小雪動漫社
黑衣組織當中有好幾個人已經知道柯南的真實身份就是工藤新一，不過現在有的人自願為柯南保守這個秘密，也有的人在明知道真實情況下，也不願意將柯南他們抓回去接受組織的懲罰，從下面幾個原因進行分析：
琴酒得知柯南真實身份不帶回組織接受必要的懲罰，是為了保全自己的面子
當初工藤新一發現了琴酒與其他人私下進行違法交易，而工藤新一自然是成為琴酒的眼中釘，他當時給新一服下了aptx4869這種毒藥，原以為工藤新一就此消失在這個世界上，清除了他的障礙物，結果工藤新一又以另一種身份活在這個世界上。
而琴酒發現了這個秘密，他只能自己一方面悄悄行動，另一方面又阻止其他人向組織老大彙報，就是為了保全自己的面子，畢竟他是組織當中的二把手，一旦這個秘密被組織當中其他人發現，那幕後大boss就會認為他沒有能力勝任二把手，極有可能會威脅到他的地位。
黑衣組織的人看起來比較肆無忌憚，但還是威懾於警方的力量，害怕警方就此而將其一舉殲滅
整個劇情當中我們發現黑衣組織他們是在鑽法律的空子，利用法律的漏洞，然後為自己斂取財富，又同時去做其他的違法交易，而現在雖然他們有的時候有一點明目張膽，琴酒在單獨面對柯南以及單獨面對小蘭的時候比較猖狂，但是在真正面對警察的時候，還是礙於警察這樣的一個身份，不敢暴露自己太多的信息。
而且現在我方迫於沒有直接證明他們犯罪的證據，急於想要找一個理由將他們一舉殲滅，一旦黑衣組織的人發現柯南的秘密之後將柯南抓走，那麼恰好是給了警察一個更好的理由去將他們剷除，所以黑衣組織的人現在在明知道工藤新一還活著的情況下也不敢輕舉妄動。
黑衣組織想得到灰原哀研製出來的解藥，想要謀取更大的利益，在暗處伺機而動
黑衣組織現在到底在進行什麼交易，我們誰都不清楚，只知道包括各方面的業務，而現在組織當中明明得知了工藤他們身份變小，但是同時得知他們在研究APTX4869的解藥，黑衣組織的人又看到了商機，想要在解藥成功的那一刻據為己有。
所以在他們的周圍安插了很多的人，埋伏在周邊就是想要伺機而動，一旦灰原哀的解藥研製成功，他們第一個就進行搶奪，其次再把配方搶過來，目的就是為了獲得更大的利益，所以現在他們不採取行動，不是代表不知道秘密或者是其他的原因，真正的目的還是因為考慮到了組織更大的利益，他們自認為自己可以做得更好，然後部署的更好，就可以將一切都掌控在自己的手裡。
結語
歸根到底，黑衣組織還是考慮到了個人的利益。想要放長線釣大魚，想要反其道而行，想要利用柯南與灰原哀急於想恢復原本面貌的急迫的心理，然後促使他們快速研製解藥，進而黑衣組織從中謀取更大的利益。
因為黑色組織都找不到柯南,也是作者故意的。
