科隆群島的海鬣蜥共分7個亞種。這種爬行動物的身軀比較長，最長的可達150釐米以上。不同島嶼上的海鬣蜥在大小上也有不同。在費爾南迪納島及伊莎貝拉島上的是體型最大的，而在赫諾韋薩島上的則是最小的。成年雄性平均體長0.75米，體重1.5千克；雌性平均體長0.6米，體重0.5千克
在陸地上，海鬣蜥較為笨拙，但它們在水中卻很靈活，以強壯的尾巴來游泳。海鬣蜥的爪子長而尖，這樣，它們不僅能牢牢地攀附在岸邊的巖上，不被大浪捲走，而且還能在有大海流的海底穩穩當當地爬來爬去，尋找食物。海鬣蜥尾巴的長度幾乎等於軀幹的兩倍。長長的尾巴在游泳時能夠提供足夠的動力 。
頭頂部有一瘤狀突起而且還帶著一個“小白帽”。原來，在海鬣蜥的鼻孔與眼睛之間，有一個鹽腺，能把海鬣蜥進食時帶進的鹽分貯存起來。當鹽腺被裝滿後，海鬣蜥就高高地昂起頭，打一個強勁的噴嚏，而含鹽的液體就被射向空中，又會落在自己頭上，等鹽液變幹，固結成殼時，就成了一層“小白帽”。
海鬣蜥的全身都是深灰色的。但是，正在求愛的海鬣蜥身體的顏色會從灰色變成黑色，而且身上會長出紅色的斑點。海鬣蜥並非一定是黑色的，幼蜥的背鰭較為淡色，雄性在不同季節的顏色也有所不同。在南方島嶼正值繁殖期的雄性較為鮮豔，會呈紅色及綠色；在聖克魯斯島的則會呈磚紅色及黑色；而在費爾南迪納島的呈磚紅色及暗綠色。群島東南部的艾斯潘諾拉島的海鬣蜥與群島其他6種鬣蜥有著明顯的差別，其雄性海鬣蜥身上有紅、黃、黑3色相間的斑，腿、足和冠則呈暗綠色，而群島其他島嶼的海鬣蜥身上沒有花斑，通身呈綠色或黃色。
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