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HPV檢查本身不具有診斷CIN3級的能力，但因為HPV感染是宮頸癌變至關重要的因素之一，臨床上99%以上的宮頸癌均伴有HPV感染，因此臨床上當發現HPV感染尤其是高致癌性HPV感染後，一定會進一步做宮頸癌篩查或者病理檢查。
CIN3屬於宮頸病理檢查結果。CIN全稱宮頸上皮內瘤變，共分為CIN1、CIN2、CIN3，三級。其中CIN3即為最嚴重的一級，其意味著宮頸病變已經超過整個宮頸上皮層的2/3以上，宮頸原位癌也包含其內。CIN3級繼續發展則演變為宮頸浸潤癌。
在實際工作中，婦產科醫生為了儘量保證及時、有效、準確的診斷並治療疾病，當發現宮頸異常改變時，一旦發現HPV感染，一定會進一步檢查宮頸是否出現癌前變或者癌變。（CIN屬於宮頸癌前變的一種）。反之，當發現宮頸CIN3級時，也一定會反推是否伴有HPV尤其是高致癌性HPV感染。
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