五代十國時，南通稱靜海，先後設東洲靜海都鎮、靜海都鎮制置院。後周顯德五年（958）周世宗克靜海，初設置靜海軍，後改通州，轄靜海、海門兩縣，始筑州城。州名來歷，據明萬曆《通州志》記載：“州之東北，海通遼海諸夷；西南，江通吳越楚蜀；內，運渠通齊魯燕冀。故名通州。”又，《讀史方輿紀要》載：“州據江海之會，由此歷三吳，向兩越，或出東海，動齊燕，亦南北之吭喉矣，周顯德取其地，始通吳越之路，命名通州。” 。宋天聖元年（1023），通州一度改稱崇州，又名崇川。明道二年（1033）複稱通州。政和七年（1117）後，通州一度改為靜海郡。元至元十五年（1278）通州升為通州路，至元二十一年恢復為州。清雍正二年（1724）通州升直隸州。我國古代地名用字，有一條不成文的規則，即同一級地名的用字不能重複，重複了就要改。金代天德三年(1151年)，該地北方又把潞陽(今北京市通縣一帶)改為通州。清代時為避免兩地重名，在南方的通州名字前面加上一個“南”字，以示區別。民國元年改為“南通縣”，1949年又把縣城區及近郊合在一起，稱為南通市。
1953年更名為江蘇省南通專區；同年南通市為省轄市。1954年南通市轄城東區、城西區、唐閘區、郊區和天生港鎮。1958年崇明縣劃歸上海市。同年9月，南通市改屬南通專署領導。1962年6月，南通市復為省轄市。1970年，南通專區改稱南通地區，地區行署駐南通市。1979年，南通市設城中、港閘、郊區3個市轄區。1983年，南通地、市合併，實行市管縣體制，轄城區（由港閘、城中2區合併）、郊區2區，代管海安、如皋、如東、南通、海門、啟東6縣。1989年11月、1991年2月，如皋縣、啟東縣先後置縣級市。1991年，城區、郊區分別更名為崇川區、港閘區。1993年，南通縣置縣級通州市。1994年4月，海門縣置縣級市。
2001年，狼山鎮劃入崇川區。2009年3月，通州市改置通州區。2018年5月，撤銷海安縣，設立海安市，由江蘇省直轄，南通市代管。
截至2019年11月，南通市轄3個區、1個縣、代管4個縣級市：崇川區、港閘區、通州區、如東縣、啟東市、如皋市、海門市、海安市，總面積8001平方千米。
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