養殖期間定期清洗除垢飲水是保證整個養殖期間飲水系統的乾淨衛生的必要手段，
可防止水藻、水垢的產生，保持水質清潔，減少頑固性拉稀和腸毒病等疾病的發生。建議不要等到水線堵塞、畜禽疾病發生或出欄再被動清洗或者消毒水線。
1、高壓水直衝清洗法
一般定期採用高壓水，衝出一些絮狀沉澱或懸浮物，但是此法不能對水線充分清洗除垢，使用此法對一些粘稠和堅固的沉澱物沖洗不乾淨。導致不能殺滅包被在汙垢中的微生物，即便飲水進行消毒後水中的微生物仍會回升到消毒前的水平。有必要徹底清除水線內部的汙垢，才能徹底解決水質的汙染問題。
2、清潔劑洗滌法水線洗滌
首先應選擇具有的殺毒、清潔雙重功效的清潔劑，如過氧化氫、氨水、氯製劑、酸化劑等，儘量選用新一代的清潔劑和淨化技術。
一種方法是用高壓水沖洗管道，然後加去垢的消毒劑浸泡6h以上，再用高壓水沖洗管道至流出清水為止，能達到充分去垢、消毒雙重效果；
第二種方法是採用每1~2周用酸化劑浸泡水線6h以上，用清水反衝處理1~2次，但是不能把酸化劑用作水處理的唯一方法，單獨使用酸化劑可以造成細菌和真菌在水線中生長增殖；
第三種方法是使用以過氧化氫為主的粘液清潔劑，洗滌水管內壁的汙垢，操作時需正確配製，才能有效地溶解水線中的汙垢，應注意過氧化氫刺激性強， 為了防止對人員和設備造成損傷，必須嚴格遵循製劑的操作說明和使用劑量。
3、去汙垢
水線清洗消毒後，可用除垢劑或酸化劑產品去除其中的汙垢，保持水線潔淨。若需用水線用藥，則在飲水管線投藥前後須對飲水系統進行清洗。飲水投藥前，前2d對飲水系統進行徹底清洗（剛消毒後的飲水系統更應徹底沖洗），以免殘留的清洗消毒藥物影響藥效；投藥結束後應對飲水系統進清洗，可以防止粘稠度較大的藥物粘連於飲水管表面，滋生氧化膜；還可防止營養藥物（如電解多維、複合氨基酸等）殘留飲水中，滋生細菌。
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