現在該回過頭來，好好說說人類和病毒的戰鬥了。在我們還壓根不瞭解病毒為何物的時候，就已經遏制了天花的傳播，這在我們這個專輯的第二集“天花之戰”中有介紹。那個時候，我們不僅不知道天花病毒，連人痘、牛痘又為什麼能預防天花也不知道。
不過很快，這其中的原因被破解了。雖然線索是從細菌開始，但病毒也一樣適用。首先是德國微生物學家，羅伯特·科赫，從牛羊感染的炭疽病入手，通過一套嚴格的系列實驗，證明了牛羊炭疽病的致病源，就是炭疽桿菌。這套嚴格的系列實驗，以及證明辦法，被稱為科赫法則，詳細故事我們以後再說。科赫開創了證明特定微生物引起特定疾病的方法，由此，傷寒桿菌引起傷寒、霍亂弧菌引起霍亂、結核病菌導致結核相繼被他發現。
接下來，鼎鼎大名的法國微生物學家，路易斯·巴斯德登場。他無意發現了一個現象，放置了較長時間的炭疽桿菌感染給牛羊的時候就不能引起炭疽病了，而更為神奇的是，等下次再用那些鮮活的炭疽桿菌感染那些牛羊，也不會再引起炭疽病。他一下子就聯想到了牛痘接種預防天花的事情。難道真正的病原菌，在通過人工干預之後，就會變成像牛痘那樣的疫苗嗎？
隨後他開始了改變各種變量的一系列實驗：改變處理細菌的方式，比如放置條件的變化，或者運用化學方法處理；然後嘗試不同的病菌，傷寒桿菌試試，霍亂弧菌也試試；再之後，改變實驗對象，用牛羊試試，小老鼠也試試。經過一系列實驗，他確信了自己的想法。並由此研製了牛羊炭疽疫苗，雞霍亂疫苗，狂犬病疫苗等多種疫苗。
此時，小規模試製一些特定疫苗不再是難事，但面對病原體感染風險的可不是幾個人或者幾百個人，而是涉及整個人群，幾千萬幾億的人口。那麼如何快速、穩定、大量的生產疫苗又成了新的難題。一開始科學家們用動物，但即便是老鼠，又能養多少隻，只靠從動物身上提取減活病毒肯定是不現實的。那是什麼呢，我們想想打流感疫苗之前，是不是要被問一句，是否對雞蛋過敏？為什麼？因為疫苗是用雞胚生產的啊。此外，大腸桿菌、酵母菌、或者某種哺乳動物細胞，都可以被用在培養皿中生產疫苗。也就是說，用於疫苗的減活病毒，可以不用再活體中培養了，而是在體外生產。
那麼，在巴斯德之前，可以稱為自然疫苗時代，而從巴斯德之後，人類進入了人工疫苗時代。自然疫苗，可以說是人類撞了大運，恰好牛痘病毒是天花病毒的減毒形式。人類可以拿來就用。但對付其他病原體，就沒有那麼好的運氣了，自然界不可能又恰到好處給人類準備好疫苗。而巴斯德開創了製作減毒疫苗的方法，從此，各種病原體通過各種方法篩選和培育，讓它們既能減弱毒性，不會造成傷害，又能提供保護，免疫特定病原體。
不過減毒疫苗也是有一定風險的，人痘接種預防天花，實際上就是減毒的天花病毒。就還有一定概率引起真正的天花。再比如我們小時候吃過的糖丸，也就是減毒的骨髓灰質炎活病毒，雖然被減了毒力，但還是會有很小的概率引發真正的小兒麻痺症。於是，又有科學家開始研製滅活疫苗。也就是讓病毒完全失去活性，不造成任何傷害，同時也能提供預防性保護的疫苗。
至此，科學家們已經制備了各種各樣對抗病原體的疫苗，但還有更多病原體的疫苗一直開發不出來，有時候是不起效果，有時候甚至還會起反效果，也就是接種疫苗後，反而會讓下一次感染更加嚴重。這其中的原因，就必須等分子生物學發展起來之後，人類瞭解了病原體如何致病以及免疫系統如何工作這兩個問題之後，才能瞭解真正的原因，從而讓疫苗再一次升級進化。
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