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3月3日，中科院主办的《国家科学评论》发表一篇论文叫《关于SARS-Cov-2的起源和持续进化》，主要是北大和中科院巴斯德所联合著作。他们对103个新冠病毒全基因组进行了分析，发现跟最早的毒株相比，最新的新冠病毒已经发生了149个突变。从大类上来说，分成了占据70%的L亚型和占据30%的S亚型。
这篇文章突出一个有钱任性，搜集到103个新冠病毒再全部测序一遍。
说到分析病毒的源头和分类，这里面有一个关键概念叫单核苷酸多态性（SNP），简单说就是单点突变。（基因作为人类的遗传信息编码，一直复制，难免会出错
。）
人类基因庞大而且冗余，实际上表达的就只有7-8%，可以成为苦力区，剩下的大部分部位就是当摆设，可以成为酱油区。单点突变发生在苦力区的话有可能造成各种叫不出名字的先天遗传病。如果发生在打酱油区，一般不造成什么影响。这样一来，不管是苦力区还是酱油区的突变就保留了下来。此人的子孙后代都会带上这个SNP突变。亲子鉴定主要也是依靠这个来做对比。
除了个人，推广到人类学研究。根据SNP多样性的比较可以查出人种来源。比如黑人，在东非大草原500万年，积累的人类最复杂的SNP类型。欧洲和亚洲人种明显比非洲人突变更少，说明很有可能是一小波人群走出来之后繁衍的后代。
回到病毒的问题。病毒基因组比人类基因组小多了。所以基因利用率更高，突变对功能影响也大。
比如新冠病毒，两个亚型的主要区别在RNA基因组的第9782和28144个位点上。根据SNP的调查，S亚型更加古老，也比较弱。L类型复制更快，症状更快，传播更快。所以L类型直到现在还是主流类型。如果不加干预，最后L类型可能占到90%以上。
因为严格的筛查和管控，L类型被打压了，更弱的S亚型在1月底之后就奋起直追，达到30%的比例。
当然文章的样本量还是很小，仅供参考。也不排除以后出来更多类型，
不过总体趋势总是越弱的病毒获得的传播机会越多。
PS：武汉第一个去美国西雅图的那位老哥，同时被感染了S和L亚型，正好可以好好查查他的行踪。
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1. EvolutionaryPerspectives on Novel Coronaviruses Identified in Pneumonia Cases inChina https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa009
2. Single-nucleotidepolymorphism https://en.wikipedia.org/wiki/Single-nucleotide_polymorphism
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