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看了題主提出的問題，感覺沒說清楚。他指的是一次住院分第一次報銷和第二次報銷呢？還是住了兩次院，分別報銷兩次，意思上不明確。下面，我來回答問題。
一、關於所謂的農醫保的問題
按照《國務院關於整合城鄉居民基本醫療保險制度的意見》 的規定，我國己經完成了原來分開運行的城鎮居民醫保和新農合兩項制度的整合，建立起了統一的城鄉居民基本醫療保險制度。按照規定，2018年的城鄉居民醫保每個人繳費額為220元，國家相應補助每個人490元，使每一個人的基金數額達到710元。城鄉居民醫保的繳費按家庭人數計算，一年一繳費，一年一參保。上一年度後半年不繳費參保，下一年度全家人就不再享有相關報銷待遇。
二、關於二次報銷問題
按原來的政策，農村居民在參加新型農村合作醫療後，在出院時，可以在醫院報銷窗口先報銷新老合應享受的報銷部分，剩餘部分自付；如果自付部分資金比較大，符合由民政部門管理的城鄉醫療救助資金報銷的相關規定，還可以再報銷一次。這就是所謂的二次報銷。
實際上，在一些地方，從己上交的新農合資金中，按5％的比例劃出相應資金，統一交給當地的商業保險公司，由其承保，這叫做大病保險。在自付金額大並符合規定時，新農合報銷後，還可以再報銷一次。這樣做，實際成為三次報銷。而城鄉醫療救助報銷順延為第三次報銷。如甘肅省去年還是這麼做的，非常成功，受到了廣大農民的熱烈歡迎，社會效果很好。當然，未參加新農合，一旦住院，無論是實行二次報銷，還是三次報銷，均不報銷一分錢，100％自付。小病一般不要緊，一旦遇上大病，傾家蕩產、因病致貧就會成為現實。
也正是因為城鄉居民醫療保險實行一年一繳費一參保，就存在當年是否參保問題，報銷比例調整問題，報銷結算年度問題。在具體報銷時，還有一個出院時間問題，一般以出院的具體日期為準。如2017年未出院的，2018年未去辦理報銷手續，2019年去辦，因過期時間過長，一般不再報銷。又如2018年參保，2019年未參保，2018年底住院，出院時己到2019年，自然按2019年處理，當然也不會報銷。這些情況都是存在的。
當然，原來的城鎮居民醫療保險，據我瞭解，就不存在二次、三次報銷問題。
由於醫療保險涉及的城市、農村人數特別多，關乎人身健康，社會關注度極高，加上各省、市具體做法有所不同，兩項制度整合進展又很不平衡，結果是各地有各地的特色，各地有各地的辦法，呈現出高度的地域化特徵。隨著各級醫療保障部門逐漸正常運轉，徹底改變原來的三方管醫療的局面，加強統一管理，統一監管，相信我國醫療市場情況會很快好轉的。
三、關於兩次獨立住院分別報銷問題
如果是一年內兩次住院，分兩次報銷；出院時間又遇上年頭、年末；一年參保一年未參保等情況，和上面說的一樣，也會涉及到參保年度問題，偶爾會碰上兩次住院，但出院時間跨年度等特殊情況。如下一年度未參保，當然也不能報銷。
題主的問題太模糊，也沒有提供當地具體情況，我只能按我的理解做如上解釋。不妥之處，請予以批評，並指出錯誤。
水波不興3291
第一次農醫保住院不知道去報銷為什麼第二不能報
