现在该回过头来，好好说说人类和病毒的战斗了。在我们还压根不了解病毒为何物的时候，就已经遏制了天花的传播，这在我们这个专辑的第二集“天花之战”中有介绍。那个时候，我们不仅不知道天花病毒，连人痘、牛痘又为什么能预防天花也不知道。
不过很快，这其中的原因被破解了。虽然线索是从细菌开始，但病毒也一样适用。首先是德国微生物学家，罗伯特·科赫，从牛羊感染的炭疽病入手，通过一套严格的系列实验，证明了牛羊炭疽病的致病源，就是炭疽杆菌。这套严格的系列实验，以及证明办法，被称为科赫法则，详细故事我们以后再说。科赫开创了证明特定微生物引起特定疾病的方法，由此，伤寒杆菌引起伤寒、霍乱弧菌引起霍乱、结核病菌导致结核相继被他发现。
接下来，鼎鼎大名的法国微生物学家，路易斯·巴斯德登场。他无意发现了一个现象，放置了较长时间的炭疽杆菌感染给牛羊的时候就不能引起炭疽病了，而更为神奇的是，等下次再用那些鲜活的炭疽杆菌感染那些牛羊，也不会再引起炭疽病。他一下子就联想到了牛痘接种预防天花的事情。难道真正的病原菌，在通过人工干预之后，就会变成像牛痘那样的疫苗吗？
随后他开始了改变各种变量的一系列实验：改变处理细菌的方式，比如放置条件的变化，或者运用化学方法处理；然后尝试不同的病菌，伤寒杆菌试试，霍乱弧菌也试试；再之后，改变实验对象，用牛羊试试，小老鼠也试试。经过一系列实验，他确信了自己的想法。并由此研制了牛羊炭疽疫苗，鸡霍乱疫苗，狂犬病疫苗等多种疫苗。
此时，小规模试制一些特定疫苗不再是难事，但面对病原体感染风险的可不是几个人或者几百个人，而是涉及整个人群，几千万几亿的人口。那么如何快速、稳定、大量的生产疫苗又成了新的难题。一开始科学家们用动物，但即便是老鼠，又能养多少只，只靠从动物身上提取减活病毒肯定是不现实的。那是什么呢，我们想想打流感疫苗之前，是不是要被问一句，是否对鸡蛋过敏？为什么？因为疫苗是用鸡胚生产的啊。此外，大肠杆菌、酵母菌、或者某种哺乳动物细胞，都可以被用在培养皿中生产疫苗。也就是说，用于疫苗的减活病毒，可以不用再活体中培养了，而是在体外生产。
那么，在巴斯德之前，可以称为自然疫苗时代，而从巴斯德之后，人类进入了人工疫苗时代。自然疫苗，可以说是人类撞了大运，恰好牛痘病毒是天花病毒的减毒形式。人类可以拿来就用。但对付其他病原体，就没有那么好的运气了，自然界不可能又恰到好处给人类准备好疫苗。而巴斯德开创了制作减毒疫苗的方法，从此，各种病原体通过各种方法筛选和培育，让它们既能减弱毒性，不会造成伤害，又能提供保护，免疫特定病原体。
不过减毒疫苗也是有一定风险的，人痘接种预防天花，实际上就是减毒的天花病毒。就还有一定概率引起真正的天花。再比如我们小时候吃过的糖丸，也就是减毒的骨髓灰质炎活病毒，虽然被减了毒力，但还是会有很小的概率引发真正的小儿麻痹症。于是，又有科学家开始研制灭活疫苗。也就是让病毒完全失去活性，不造成任何伤害，同时也能提供预防性保护的疫苗。
至此，科学家们已经制备了各种各样对抗病原体的疫苗，但还有更多病原体的疫苗一直开发不出来，有时候是不起效果，有时候甚至还会起反效果，也就是接种疫苗后，反而会让下一次感染更加严重。这其中的原因，就必须等分子生物学发展起来之后，人类了解了病原体如何致病以及免疫系统如何工作这两个问题之后，才能了解真正的原因，从而让疫苗再一次升级进化。
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