饒平置縣時地域廣袤，總面積約5000多平方公里，置縣後境域多次更動。明嘉靖五年（1526）劃出光德鄉的州、清遠兩都置大埔縣。明嘉靖四十四年（1565）劃出懷德鄉的秋溪都歸海陽縣，劃出蘇灣都湊置澄海縣。明萬曆四年（1576）劃太平鄉信寧都的南澳4澳（深、隆、青、雲）設南澳鎮（南澳鎮設漳潮協守統管，由詔安縣、饒平縣共管）。其中青、雲兩澳屬詔安縣管轄；深、隆兩澳由饒平縣管轄。
清康熙八年（1669）撤南澳鎮，詔安縣管的青、雲兩澳重歸饒平縣管轄。康熙二十四年（1685）復南澳鎮，青、雲兩澳又歸詔安縣管轄。清雍正十年（1732）設南澳廳（清代在新開發區的一種政區設置），行政隸屬與饒平脫鉤。
中華人民共和國成立後，縣境先後更動4次。1949年10月25日，縣屬隆都區（面積65.7平方公里）劃歸澄海縣管轄。1956年9月，三饒區的上陶、坪石、上園3個村（面積10平方公里）劃歸大埔縣管轄。1958年11月，縣屬鳳凰區（面積305平方公里）劃歸潮安縣管轄。1958年11月，南澳縣併入饒平縣。1959年11月，析原南澳縣境域恢復南澳縣建制。至2005年底，饒平縣陸域面積為1694.06平方公里，海域面積533平方公里，合計總面積2227.06平方公里。
2018年，饒平縣轄21個鎮（黃岡鎮、錢東鎮、海山鎮、大埕鎮、所城鎮、柘林鎮、汫洲鎮、樟溪鎮、浮山鎮、湯溪鎮、三饒鎮、聯饒鎮、新圩鎮、新豐鎮、饒洋鎮、上饒鎮、建饒鎮、高堂鎮、浮濱鎮、新塘鎮、東山鎮），下設355個村民委員會，40個社區居民委員會。
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