在八項規定前，機關事業單位還沒有實行收支兩條線之前，差額撥款事業單位不見得比全額撥款事業單位差。有的差額事業單位因為有經營職責，在沒有實行收支兩條線前，單位的自營收入不用上交，允許自由支配，效益好的員工福利待遇不是一般的好。反倒是全額撥款的因為沒有經營收入，只能巴望著財政撥款，條條款款限制在那裡，不如差額撥款事業單位那麼滋潤自在。
現在政策收緊，環境不一樣了，差額撥款事業單位哪怕有經營收入，按要求必須全部上繳，然後按照單位人員工資、運營實際由財政按比例核定下撥資金，單位對自營收入沒有裁量權，更不容許私設小金庫，差額撥款事業單位由於財政撥款有限，在福利待遇上反倒不如全額撥款性質的。不過，這種差距總體不大，差額撥款雖然財政核定供養經費不如全額撥款事業單位，但在其上繳的收入中一般都會按單位實際補齊不足部分，因此員工拿到手的收入實際上並不會比全額撥款的低多少。
總的來說，綜合收入、編制性質及調動便利性等方面，無論什麼時候全額撥款單位總比差額撥款單位佔優勢，這點從差額撥款事業編制轉全額屬於逆向流動，必須要過編委會就可以看出來。
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