在漫長的中國幾千年文明歷史的進程中，在不同時期，曾出現過許多種類的瘟疫，如天花、鼠疫、白喉、猩紅熱、霍亂、斑疹傷寒、傷寒、肺病、麻風病、瘧疾和血吸蟲病等。
據統計，從公元前7世紀到公元20世紀，中國較大規模的瘟疫就達700次以上。
因為戰爭動亂或自然環境的變化，中國在漢末、明清、19世紀等時期都曾出現過大規模瘟疫流行。據各類史籍綜合的不完全統計，僅僅公元119-217年，不到百年的時間裡，中國就曾發生幾十起大瘟疫，僅在東漢末年的30年間，有明確記載的全國性大瘟疫就高達共12次。瘟疫加上饑荒與戰亂，造成 以都城洛陽為中心的中原地區大量人口死亡。據官方數據記載，公元157年中國人口為5650萬，而公元280年僅存1600餘萬，銳減了3/4。在疫情最嚴重的中原地區，人口僅及百年前的1／10。
曹植曾著有《說疫氣》，其中：“建安二十二年，癘氣流行，家家有殭屍之痛，室室有號泣之哀，或闔門而殪，或覆族而喪” 。
包括漢代的許多典籍對當時的疫病都有比較詳盡的描述，其中最著名的當屬東漢末年醫學家張仲景所著的《傷寒論》。張仲景的《傷寒論》則以傳染病診治為依據集中探討了外感熱病證治，以六經演變為脈絡，為疾病發展過程中出現的各種證候提供了相應的治法方藥，其中用於風寒表實證的麻黃湯、用於風寒表虛證的桂枝湯、用於邪在半表半里階段的小柴胡湯、用於下焦蓄血證的桃核承氣湯以及用於溼熱 黃疸的茵陳蒿湯等在內科臨床沿用至今。
後世分析認為，當時流行的瘟疫，很可能是兩種與齧齒類動物傳播有關的烈性傳染病：鼠疫和流行性出血熱，後者可能性更大。出血熱的發病特徵與《傷寒論》中描述的症狀相似。張仲景創立的六經傳變辨證模式中， 病邪從身體淺表的太陽經，傳入陽明、少陽，進入陰經太陰、少陰，最後深入厥陰。流行性出血熱的典型臨床過程可認為遍歷了從太陽到厥陰全過程，較為符合六經傳變規律，如從太陽循經入腑，表現為太陽蓄水，而多直傳少陰或成結胸，不愈者，再傳至厥陰；太陽挾血分傳經，循經入腑而成 蓄血；太陽病之變局，由太陽經循經入腑為蓄水或蓄血之後， 形成結胸等。
彼時，處於社會上層人士常服一種名為“五石散”的有毒藥物以期抗禦病邪，服藥期間以酒作為藥餌使藥力發散；人們同時寄希望於方士的符水方術治病，當然可以想見，這些方法難以收穫良效。
晉代葛洪的《肘後備急方》記載了治療時氣行垂死的處方“破棺千金煮湯”、治療瘴氣疫癘流行的處方“老君神明”以及“虎頭殺鬼方”等預防疫病的處方。
明清時期中外交流頻繁，使得許多新、舊傳染病，如鼠疫、麻風、天花、梅毒、白喉、猩紅熱及霍亂接踵而來，流行極為嚴重。16-17世紀，中國華北地區總計1000餘萬人死於鼠疫。
師道南（清乾隆著名詩人）在《天愚集.鼠死行》中描述：東死鼠，西死鼠，人見死鼠如見虎，鼠死不幾日，人死如圻堵。
1692年，廣東佛山傳教士卡羅斯.福爾考迪描述：“中國到處是貧窮落魄之人，其中最可憐者莫過於麻風病人”。這從側面記錄了當時麻風病的流行狀況；
瘧疾曾在全中國肆虐流行，1693年康熙曾感染瘧疾；當然，還有著名的順治康熙年間的天花。
當然，與疫病做鬥爭，也是醫家從來不敢懈怠的事業。明清時期，醫家改進了人們對於疫病的傳統認識。明初王履分析這一時期傳染病的發病特徵和救治方法與張仲景《傷寒論》理論內容確有差別，將溫病從傷寒中劃分出來。
1642年，吳又可撰寫《溫疫論》將瘟疫病邪稱為戾氣、疫氣，認 為疫氣通過口鼻進入身體，直接攻擊特定的部位-膜原（中醫名稱，泛指伏邪在體內潛伏的部位），並提出戾氣易通過空氣和接觸播散流行。葉天士在繼承吳又可溫病理論基礎上，創立衛氣營血辨證體系，反對使用辛溫之品來治療溫熱性質 的時疫，主張採用辛涼解表或清熱解毒之品治療外感熱性疾病。吳鞠通在葉天士辨證理論影響下，綜合古醫籍，提出三焦辨證理論：“溫病由口鼻而入，鼻氣通於肺，口氣通於胃。肺病逆傳則為心包，上焦病不治，則傳中焦，胃與脾也，中焦病不治，即傳下焦，肝與腎也。始上焦，終下焦”。
16世紀，治療梅毒的藥方出現，人痘接種術發明，這些醫學科技史上的進步對於防治傳染病具有重要意義。中醫早前以“輕粉”作為梅毒處方，後由於該方易引起汞中毒，轉為採用以土茯苓為主的藥方進行治療。康熙感染瘧疾後，西學士洪若和劉應等進貢西藥金雞納治療，結果痊癒，該藥作為治療瘧疾 的良藥廣為人知。
關於天花的防治，康熙以本人種痘免疫的經歷推廣人痘接種術。明末金陵四公子之一，明末科學家方以智在《物理小識》中寫：“入瘟疫家，以麻油塗鼻中，既出以紙燃取嚏，則不染；或配玉樞丹，或以火攻來驅除疫癘邪氣。”
方以智畫像
清代，還有類似“避瘟丹”、“神聖避瘟丹”的預防藥，謂“此藥燒之，能令瘟疫不染，空房內燒之，可避穢惡”。
19世紀中葉，中國大部分地區出現血吸蟲病，據推測，患病人數在3200萬人以上。
187 0年， 傳教士醫生柯為良在《醫館略述》中記載當時福州瘧疾較為流行。
19世紀末20世紀初，雲南發生腺鼠疫，播散到香港，並延及世界。
1911年，東北三省地區暴發了肺鼠疫，並涉及河北、北京、天津及山東地區，造成6萬多人死亡。
這期間，造成大量人口傷亡的傳染病還包括天花和霍亂，隨著人痘種植的普及，天花逐漸得到了抑制； 霍亂於19世紀初，經由東南亞傳入我國，直到20世紀中葉，在我國廣泛播散，致死率很高。而第一次世界大戰後世界範圍暴發了流行性感冒，中國死亡人數在100萬人左右。這一階段，腸傷寒和痢疾在各種疾病死因中也佔據重要位置。
中國近代名醫張錫純
19世紀，隨著西方國家傳教士來華佈道人數的增多， 西方醫學理論被引入我國。西醫學對細菌和病毒的認識與檢測，為疫病診斷帶來有益幫助，當時對於血吸蟲病、瘧疾，霍亂病因、病理已逐漸探明。中醫辨證理論在這一歷史時期依然發揮積極作用，並開始吸收借鑑西醫學較為先進的理論，嘗試從中醫角度予以解釋，為中西醫溝通與結合做了鋪墊。當時較有影響的中醫著作包括張錫純的《醫學衷中參西錄》、何廉臣校訂《 重訂廣溫熱論》和《重訂通俗傷寒論》等，對傳染病的臨床救治具有指導意義。
清末頒佈的《廳區救急藥品使用法》記錄了傳染病防治用藥方案，包括亞莫尼香酒、加波力水、哥羅定、時疫藥水、止血藥水、瀉油、海典仿散、闢瘟粉和闢瘟水等。對於瘧疾的治療，奎寧作為第一特效藥被大量使用。
當時，為了阻遏鼠疫流行，天津中醫配置了神效復甦散、殺菌消毒丸、解毒活血湯、升麻鱉甲湯和生犀飲等。
上海霍亂流行時， 約700餘萬民眾被注射霍亂疫苗。當時報紙會刊載些簡便易行的防疫保健小處方，如丁子目於《天津商報》發表的防疫方法：“每日午後或晚間，食生水蘿蔔三兩片，再將杭白菊二三十朵、香片茶葉一撮沏茶飲，最能消痰於無形，此方能防疫能免疫”。
1935-1940年磺胺類抗生素及青黴素（是藥三分毒，其副作用的可怕也在以後漸漸為世人所知）出現，成為了當時病人的大救星，有效治癒了許多傳染性疾病。
回顧中國歷史上疫病發生過程，戰爭與天災往往與其相伴，地域、經濟、人口等自然或社會因素也與其 間接關聯。
因此，疫病研究須將多方面因素綜合分析，把握疫病暴發流行的特徵，吸取歷史上防治疫病的經驗與教訓，挖掘一些當時行之有效的方藥，通過分子生物學、藥理學等研究手段進行深入研究，為人類抵抗傳染病魔，增強民眾體質而服務。
今天，正是又一次面對“疫情”考驗之期，溫故而知新，眾志成城，我個人相信，沒有過不去的坎兒。相信中央、相信政府、相信科學家，一切都會消弭
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