一是二者所適用的法律和程序不同，全民所有制企業受《中華人民共和國全民所有制工業企業法》節制，改制後的國有公司受《中華人民共和國公司法》約束。
二是二者的經營目的不同，全民所有制企業的經營目的是“根據國家計劃和市場需求，發展商品生產，創造財富，增加積累，滿足社會日益增長的物質和文化生活需要”，也就是說，是為使用價值而生產；公司是以營利即賺錢為目的，也就是直接地為價值而生產。
三是二者在理論上所承擔的清償責任不同。全民所有制企業的全部財產屬於中華人民共和國的全體人民，人民通過選出人民政府委託經營管理，人民政府代表人民將財產授予企業使用，並且對企業承擔著無限責任——舉例來說，一個企業虧了1000萬，其全部財產價值僅500萬，全民的代表政府需要用其他資材進行償還；公司制企業卻是按照出資方的投入資本承擔有限責任，例如政府投入1000萬設立一國有獨資公司，該公司若資不抵債虧損2000萬，政府只需承擔其所投入的那1000萬的償還責任，其餘部分則自然免除，這樣就不會牽涉到所有者（出資方）的其他財產。
四是二者財產權的意義不同。全民所有制企業是直接地屬於全民，而全民的所有權是不能分割成一份份再分別屬於自然人或法人的，它必然只能由全民的代表機構來統一行使；而公司制企業則按照股份制的方式，是和“全民財產”相對獨立的一塊財產，而且這一財產權完全是按照價值形式
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