解螺旋公眾號·陪伴你科研的第2103天
要麼篩，要麼猜。
分子生物學裡有一個概念叫“順式剪接”，意思是在同一個基因內，切除內含子，使相鄰的外顯子彼此相連的剪接方式叫做順式剪接。
因為內含子和外顯子有多個，所以如何“剪”和“接”也就形成了一個新的科學問題——“可變剪接”。
一條未經剪接的RNA，含有多種外顯子，可以被剪成不同的組合，可翻譯出不同的蛋白質。就能將同一基因中的外顯子以不同的組合方式來表現，使一個基因在不同時間、不同環境中能夠製造出不同的蛋白質，增加生理狀況下系統的複雜性或適應性。
做科研的如何研究可變剪切呢？“篩”和“猜”總得選一個。今天小鹿先給大家介紹個數據庫，幫助大家去篩選、挖掘可變剪切，過陣子小鹿再給大家介紹一篇研究範文供大家參考學習。
這個數據庫是來自浙江大學醫學院出品的TSVdb，主要用來分析TCGA中的可變剪切。文章於2018年發表在BMC Genomics。
網址是：
http://www.tsvdb.com/index.html
網站主頁如下，看上去就是茫茫一片藍色，有種海洋、星空的感覺，想想也是，對做科研的人來說，征途就是星辰大海。
下面和大家介紹下網站的使用：
點擊上圖中的“INSTRUCTION”可以查看官方的介紹，點擊“START”就開始了探索分析之路。然後就會出現下圖中的框框，大家可以點擊選擇自己感興趣的腫瘤。我們以膀胱尿路上皮癌為例。點擊“Select”
然後會跳出對話框讓我們輸入基因，格式為“gene symbol”或者EntrezID，我們以例子中的“GAPDH”為例。
然後就會跳出以下界面，這部分選擇從不同角度進行定量，從exon level定量還是junction level定量。
隨後網站提示你進行表型選擇，例如比較正常vs腫瘤（選sampletype），比較種族之間的差異（選race）：
我們以sampletype為例，查看下結果：
點擊“Download Data”可以下載數據，點擊“Save as PDF”、“Save as SVG”可以保存結果圖片。雙擊圖中像是信號一樣不停震盪的曲線可以跳轉至UCSC網站展示詳細信息。
而點擊“GAPDH”那條代表基因表達量的淺綠色分佈圖或者點擊左邊代表不同剪接體的box可以跳轉出以下界面，而"Show”中包含了不同的圖形展示方式，看你喜歡哪一種。
值得提醒的是，基因或者剪接體如何分組是可以調整的，也就是說可以變化cut off值來定義高低。可以通過拖動紅色箭頭指示的那個灰色box來調整，也可以點擊右邊的表達值，然後會跳轉出一個框框，讓你手動輸入cutpoint value，實現重新分組，幫助找到好的分組方式和結果。
以上就是對這個網站的簡單介紹，對可變剪接有興趣的同學，或者還在尋找科研方向的同學不妨學習一下如何使用這個簡單好用，美觀大方的工具，技多不壓身，祝大家都能找到好東西。
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