咸豐四年，曾國藩把原來作為“保固省境”的三千名湘勇進行了擴編，編成一支水陸相輔並且有別於團練的“新軍”，即湘軍。
塔、羅、彭、楊是這時的骨幹，其中塔齊布、羅澤南統領陸師，彭玉麟、楊載福統領水師。在其後的戰爭過程中又逐漸擴充改編最終形成湘軍集團中陸師的五大主力，即鮑超的霆軍系統，曾國荃吉字營系統、王鑫、劉松山等人的老湘營系統、左宗棠的新楚軍系統、江忠源兄弟與劉長佑、劉坤一侄叔的新寧楚軍系統。
從左自右：王鑫、李寧德、鮑超、劉坤一、蔣軍山、李固、劉松山
而作為湘軍集團五大主力之一的鮑超霆軍系統其戰鬥力是最強的，曾國藩稱霆軍“實為群賊所憚，非楚勇、湘勇、淮勇所能及”。霆軍在鎮壓太平天國、剿滅捻軍的戰鬥中發揮了重要的作用。
前期的五戰五捷
前期的重要戰役主要有五次，鮑超全部取得完勝：
一是咸豐七年正月對小池口的進攻；
二是咸豐七年六月在黃梅防守反擊，大敗陳玉成，此戰使霆軍聲名大噪；
三是咸豐八年十一月在二郎河再次擊敗陳玉成、李秀成聯軍；
四是咸豐十年正月底，霆軍被圍小池驛，後與多隆阿援軍內外夾擊大敗陳玉成，擊潰太平軍捻軍聯軍；
五是咸豐十年十月擊退李秀成，解祁門曾國藩之圍。
在這一系列戰鬥中，霆軍名氣不斷提升，逐漸受到清廷的重視。
1、小池口之戰
咸豐六年十一月底（1856年)，湖北巡撫胡林翼再次佔領武昌，隨即調兵東下圍攻九江。清軍在九江太平軍守將林啟榮精心構築的防禦工事面前一籌莫展，因此清軍計劃先拿下九江對岸，且與九江城成掎角之勢的小池口。
但此時皖北宿松、太湖太平軍三萬餘人直取黃梅，又以兩萬餘人遠征漢陽，清軍急忙推遲小池口的攻勢，準備阻援。當時鮑超率部馳援黃梅，分路擊敗太平軍援軍，乘勝轉攻小池口。鮑超所部軍士揹負茅草填滿太平軍挖的壕溝，攻克小池口外太平軍堡壘兩座，鮑超被“亂石傷右額血流滿面”。此役雖未能取勝，但已初顯霆軍剽悍敢戰的作風。
同年四月，陳玉成率太平軍由皖北西攻鄂東，縱橫皖鄂未遇敵手。都興阿兵力不足，命多隆阿、鮑超以攻為守進行截堵。四月二十四，多隆阿、鮑超進攻渡河橋並設伏於麥田，摧毀太平軍營壘二一座，穩定了北岸黃梅的戰局。隨後又在大河鋪、十里鋪等地與之多次激戰，陳玉成軍數嘗小挫。
自此之後的三年中，鮑超三次大敗陳玉成，這成為鮑超及所部威名大震的重要原因。
2、黃梅縣擊潰陳玉成
咸豐七年六月，陳玉成親臨前線，清軍各部相繼被擊潰，坐鎮黃梅附近億生寺的江寧將軍都興阿能指揮的部隊加起來不過三千多人，其中有三千是霆軍，另外就是多隆阿的兩百多騎兵。
都興阿、多隆阿見太平軍兵勢正旺，決定撤兵到長江邊上與水師相互為援。
鮑超反對撤軍，對多隆阿講明此地實屬要地，事關整個戰局，不可放棄。但鮑超也知道雙方兵力差距懸殊，面對幾乎十倍於己的太平軍，勝負無把握，因此在臨戰之前一日，大饗將士，自己準備用一死來激勵部下：
“我自統兵以來，生死久已置之度外，蓋既以以身許國，此身即非我有。今大敵當前重寡懸殊，婦孺皆知其不敵，何肯令諸君以身嘗試，顧楚省乃南北關鍵，雄據上游為將來收復金陵之根本，此地鄂之門戶若不力圖捍衛，是我縱賊入室……明日決往破賊。幸而克捷，顧全大局不少，否則身殉，是役誓不與之俱生。諸將士有願以死報國者，與吾共功名，幸甚，如不願者，亦自任也，請以卮酒志別，以表一時共事之雅。”
七月初一，鮑超讓每個營官各率本營攻打一壘，自己則率親兵營首先進攻太平軍最大最堅之營壘，所部將士也都拼死作戰，連續兩個營官陣亡氣勢不減，太平軍幾座大壘在霆軍亡命進攻下相繼被攻克，太平軍防線大亂，於是出現局部潰散，引發大潰，進而引起全軍驚駭，導致全潰，太平軍四萬之眾就這樣被霆軍衝潰，霆軍連毀太平軍營壘四十八座，陳玉成“隻身逃去”，此戰之後，霆軍名聲大震。
3、二郎河、花涼亭之戰擊退陳玉成、李秀成聯軍
咸豐八年四月初七日（1858年5月19日），李續賓率部攻陷九江，官文、胡林翼隨即制訂計劃，準備乘勝東援安徽。八月十六日，李續賓、多隆阿、鮑超、趙克彰等數路清軍合兵攻陷太湖，此後清軍分兵兩路，李續賓部直趨廬州，由都興阿率多隆阿、鮑超直指天京上游門戶皖北重鎮安慶。
咸豐八年十月（1858年11月），李續賓部在三河鎮遭陳玉成圍攻全軍被殲，太平軍連克舒城、桐城。都興阿後路恐被切斷，遂命多、鮑二人各統所部撤圍安慶退至太湖、宿松，鮑超所部駐紮在二郎河。
陳玉成則欲殲滅都興阿奪取宿松，以控制皖北門戶，這樣進可以直指湖北，退可以鞏固安慶。他兵分兩路，第一路由他親率主力從正面由石牌進攻宿松，另一路派李四福出偏師去宿松。但由於李四福被清軍馬軍衝失，使得陳玉成成為孤軍一路，清軍得以全力對付，太平軍大敗，被攻毀營盤三十餘座。
初戰受挫後，陳玉成並不甘心，他約李秀成合攻二郎河，李秀成不同意陳的計劃，經陳玉成懇求才勉強同意合攻二郎河。
十一月初六日，陳玉成、李秀成軍至花涼亭、二十五里墩、荊橋一帶準備發動會戰。都興阿等看到太平軍聲勢逼人，決定先發制人，在太平軍進攻前先打太平軍一個措手不及。次日開戰，陳玉成軍大敗，退回太湖，李秀成引軍赴巢縣、黃山。
太平軍三河大捷，使湘軍士氣受到很大打擊。假如二郎河之戰能再殲滅多隆阿、鮑超所部，不僅可以把清朝勢力徹底趕出皖北，而且將使太平軍在戰略上獲得重大優勢，使湘軍短期內根本無法再戰，湘軍精銳野戰部隊將完全不復存在。但此戰李秀成勉強同意參戰，作戰並不積極，實際上只有陳玉成一路積極作戰，太平軍在二郎河、花涼亭的大敗，使得三河大捷以來的猛烈攻勢被抑制住，皖北再次出現相持局面。
4、小池驛三敗陳玉成
十二月底鮑超率部駐紮在太湖與潛山間的小池驛，防禦陳玉成所率太平軍和張樂行捻軍的聯軍進援太湖。
咸豐十年（1860年）正月底，太平軍、捻軍猛攻小池驛，霆軍被圍數層。胡林翼一度致信鮑超讓他放棄小池驛，立刻突圍，但鮑超認為自己多次擊敗過陳玉成，部隊心理上有優勢，拒絕突圍，並回書胡林翼：
“狗逆雖悍，技只此耳！近因大雨兼旬未能出戰，遂使狗得暫延殘喘，三五日內天色晴霽，保為公破之，何事先自倉皇預籌退步耶！”
鮑超命所部列成大方陣，以四營分別各對一面，另有一營居方陣之中策應四營。各營士兵以十人為一縱列，共五十縱列，使用連環槍法抵擋太平軍捻軍聯軍的衝鋒。兩軍相持20餘日。後多隆阿率軍來援，於正月二十五日，對太平軍實行內外夾擊，踏平太平軍營壘數十座，斃傷士兵數千人，大獲全勝，二十六日佔領太湖縣城。
太平軍小池驛失利導致太湖、潛山再次為清廷所佔，陳玉成部遭到湘軍打擊，所部傷亡慘重，士氣衰落，皖北戰局從此發生逆轉，安慶、舒桐再次暴露在湘軍的兵鋒之下。霆軍克太湖、潛山，名震遠近，所部不過3000人而已，此戰之後擴充至6000人。
不到三年的時間裡，鮑超連續三次擊敗太平天國後期名將陳玉成，其中的原因是多方面的，一方面是因為鮑超善於用兵，常常能夠不拘泥於常法，同時善於激勵士氣，作戰時陣型嚴整，督戰嚴格。另一方面也是由於太平軍內部不團結，比如而二郎河之戰後李秀成的所作所為就是出工不出力，還有陳玉成用兵套路缺乏創新，另外一個不可忽視的因素就是此時的太平軍與霆軍相比普遍較缺乏訓練。
5、祁門解曾國藩之圍
咸豐十年六月，曾國藩大營由建德移至祁門。
李秀成、李世賢、楊輔清等部太平軍對皖南清軍發起攻擊，連下寧國、徽州、休寧等地，威逼湘軍祁門老營，八月二十日，鮑超部抵皖南。十月太平軍以保衛安慶為目標再次開始西征，李秀成部太平軍佔領黟縣羊棧嶺，離祁門僅六十里，祁門大營告急。
當時皖南僅有鮑超霆軍、張運蘭老湘營一部分共約一萬三四千人，而太平天國方面，各路援軍會集皖南，李世賢、楊輔清、黃文金、劉官芳等皆在皖南。
二十一日霆軍及老湘營與太平軍遭遇於柏莊嶺，李秀成親自督戰，戰況激烈，戰至傍晚，太平軍因傷亡太大開始撤退。此役是曾國落署理兩江總督，奉旨統籌全局後的第一場惡戰，迫使李秀成繞道他走，挽回了祁門大營的危局。
後期更擔重任
由於霆軍“勇敢善戰，悍勇無比”，使鮑超所部此時成為曾、胡手中最能戰的王牌之師，因此曾、胡商議，以霆軍為“遊擊之師”——就是機動作戰部隊，以打運動戰為主，隨時根據各地戰況，機動應急調往各處參戰。咸豐十一年三月，清廷準曾國藩奏以霆軍“遊擊之師”：
“所有鮑超一軍，即作為遊擊之師，該大臣體查江西皖北情形，何路緊急，即為何路援應……將此由六百里請令知之。”
從咸豐十一年三月到同治四年十二月，鮑超率部奔波於各個戰場，給予太平軍重大打擊。
1、轉戰贛皖——擊退外援、保障攻克安慶
咸豐十一年四五月間，霆軍攻克安慶以北集賢關，切斷安慶最後的後援通道。八月在貴溪雙港、河口、湖坊一帶擊敗李秀成援安慶之軍，為清軍攻克安慶提供了外圍保障。
咸豐十一年初，胡林翼駐紮太湖，曾國荃圍攻安慶，左宗棠率部準備援浙，只有鮑超的霆軍作為遊擊之師，往來南北，接應各路。三月，陳玉成率軍自湖北迴救安慶，洪仁矸、林紹璋自天京率兵增援，曾國荃處境危險。鮑超奉曾國藩之命率部渡江援救曾國荃部。
五月初一，李秀成親率大軍渡過贛江，順流而下北攻南昌。霆軍也分三路迎擊，鮑超在豐城渡口負責正面指揮，命宋國永、婁雲慶從太平軍後面抄襲。午後，宋、婁兩部從太平軍背後殺出，太平軍腹背受敵，李秀成部將李愷運、李愷順兩軍被霆軍阻隔於對岸，不能投入戰場。李秀成見已無取勝希望，乃下令撤退，鮑超指揮五營人馬從正面突破，直撲太平軍大營，湘軍水師也加入戰鬥，太平軍大敗，死傷數千人。
李秀成見安慶失手，解安慶之圍的戰略意圖不可能實現了，且霆軍為強敵不好對付，遂決定全軍撤出江西，回浙江拓展地盤。
2、克復寧國——太平天國皖南根據地全部喪失
隨後鮑超接嚴旨，令其速克寧國，以便東進天京解曾國荃之危，鮑超不敢耽擱，雙方在寧國府外圍發生多次戰鬥。
六月初八日（7月4日），霆軍全面突破寧國府城外圍防線，鮑超統率馬步各軍兵臨寧國府城。太平天國襄王劉官芳率萬餘人，由北城出城，戰敗。六月十四日，太平軍力圖再戰，發動大規模破圍攻勢。幹王洪仁開、襄王劉官芳、輔王楊輔清分別由南、北、西門出擊分路夾攻霆軍各營，鮑超令各路將領率部分頭迎擊。鮑超部將宋國永等人首先擊退中路太平軍，隨後南門太平軍也勢不嫩支，準備收兵回城，鮑超出兵焚橋截斷退路，太平軍死傷慘重。劉官芳見南路已敗，率部退出戰場。霆軍大勝，會合於小東門外。
六月十五日（7月11日）楊輔清集合兵力，出寧國府城大東門做最後一搏，無奈霆軍氣勢正盛，擊退太平軍攻勢，追直至洪林橋，楊輔清作最後挽救，選兩千餘騎騎兵回頭反撲，斃霆軍副將馬勝奎。鮑超急令各軍排成圓陣迎戰，團團困住太平軍。楊輔清被分割包圍，率餘部突圍走至廣德州。鮑超引軍入寧國府東門，佔領寧國府城。在霆軍軍威壓逼下，太平天國保王童容海等率六萬軍兵以廣德等城降清。寧國一戰，楊輔清損兵兩萬人，至此皖南局勢被鮑超穩定住了，此役對天京城外的曾國荃部起到了保障後方作用。
3、封鎖天京——助力曾國荃攻克南京
同治元年正月，清廷授鮑超浙江提督。攻寧國前，霆軍已有十五營近萬人，靠鮑超一人實在無法管理，因此按曾國藩的建議霆軍分營，鮑超本人親統五營，提升宋國永、婁慶雲為分統各領五營，童容海投降後所部六萬人大部被遣散，留精兵三千編為啟字營，霆軍因而擴編至二十四營近一萬四千人。
同治二年三月十六日（1863年5月3日），鮑超率霆軍自皖南北渡長江進援皖北清軍。巢縣等地被霆軍一路攻破，李秀成軍中缺糧，同時雨花臺也被曾國荃攻克。
同治三年（1864)三月，鮑超率霆軍兵進江蘇句容，目的是在天京城破後方便截堵太平軍。句容太平軍守將方海宗與金壇守將、寶堰守將項大英、王方成宗等相約同御清軍。初五日，霆軍進攻三岔太平軍。初六日，方海宗試圖趁霆軍立足未穩先發制人，鮑超分三路迎擊，在激戰之時又命馬隊分二路從後包抄，太平軍陣腳動搖，退入城中。霆軍徹夜攻城，戰至午夜，方成宗部將翟本邦、張宏發等七人在東城放火內應，霆軍遂入城。
4、許灣大捷——打亂了太平軍天京突圍後的戰略構想
同治三年六月（1864年7月），曾國荃攻陷天京，幼天王洪天貴在洪仁開等護送下出逃，由黃文金接入湖州。
黃文金與洪仁開商議，決定入贛與李世賢等會合。此時天京外圍之太平軍紛紛轉進入贛，鮑超奉命率霆軍援贛迎頭堵截太平軍。
七月初四日（8月5日），霆軍攻克雙鳳嶺、琉璃R、九子嶺等太平軍要隘。汪海洋組織反攻，霆軍使用前後夾擊、包抄分割的戰法將太平軍截為數段，將其各個擊破。太平軍大敗，傷亡近萬人，許灣落入鮑超之手，汪海洋退入建昌府境內，使得崇仁的李世賢部陷於孤立。
許灣大戰是江西戰局的轉折點，汪海洋接連失利，使李世賢處於孤立無援的狀態，他不得不放棄原先制定的先圍攻撫州、建昌，再圖省城的戰略構想。也正因江西戰局的這一逆轉，使太平軍在贛無法立足。太平軍餘部也因此陷於各自為政的狀態，最後餘部被清軍各個擊破。此戰之後，鮑超被封為一等子爵。
綜上
鮑超自領軍以來與太平軍交戰近十年，他本人親領霆軍與太平軍作戰時，幾乎沒有敗績。這樣的戰績在當時是非常引人注目的，曾國藩等湘軍頭目對此也頗引以為傲。霆軍在鎮壓太平天國運動中能夠取得這樣的戰果，其中的原因是多方面的：
第一、鮑超治軍方法比較獨特，霆軍士兵多為無業無產遊民，鮑超賞罰分明，而這些人參軍目明確即就是為了發財升官，無業無產的士兵沒有牽掛，打勝仗就可以大撈一把，鮑超對這些人以利相誘，因此霆軍士兵作戰極其勇敢，比那些有所謂質樸鄉民組成的其他湘軍部隊剽悍很多，他們作戰時往往拼死亡命；同時霆軍督戰嚴格，這又使得霆軍作戰時心齊膽壯，在氣勢上往往就先壓倒了對方。
第二、霆軍戰法方面有自己獨特特點，如“二字”陣，“進步連環法”等，這些戰法已經具備了一些近代的因素，使得火力密集度大為加強。另外霆軍也比較重視日常訓練，因此就軍事技能而言，霆軍的素質遠遠好於當時的太平軍。
第三、鮑超本人指揮經驗豐富，有勇有謀，用兵常常能夠隨機應變，不拘泥於常法，經常用多種手段協同作戰，將正面作戰與招降納叛結合在一起，瓦解了大量太平軍。
第四、對於投降的太平軍大多能夠妥善安置，將其中精銳補充到霆軍中去，鮑超非常注意對太平軍發動心裡戰，通過各種手段瓦解太平軍軍心，大肆招降納叛，對待投降的太平軍將領恩威並施，笑裡藏刀採用兩面手法駕馭降將。對於不肯投降者往往大廝殺戮，極為殘忍，這使得不少太平軍畏霆軍如虎。
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