黎元洪有個外號叫“黎菩薩”，因為他總是和顏悅色，溫柔不傷，他在水師學堂的老師嚴復就曾評價他“德勝於才”，加上他相貌雍容富貴，比為“菩薩”實在貼切！可是，湖北方言中“黎”、“泥”的發音是相同的，因此，“黎菩薩”其實也就是“泥菩薩”，這正是他在北洋政府中的形象概括。
黎元洪於1913年12月11日進京。此前，他在正式總統的選舉中，雖然一再聲明拒絕做候選人，卻仍在第一輪投票中得到了一百五十餘票，僅次於袁世凱，而遠高於第三名孫中山的不足十票。
由於兩輪投票後，袁世凱的得票數仍不過半，不得不進入第三輪投票，由袁世凱和黎元洪對決，最終袁世凱才以五百零七票當選大總統。而在接下來的副總統選舉中，黎元洪卻以六百一十票的高票一次性當選，且得到了全場長時間鼓掌。這次選舉，令袁世凱十分尷尬，也使袁世凱對黎元洪心生忌意。
事實上，確有不少人想利用黎元洪這尊“菩薩”，進行反袁的號召。比如，宋教仁就一度有以黎代袁的計劃，但沒有來得及實施就遇刺而死。若干年後尚有人惋惜不已，認為若由黎元洪任總統，宋教仁任總理，則民國必不至於如此。
袁世凱既對黎元洪有了忌心，就斷然不能容忍他在武昌另立別府。陳宦等人也一再提醒袁世凱：“縱觀世界，尚無副總統領兵駐外的成例。美國為共和楷模，其副總統不僅駐京，且兼任上議院議長。對黎元洪亦當如此。”但袁世凱幾次三番電召黎元洪進京，都被他婉言拒絕。
袁世凱對武昌的四個師六萬精兵投鼠忌器，只得採用循序漸進的辦法。他先是將黎元洪的謀士饒漢祥邀至北京，極力攻心，讓饒出面勸說黎元洪。饒漢祥剛回武昌，段祺瑞隨即便到，強拉硬拽，將黎元洪送上了北上的專列。車次途中，袁世凱即發佈了段祺瑞督鄂的命令。這也可算是黎元洪和段祺瑞的又一個過節。
袁世凱以當初接待孫中山的崇高禮儀接待黎元洪，極盡歡愉，時有報章將二人的會晤比為巴拿馬運河鑿通，大西洋和太平洋忽然翕合的奇觀。但宴畢後，黎元洪卻被送至瀛臺下榻。此即當年慈禧軟禁光緒的地方，黎元洪見此，心中已經雪亮，知道不僅湖北迴不去了，而且身家性命都有危險。
從此，他韜光養晦，絕口不談世事，對袁世凱之羈縻贈饋，不謝亦不拒。每日晨起，即吟誦佛經，偶有客來，則頹然若愚。袁世凱對他極盡拉攏，終至結成兒女親家，黎女紹芳嫁給袁的第九子。但這樁婚姻非常不幸，紹芳最終得抑鬱症而死。
他在瀛臺苦捱春秋，袁世凱則在緊鑼密鼓地張羅帝制。黎元洪風聞此事，卻始終不敢相信。他在湖北時，就有人推測袁世凱必然稱帝，勸他加入反袁陣線。他說：“目前國情，以統一及安定民生為主。若全國統一，國會告成，項城如有野心，變更國體，即為違反約法，為國民公敵，不啻自崛墳墓。我當追隨國人之後，誓死反對。
即便我毀家滅身，繼起者也必大有人在，中華民國斷不至於滅亡。”如今讖言成真，袁世凱為了帝制自為之事，也親來瀛臺探訪，不由得黎元洪不信了。而當袁世凱言及此事時，他毫不客氣地回答道：“辛亥革命為推翻帝制、建立共和，死者何止萬千，如今大總統回頭再做皇帝，如何對得起這些先烈？”袁世凱怏怏而去。
此時，參政院已成為帝制黨的御用機構，黎元洪於是辭去參政院院長之職。然而他仍參加參政院的會議，敢於對楊士琦、梁士詒等帝制黨的論調反唇相譏，後由於多次遭到帝制黨的倒彩，故不復到會，並請辭副總統、總參謀長。
此時，由於瀛臺作為皇帝的禁苑已不適合他再居住，遂舉家遷入袁世凱在東廠衚衕為他置下的私宅。這一時期，他為共和守節，極盡孤獨困苦，有一次孫武來訪，二人竟至抱頭痛哭。
1915年12月13日，袁世凱接受百官朝賀，正式稱帝，改元“洪憲”。兩天後，“洪憲皇帝”發出第一道敕令，冊封黎元洪為武義親王。令文曰：
光復華夏，肇始武昌，追溯締造之基，實賴山林之啟，所有辛亥首義立功人員，勳業偉大，及今彌彰，凡夙昔酬庸之典，允宜加隆。
上將黎元洪，建節上游，號召東南，拱衛中央，堅苦卓絕，力保大局，百折不回，癸丑贛寧之役，督師防剿，厥功尤偉，照《約法》第廿七條特頒榮施，以昭勳烈。黎元洪著冊封武義親王，帶礪山河，與同休慼，槃名茂典，王其敬承。
黎元洪即召集智囊商量應對之策，饒漢祥勸他明哲保身接受王位，張國淦則堅決反對。黎元洪對饒漢祥嗤之以鼻，他說：“我意已定，寧死不受。”接著，國務卿陸徵祥等人來黎宅道賀，黎元洪當面表示不願受爵後，即拂袖入內。袁世凱不久又派裁縫來量做親王制服，被黎元洪逐客。
袁世凱以為黎元洪終將接受，遂於19日重頒敕令，命九門提督江朝宗到黎宅宣封。黎元洪不見，江朝宗即長跪高呼“請王爺受封”，黎元洪大怒，從房中疾步奔出，戟手勒袖，指著江的臉罵道：“江朝宗，你怎麼這麼不要臉，快快給我滾出去。”江朝宗卻仍挺身直跪，雙手捧詔，大呼“請王爺受封”五字不止。黎元洪遂令左右將江朝宗架了出去。
袁世凱聞訊，仍不死心，派袁克定等人往黎府饋贈各種禮物，但皆被拒收。自願來祝賀的也大有人在，如內史監阮忠樞、公府顧問舒清阿等就前來道賀，阮忠樞一見黎元洪便口稱“王爺”，並傳達袁的旨意，說打算封黎為副元帥和輔國大將軍，黎元洪怒道：“你們不要罵我！”而梁士詒來道賀時，黎元洪指著廳中一根石柱說道：“你們如再逼我，我就撞死給你們看！”
由於袁世凱之稱帝，並未完全否定民國，而之所以冊封黎元洪為“武義”親王，正是表彰其武昌首義之功。首義之功既在，則無論黎元洪如何拒絕受封，袁世凱都莫可奈何，否則將無以向國人交待。同樣地，黎元洪之所以要拒絕冊封並反對帝制，也是因為首義之功本來就是屬於民國的，而對帝制而言，是驢唇不對馬嘴。
但是，他在那樣一個非常時期能夠始終地堅持自己的觀點，不怕犧牲，毫不妥協，是難能可貴的。君不見，籌安六君子中，就有胡瑛、孫毓筠、劉師培、李燮和四個老革命黨，連革命黨人都如此墮落，黎元洪之守節就更顯可貴了。
此時，密謀出京的蔡鍔將軍密訪黎元洪。蔡鍔說：“欲解決此事，惟有武力。”黎元洪嘆道：“你我身在樊籠，何得出此。”蔡鍔答道：“大計已定，請您候我出京四十日後，必有佳音。”不久蔡鍔潛返雲南，打響了反袁護國的第一槍。
黎元洪聞訊大為欣慰，擊節歎賞道：“松坡不愧英雄本色！”需要指出的是，蔡鍔在出京前還去拜訪了一個人，那便是段祺瑞，所談的內容，多半和與黎元洪所談相同。在洪憲帝制中，黎元洪和段祺瑞是共了一場患難的。
不久袁世凱迫於壓力取消帝制，但仍想佔據總統之職，自然遭到了全國人民的反對。在護國軍方面看來，此時的幾個總統人選中，蔡鍔的威望顯然不夠，孫中山必然會遭到進步黨的反對，馮國璋或段祺瑞不可輕信，因此最合適的還是黎元洪。
梁啟超也認為，以黎元洪為總統，可以平息各派的爭論，且可明確護國的目的不是為了爭權奪利。事實上，黎元洪本來就是法定的總統繼承人，又堅決抵制了洪憲帝制，是當仁不讓的。於是，護國軍大元帥唐繼堯通電全國，恭奉黎元洪為大總統，領海陸軍大元帥。
此時不僅袁世凱對黎元洪忌心更盛，馮國璋等人也覬覦即將懸空的總統之職，黎元洪的處境十分危險。他一度想喬裝出逃，因計劃洩露而未果，袁世凱則令江朝宗嚴密監視他的行動。馮國璋自己想做總統，忙著迫袁世凱退位，袁世凱因為北洋系的眾叛親離而絕望，憂懼成病。
俗雲：“人之將死，其言也善。”他必定是痛感戕害民國之非，故在向徐世昌、段祺瑞託孤之際，念念不忘“約法”二字，並諄諄告誡徐、段二人要好好輔佐黎元洪。依照相關法律，他在親匱石屋中預置的繼承人，依次為黎元洪、徐世昌、段祺瑞。
總統位置懸空，段祺瑞未必不動心，然因徐世昌堅持應由黎副總統接任總統，段無奈接受，但心裡很不舒服。他與黎元洪早在前清兩次秋操時就已生齟齬，後來自己又奉令奪了黎的湖北，矛盾不可謂不深。段祺瑞本就器宇不寬，如今攜張國淦赴黎宅首致祝賀，竟然除了三鞠躬外，一言未發。
他對黎的敵視和輕視，已是一目瞭然。所以，為禍民國的“府院之爭”，其實自袁世凱逝世就已經開始了。
1916年6月7日，黎元洪在東廠衚衕私宅就任總統。北洋系對他出任總統十分不滿，擁至段祺瑞的國務總理辦公室，要求段或者徐世昌接任總統。段祺瑞即表示：總統是誰並不重要，重要的是要實行責任內閣制，削弱總統權力，而增加總理權力。此外，黎元洪任總統，南方的軍政府便無話可說。
於是，黎元洪任總統後，“府院之爭”迅速爆發。所謂“府”，指黎元洪的總統府；所謂“院”，指段祺瑞的國務院。段祺瑞堅持內閣責任制，凡事多不與黎元洪商量，惟將其當做蓋印工具使喚。
而且，段祺瑞為政本就懶散，一天中有大半天在下棋打牌，院務多交與秘書長徐樹錚來處理。而徐樹錚偏偏是個目中無人之人，他對黎元洪毫無禮貌，經常說“這些事不勞您費心”之類的話，從而使“府院之爭”不斷升級。
最初，黎元洪想延攬南方護國軍政府的人士入閣，唐紹儀、孫洪伊、張耀曾等人遂北上就職。他又想任命梁啟超為府秘書長，被梁婉拒，一是因為梁極具政治眼光，看出了府院之間的矛盾，二是梁作為進步黨人，對黎元洪延攬國民黨人十分不滿。
極受黎元洪重視的內務部長孫洪伊，便是在護國運動中脫離進步黨而入國民黨的，因此孫後來也成為府院之爭的一個焦點人物。
起初，由於府秘書長張國淦頗能調解雙方的矛盾，府院之爭尚能有所收斂。但隨著張國淦不堪重負而辭職，丁世嶧接任，府院雙方就開始了針鋒相對的鬥爭。先是丁世嶧竭力增大總統權力，段祺瑞則公開表揚徐樹錚的人品。接著，孫洪伊打抱不平，專門與徐樹錚作對，日日火併。
徐、孫第一次大沖突是因徐擅自以國務院名義發佈電令，催促四省軍隊會剿駐粵滇軍李烈鈞部；第二次是因徐為福建貪官胡瑞霖辯護。這兩件事都顯然是徐理虧，院方不得已向府方讓步，擬訂了有利於府方的五項方案。然院方終難解心頭之恨，於是以孫洪伊裁撤內務部冗員為罪名，著免其職。
徐樹錚將該免職令送交黎元洪蓋印時，黎元洪嚴詞拒絕。徐竟然說：“總統若再不用印，就只有不讓孫洪伊出席國務會議了。”黎元洪憤怒地質問：“你有什麼資格這樣講話？”徐樹錚冷冷地回答：“這是段總理的意思。”
徐樹錚的囂張跋扈使他在國會中臭名昭著，一些議員列舉了他的七大罪狀，聯署者達六十餘人。但段祺瑞堅決支持徐樹錚，竟不辭當面對黎元洪怒吼：“總統不免孫洪伊，就請免我吧。”這樣一來，黎元洪的態度不得不軟化。最終由徐世昌出面協調，雙方達成妥協，即孫、徐同時去職。隨後，“府院之爭”便更上層樓，成為黎、段的直接對壘了。
段祺瑞依靠張勳等人的督軍團，以對抗總統的權威，不久又以徐樹錚已去職為藉口，要求府秘書長丁世嶧也去職。黎元洪無奈同意，但要求由張國淦任院秘書長。張國淦的為人樂於排解紛非，故府院之爭暫時消歇下去。
然而接下來的對德參戰之議，成了黎、段宣洩矛盾的地方。段祺瑞早早地便與日本人達成默契，要對德宣戰，黎元洪十分憤怒，曾指著親日的曹汝霖的鼻子痛罵道：“你們要賣國，還要我隨同賣國，你們還有沒有心肝！”段祺瑞為了通過對德宣戰的議案，組織軍隊和“各界人士”包圍國會，並脅迫、毆打議員，企圖強行通過。國會忍無可忍，呈請黎元洪免去段祺瑞的總理職務。1917年5月23日，黎元洪簽署了罷免令，段祺瑞避居天津。
表面上看，府院之爭是府方贏了，事實上，由於段祺瑞遙控著最大的實力派督軍團，便自然會立於不敗之地。所謂“督軍團”，即各省督軍的聯合陣線，他們為了維護既得利益，對主張軍民分治的黎元洪十分不滿。他們為達到目的，竟雲集北京，不斷向黎元洪施加壓力，就對德宣戰一事而言，他們要求國會通過此案，否則便解散國會。
黎元洪答道：“你們作為軍人，職在國防，不要干涉中央政務。《約法》並無解散國會的條款，因此我無法照辦。”有了這些過節，督軍團便有了驅黎下臺之意。於是，在段祺瑞退居天津後不久，各省便紛紛宣佈“獨立”。
督軍團的盟主是坐鎮江淮的大軍閥張勳，他的志向又與別的督軍不同。他是著名的“辮帥”，除了要趕黎元洪下臺，還要迎接宣統復辟。他召集督軍團在徐州頻頻密會，就是商量復辟之事，督軍們有的贊同，有的冷眼旁觀，總之均未對張勳進行足夠的勸阻。
段祺瑞則想得更為深遠：徐州會議的形成本來就有徐樹錚的力量，如今張勳要復辟，讓他驅逐黎元洪，然後由自己興師討逆，三造共和，不正是一個千載難逢的機會嗎！
而黎元洪對這些鬼蜮伎倆一無所知，他只知道張勳有意進京調解矛盾，又認定張勳是個頭腦簡單、重義氣的熱心漢子，正為此喜出望外，哪裡還有他想。他在北京熱盼張勳的到來，但張勳人還沒到便給了他當頭一棒。
府秘書長從天津帶回了張勳的六項條件，要求解散國會、另立憲法等等，無一不似晴天霹靂。此時，黎元洪已無計可施，只好拋棄他曾許下的“不違法，不怕死，不蓋印”的諾言，宣佈解散國會，但堅稱此舉是為了保存共和政體。
但張勳豈容他保存共和政體。6月14日張勳進京，望眼欲穿的黎元洪開正陽門迎接。但張勳完全沒給黎元洪一點面子，一進京就把持了軍政大權。黎元洪的總統府一下子變得格外冷落，但他仍在盼望著內閣重組、國會重開、法統重光，為此，他還專門致電陸榮廷，要求南方萬勿北伐。可見，他對時局仍抱相當的樂觀態度。
但接下來發生的事令全國人民震驚，康有為來京後，張勳即脅迫王士珍等五十餘人，進紫禁城面聖，擁戴宣統復辟。黎元洪在第一時間得到消息，即表示“願以身殉民國”。7月1日凌晨四時，張勳派梁鼎芬、江朝宗、王士珍、李慶璋來總統府逼黎元洪退位。
梁鼎芬拿出“奉還大政”的奏摺要他簽名蓋印，他厲聲斥道：“民國是國民公有之物，我受國民之託而任總統，責任重大，退位與否，須遵從國民的意志，而非個人的行動。你們忠於清室，就要為清室的安全考慮，不能僥倖一試。復辟之後，我就不能再對清室的安全負責。”
張勳對黎元洪相當輕視，認為他已經無足輕重。但是黎元洪困居總統府內，仍不忘匡救共和。他派夏壽康赴天津問計於張國淦，張國淦認為總統既在難中，惟今之計，只有請馮副總統代理總統職務，並重新起用段祺瑞，令他討逆。黎元洪得訊後當機立斷，即刻擬訂了重新起用段祺瑞的任命書、命段討逆的命令，以及馮國璋在南京代行總統職權的電報，秘密派人送交段、馮二人。
他還不顧生命安危，通過日本使館發出一份否認“奉還國政”的通電，表示“受國民之託付，當茲重任，當與民國相始終，此外他非所知”。這一舉措激怒了張勳，總統府警衛隊遂被撤換。雖然外國公使團一再要求保證總統的安全，但是黎元洪仍覺不安全，遂於7月2日奔赴日本使館避難。
段祺瑞接令後，於馬廠誓師，不到一週時間便攻入北京，復辟遂告失敗。段祺瑞特地趕赴日本使館迎接黎元洪，實則意在譏諷。黎元洪則聲明準備辭職，決不再回總統府，接著他果然回到了東廠衚衕私宅。
段祺瑞對黎元洪深惡痛絕，故寧可支持馮國璋出任總統。馮國璋早有此意，欣然北上。但南方軍政府對此十分不滿，堅持認為黎元洪才是合法總統，並一度派人迎黎南下，被他婉拒。他決心脫離政治，做一介自由的平民。
但是段祺瑞對他餘怒未消，並且頗具戒心，為防他與南方聯絡，故禁止他避居天津。他還一度遇刺，此事見報後，孫中山即在廣州演說，表示願迎他南下執行大總統職務，並命程璧光攜兩艘軍艦在秦皇島準備迎接他。在這樣的情況下，段祺瑞自然更不會放黎元洪出京了。
因此，此期黎元洪的艱難困苦，有甚於當年被袁世凱軟禁在瀛臺時。
黎元洪雖在張勳復辟中，擔任了一個引狼入室的愚蠢角色，但他在逆境之中，敢於公開抗逆，呼籲共和，雖死無懼，是無愧於民國總統的身份的，這種精神與他在洪憲帝制中的表現一脈相承，互相輝映。只是，他雖然有心維護總統、國會、內閣各安職守的共和政體，但在崇尚強權的北洋時代，這隻能是痴人說夢！他被人稱為“黎菩薩”，正應了那句“泥菩薩過江，自身難保”的老話。
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