1967年10月8日，在玻利維亞叢林中度過了11個月之後，切·格瓦拉被640名特種兵包圍。一番激戰過後，游擊隊員幾乎全部陣亡，切·格瓦拉腿部中彈被俘。為了避免夜長夢多，玻國總統下令將他秘密處死。10月9號，在玻利維亞的一間小瓦房裡，切·格瓦拉腹部中9彈犧牲。但不久之後，他的遺體就神秘失蹤了。
10月9日下午，直升機搭載著切·格瓦拉的遺體，飛到了小城瓦列格蘭德。醫生給他的遺體注射了少量甲醛，這樣可以延緩腐爛。兩位修女幫他整理遺容時，發現切·格瓦拉原本閉著的眼睛，竟然睜開了。他的眼神如活著一般清澈，嘴角似乎還有一絲微笑，神情猶如耶穌，在遺體周圍散發著神聖的氣氛。
震驚的人們發現，躺在石臺上的切·格瓦拉，像極了《基督蒙難圖》。耶穌是2000年前的凡人，切·格瓦拉是20世紀的凡人，他們都因窮人而死，並在死後成為窮人心中的神。
為了驗明正身，玻利維亞政府下令，將切·格瓦拉的頭與雙手割下，送到巴拿馬美軍基地，交給美國人檢驗。阿格達斯是玻利維亞的內政部長，可以說是切·格瓦拉的敵人。但他卻非常欽佩切·格瓦拉，稱之為英雄，千方百計的偷出了切·格瓦拉的雙手、面模、日記以及微縮膠捲，並設法送到了古巴。阿格達斯說：“如果我不這麼做，內心這輩子都得不到平靜！”
然而，格瓦拉的雙手回到了古巴，軀體卻神秘失蹤了30年。1995年，玻利維亞的馬里奧將軍終於開口，透露了秘密埋葬地點：在瓦耶格朗德機場附近。消息一出立即震驚世界，但古巴與阿根廷組成的聯合小組，在機場附近挖了數月，始終一無所獲。幸運的是，1997年7月5號，聯合小組終於發現了一個合葬墓，裡面有7具遺骸，其中2號遺骸被確定為是格瓦拉，另外6人皆是他的戰友。此時，距離格瓦拉犧牲30週年紀念日，還有不到2個月。
切·格瓦拉的遺骨被發現之後，迅速運回古巴。古巴的高級領導人全部出動，在機場以軍人之禮迎接他回家。在切·格瓦拉生前戰鬥過的聖克拉拉，古巴為其建造了陵墓，並舉行國葬。靈車所經之處灑滿鮮花，數十萬群眾沿途默哀，讓人不由淚目。當日，全世界的報紙，頭版頭條都是一個標題：“切回來了！”
作為一個革命者，切·格瓦拉幾乎屢戰屢敗，卻在死後成為一個完美的人。卡斯坦尼看過格瓦拉遇害後的照片，說了這樣一段話：“他不畏死的精神，不在卡斯特羅對他的讚美中，也不在他殉道的頌詞中，而在他不瞑的雙眸裡。他似乎凝望著殺害他的那些人，並且寬恕了他們；他似乎凝望著這個世界，訴說著自己為理想死而無憾！”
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