1661年8月12日，永曆皇帝一大家子人全部被軟禁，所有大臣和侍從都被殺光了。這是因為緬甸王突然對他發起攻擊這次絞殺派遣了三千士兵，史稱“咒水之難”。
1662年左右，吳三桂帶領滿漢大軍直逼緬甸的阿瓦，緬甸國王得知此消息慌忙不已，在得知吳三桂此行的目的是為了永曆皇帝時。趕緊去弄了轎讓人把永曆抬走，生怕吳三桂倒戈相向，兵馬屠城。
有清代人記載了永曆跟吳三桂這唯一的一次見面。
當時吳三桂接到了永曆皇帝后，心裡欣喜不已，自己終於手握了大權。但是當時又沒想到如何處理。於是就把永曆帝安排在旅館裡。永曆皇帝心裡忐忑不安難以入眠，就這樣過了漫長的一夜。第二天天矇矇亮，吳三桂就特別驕傲的來覲見永曆皇帝，但是他並沒有行跪拜之禮，就是輕飄飄的打了個揖。
永樂帝心裡覺得奇怪，就算自己現在已經是亡國之君，好歹也還是漢人的君主。這人見到自己怎麼不行跪拜之禮。於是便問他是誰。吳三桂假裝聽不懂。永曆皇帝問了三次他才回答自己的名字。永曆帝一聽不得了，這是引清兵入關的反賊啊，於是連連發問。絞死永曆帝囂張跋扈的吳三桂，聽到永曆帝一句話當場下跪。
“你不是漢人嗎？你難道不是我大明的臣子嗎，你怎麼能當叛國賊辜負我？你自己摸摸自己的良心還在嗎？”聽了這幾句話，吳三桂像個死人一樣跪倒在地上，臉色鐵青，汗流浹背。那之後，吳三桂再也不敢去見永曆皇帝了。
沒過多久吳三桂就把永曆皇帝帶到了昆明，昆明城中都是些善良的百姓。見到曾經的天子蒙此大辱，都哭了起來。永曆皇帝看了心裡也是十分難過，但自己作為階下之囚也毫無辦法。
按照正常流程，應該把永曆皇帝帶到北京給清廷處理才對，但是吳三桂這個人天生多疑，生怕路上出現意外。永曆皇帝也知道自己命不久矣，果然沒過多久。吳三桂向清廷上表請求就地處死永曆帝，說自己擔心路途遙遠的出現點啥意外，清廷也同意了。
1662年4月25日，吳三桂處決了朱由榔父子二人。在處決的時候，吳三桂這個心地殘忍的人想用砍頭的方法來結束他們的生命，滿族將領在此時發表了反對意見。定西將軍安南將軍都不支持他這麼做。說他死就死了，但是畢竟是中國的君主，如果死了都沒有全屍，也不好。建議給永曆皇帝留個全屍讓他自盡。
昆明逼死坡 明朝永曆皇帝殉國石碑
吳三桂只好同意了這個建議，讓士兵把朱由榔父子運到一個山上，還命令士兵拿出弓弦，活生生的他們絞死了。絞死之後也沒有埋，而是用柴火架起來燒了。怕清廷不相信永曆帝死了，還讓人撿了骨頭拿回去佐證。剩下的骨骸被雲南的老百姓發現。然後偷偷的帶走了，後來就把這些遺骸埋葬到了太華山。
事情到這裡，大明最後的一位天子就被用這麼悽慘的方式結束了生命。永遠的留在了這個不出名的小地方，永久的消失在了歷史的長河裡。
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