民族丟了榮譽。但是身為勝利者的英法兩國也並未贏得榮譽，因為民族的榮譽不能只用殘酷的武功來衡量。我們雖然輸了，雖然許多有形文化被毀，但是我們這個民族的文化整體卻屹立如昔。屬於我們這個時代的文明民族，他們在人類中的輕重分量不取決於一場不義之戰的勝敗。戰爭的失敗不會使中國滅種，而中國卻也並未甦醒，在戰敗後依舊沉睡，直到34年後黃海傳來了炮聲。
圓明園，在英法聯軍蹂躪下遭到毀滅性破壞，然而還是有許多建築留下來的。1895年康有為遊覽圓明園時還看到“雖蔓草斷礫，荒涼滿目，而壽山福海，尚有無數亭殿，競日僅能遊其一角”。當時一天只能遊覽一角，而今幾個小時玩下來只能看見荒草了。那麼究竟是誰把圓明園徹底毀滅了呢？是中國人！
在聯軍洗劫圓明園時一批北京人民也參與了搶劫，甚至守護圓明園的太監也有趁火打劫的。有人把希望寄託在散落在塵土中的珠寶上，他們操起掃帚和簸箕，在圓明園飛沙揚塵，被人稱作“篩土賊”，由於許多篩土賊都靠賣篩到的珠寶黃金而發家致富奔小康，因此時人說：“篩土，篩土，一輩子不受苦。”
1900年八國聯軍來了，八國聯軍搶北京城，北京百姓搶圓明園，有的河北人大老遠的也來搶東西。聯軍中德軍、英軍和意大利軍隊在冬天把圓明園的木門和窗戶拆下來燒了取暖。聯軍還沒走時中國人就把圓明園殘留的建築、木橋的柱子鋸斷後拉走，園內大小樹木被砍伐殆盡，圓明園成了木炭廠進貨的地方。1900年9月17日超過100個旗人手拿斧頭和鐵鍬來圓明園搶劫，他們中的大部分人被聯軍殺死。不到一個星期16個旗人順著湖水游進來對圓明園進行搶劫。後來慈禧一行回到北京時圓明園僅剩山石湖泉。
1911年清朝滅亡，袁世凱當政時期禁止破壞圓明園。老袁一去世，軍人每天用10餘輛大車拉走園中山石。1922年9月北京衛戍司令王懷慶說：“我會給圓明園遺址作最好的保護。”幾天後王懷慶帶幾百人手持斧頭和鏟子對圓明園進行洗劫，把很多好東西搬到王懷慶的宅子裡。圓明園最終被毀滅的只剩遺蹟，也只存在於歷史記載中。
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