在名偵探柯南里邊，其實在一開始工藤新一被黑衣組織的人服用APTX4869之後，他就已經死亡了。而這一切，才是幕後大老闆陰謀的開始，後來當宮野志保看到實驗者用藥名單後，看到工藤新一的名單寫著狀態不明，狀態不明，就表明不知道工藤新一這一個人用了這一種藥之後是死亡還是沒有死亡，是因為後來黑衣組織的人在緊急情況之下沒有看著工藤新一化為無形，所以沒法判斷。
宮野看到這樣的一個情況後，由於本來她內心不是壞人，她是被迫被留在了黑衣組織裡邊當研究人員，所以她看到這個情況的時候，她有這樣的一個想法，她想也許這個人還活著，那麼如果這個人還活著，而當幕後大老闆看到她還活著的時候，那麼這個人一定又會被殺害的，所以宮野立馬利用自己的身份將這個人的狀態改為死亡狀態，因為她想保護這個陌生的人，其實宮野的這個舉動早已經被大老闆瞭解到一清二楚。
因為工藤新一就是大老闆陰謀的開始，他是想借著工藤新一死亡，然後讓工藤新一變為柯南，其實此柯南非彼柯南，並不是形態不一樣的工藤新一，只是相似的皮囊而已，真正的目的是安插在警方當中的黑衣組織的臥底，而宮野志保的行動恰好讓幕後大老闆試探出了是否衷心，因為大老闆從一開始就在懷疑宮野不是真心的加入黑衣組織，所以他想通過這個事情一舉兩得。
大老闆後來利用柯南打入了紅方，收集更多的情報，其實幕後大老闆一早就發現自己內部很多的人員其實就是警方派過來的臥底，可是那麼多的臥底，他不動聲色，也沒有徹底的清楚，就是為了讓警方疏忽大意，也是為了自己的下一步計劃做打算。因為幕後大老闆，他成立一個龐大黑衣組織的，這樣的一個領導者，必定有某種特長所在，不管是號召力，影響力還是謹慎力。不然這樣一個組織，早已被一鍋端掉。像工藤新一這樣的一個誤差，不可能在幕後大boss身上發生這樣的事情。
其中，有一個細節就可以說明柯南不是工藤新一，後來灰原哀研製出來短暫的APTX4869的解藥，並且給柯南服用了，可是柯南在服用解藥的時候沒有其他人在場，只有他一個人。給觀眾呈現出來的樣子是有一個變化，可是實際當時只有他一個人，所以他到底是怎麼變的？誰都不知道。他避開了所有的人，然後將自己在工藤新一和柯南的角色之間進行切換，也可以從另一個角度反映出來，其實他是在進行易容與化裝，根本不存在解藥的變化。
另外一點就是工藤新一的父母的變化。當他們得知工藤新一突然變為童年的柯南之後，他們並沒有表現出來很著急的樣子，這個不太符合常理。一般的父母當得知自己的孩子遇害並且縮小了，不能夠以原本的狀態去生存的時候，那肯定會很著急，首先第一個查探他身體方面是否有問題，那麼再一個就是查探在那麼動盪的一個時代是否是有人在害他們，那麼不論是哪一方面肯定會做出來一些行為的，可是咱們在看名偵探柯南的時候就能看得到工藤新一的父母在得知這個消息表現的並不是很著急，那麼咱們是否可以推測為，其實工藤新一的父母已經知道了他們的新一被害死亡，而現在的柯南是黑衣組織裡邊的人，可是他們又不能夠輕舉妄動，只能做表面的工作，幫助這一個假的新一去掩蓋他的身份，實際上是為了讓黑衣組織放鬆警惕。
另一個可能就是現在的柯南就是真正的幕後大老闆。因為在追劇名偵探柯南當中發現了一個一個細節，就是黑衣組織裡邊的琴酒是一個最忌恨背叛者的人，可是他沒有殺掉背叛者宮野志保。而且當他後來發現柯南這個人的時候，他也沒有將其殺害，這個根本不符合琴酒的個性，他是一個嫉惡如仇的人。那麼他這樣做一方面是為了麻痺灰原哀。另一方面又能夠更加的讓警方的人認為柯南就是工藤新一，為了掩護自己的老闆。
你這個問題我都不知道該怎麼吐槽了，真可謂是槽點太多讓我先靜一靜！
江戶川柯南原來是高中生工藤新一，一天與青梅竹馬毛利蘭一起去遊樂園無意間見到黑衣組織的人在進行某種非法交易。在認真觀察期間並沒有注意到後面還有一個人悄悄靠近！沒錯！那個人就是我們所熟知的琴酒！
琴酒打昏了工藤，隨即餵給工藤一粒APTX4869，醒來的工藤就變小了。後來遇到了小蘭，小蘭覺得他與工藤新一很像，於是新一便說他叫江戶川柯南！
這就是柯南的由來！
說完柯南的由來我們來說一說APTX4869。APTX4869是灰原哀，也就是宮保志野研究而成的。這種藥的用途是用來殺人的，但是APTX4869有一個隱藏的效用。這也是在柯南和自己身上發現的。
那就是隻要基因可以匹配，那就有可能變成小孩子！有一集中好像某種很烈的酒可以讓他們暫時恢復成人模樣。
所以工藤只是基因匹配變成了小孩子而已！並沒有被殺死，而且你沒聽過主角光環嗎？他可是死神小學生啊！不會死的，請你回去重溫名偵探柯南！
鑫浩傳奇
如果工藤新一已經死了，那青山這900多集算是白畫了。
主角都死了，柯南是黑衣組織的人，還活得那麼累幹嘛？
這個黑衣柯南的目的又是什麼？？？
還能一會吃藥變身成工藤新一？
像《進擊的巨人》裡的萊納，跟敵人混在一起太久了，自己是誰傻傻分不清？
倒是可以寫一個同人劇的……
只是劇情要如何發展就要想想清楚了……
是因為大家腦洞都大開了，所以青山都不想畫了，直接休息了吧。哈哈
給大家一個想像的空間。
奈落何
不，沒有任何證據，黑衣人怎麼會喜歡小蘭呢，黑衣人怎麼會有工藤新一這麼聰明，
痴北城2
柯南就是新一，不可否認的事實
