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3月3日，中科院主辦的《國家科學評論》發表一篇論文叫《關於SARS-Cov-2的起源和持續進化》，主要是北大和中科院巴斯德所聯合著作。他們對103個新冠病毒全基因組進行了分析，發現跟最早的毒株相比，最新的新冠病毒已經發生了149個突變。從大類上來說，分成了佔據70%的L亞型和佔據30%的S亞型。
這篇文章突出一個有錢任性，蒐集到103個新冠病毒再全部測序一遍。
說到分析病毒的源頭和分類，這裡面有一個關鍵概念叫單核苷酸多態性（SNP），簡單說就是單點突變。（基因作為人類的遺傳信息編碼，一直複製，難免會出錯
。）
人類基因龐大而且冗餘，實際上表達的就只有7-8%，可以成為苦力區，剩下的大部分部位就是當擺設，可以成為醬油區。單點突變發生在苦力區的話有可能造成各種叫不出名字的先天遺傳病。如果發生在打醬油區，一般不造成什麼影響。這樣一來，不管是苦力區還是醬油區的突變就保留了下來。此人的子孫後代都會帶上這個SNP突變。親子鑑定主要也是依靠這個來做對比。
除了個人，推廣到人類學研究。根據SNP多樣性的比較可以查出人種來源。比如黑人，在東非大草原500萬年，積累的人類最複雜的SNP類型。歐洲和亞洲人種明顯比非洲人突變更少，說明很有可能是一小波人群走出來之後繁衍的後代。
回到病毒的問題。病毒基因組比人類基因組小多了。所以基因利用率更高，突變對功能影響也大。
比如新冠病毒，兩個亞型的主要區別在RNA基因組的第9782和28144個位點上。根據SNP的調查，S亞型更加古老，也比較弱。L類型複製更快，症狀更快，傳播更快。所以L類型直到現在還是主流類型。如果不加干預，最後L類型可能佔到90%以上。
因為嚴格的篩查和管控，L類型被打壓了，更弱的S亞型在1月底之後就奮起直追，達到30%的比例。
當然文章的樣本量還是很小，僅供參考。也不排除以後出來更多類型，
不過總體趨勢總是越弱的病毒獲得的傳播機會越多。
PS：武漢第一個去美國西雅圖的那位老哥，同時被感染了S和L亞型，正好可以好好查查他的行蹤。
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1. EvolutionaryPerspectives on Novel Coronaviruses Identified in Pneumonia Cases inChina https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa009
2. Single-nucleotidepolymorphism https://en.wikipedia.org/wiki/Single-nucleotide_polymorphism
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