2020年1月1日，修正後的《土地管理法》正式施行。新《土地管理法》第六十二條規定：“國務院農業農村主管部門負責全國農村宅基地改革和管理有關工作。”
此前，在機構改革中，已明確由農業農村部門負責宅基地改革和管理有關工作。2019年12月，農業農村部、自然資源部印發《關於規範農村宅基地審批管理的通知》，就宅基地審批管理中的職責分工予以進一步明確，提出農業農村部門負責農村宅基地改革和管理工作，建立健全宅基地分配、使用、流轉、違法用地查處等管理制度，完善宅基地用地標準，指導宅基地合理佈局、閒置宅基地和閒置農房利用；組織開展農村宅基地現狀和需求情況統計調查，及時將農民建房新增建設用地需求通報同級自然資源部門；參與編制國土空間規劃和村莊規劃。自然資源部門負責國土空間規劃、土地利用計劃和規劃許可等工作，在國土空間規劃中統籌安排宅基地用地規模和佈局，滿足合理的宅基地需求，依法辦理農用地轉用審批和規劃許可等相關手續。
在涉及農村宅基地違法用地查處方面，新《土地管理法》第七十八條規定：“農村村民未經批准或者採取欺騙手段騙取批准，非法佔用土地建住宅的，由縣級以上人民政府農業農村主管部門責令退還非法佔用的土地，限期拆除在非法佔用的土地上新建的房屋。”2019年9月，中央農村工作領導小組辦公室、農業農村部印發的《關於進一步加強農村宅基地管理的通知》也曾明確，由農業農村部門具體承擔違法用地查處工作。 應該說，對農村宅基地違法用地查處職責，無論是新的法律規定，還是部門職責分工，都明確由農業農村部門負責。
但在實際執行中，一些地方農業農村部門卻出現了對法律規定的不同理解，將新《土地管理法》第七十八條中所指“土地”，解釋為現有村莊建設用地範圍之內的土地，提出對農村村民非法佔用耕地及其它農用地建住宅的，由自然資源部門依據新《土地管理法》七十五條、七十七規定負責立案查處。有的地方農業農村部門還出臺部門規範性文件，提出由縣級政府統籌農業農村、自然資源、住建等部門對違反法律法規的行為進行查處。由鄉鎮政府組織農經、自然資源、住建等相關部門聯合開展農村宅基地動態巡查，負責處置涉及宅基地的各類違法行為，而且特別明確由自然資源部門按照職責依法查處非法佔地行為。這些解釋和部門規定顯然是與新的法律規定和部門職責分工不符的。
還有的地方農業農村部門提出，新《土地管理法》實施之前形成的存量農村宅基地違法問題，應由自然資源部門繼續負責查處整改工作。有的基層自然資源部門也反映，農村村民在未取得鄉村建設規劃許可證或者未按照鄉村建設規劃許可證的規定建住宅，有的同時存在違法用地行為，其行政處罰權在鄉鎮政府，對既違反《城鄉規劃法》，又違反《土地管理法》的村民建住宅違法案件，也很容易出現互相扯皮現象。
從法律上明確農村宅基地改革、管理和執法職能由自然資源部門劃轉農業農村部門，是這次《土地管理法》修改的一項重大變化。依據新的法律規定和部門職責分工，自然資源部門主要是負責涉及農村宅基地管理的村莊規劃編制、新增集體建設用地指標安排、農地轉用審批、鄉村建設規劃許可、宅基地確權登記發證等相關工作。但目前在農村宅基地執法職責方面出現的不同理解和爭議，已導致一些地方在農村宅基地和村民建住宅違法用地查處方面出現“兩不管”。
基於基層的實際情況，為防止宅基地執法出現“兩不管”現象，解決目前“爭議”和“扯皮”的辦法，就是按照《中共中央辦公廳國務院辦公廳關於推進基層整合審批服務執法力量的實施意見》提出的要求，儘快推進在鄉鎮組建統一的綜合行政執法機構，相對集中行使行政處罰權，以鄉鎮和街道名義開展執法工作，從而實現基層一支隊伍管執法。
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