在日本，無論是城市景觀還是鄉村風光，都呈現出各自不同的迷人之處。和發達的高科技產業以及繁榮的金融市場相比，日本的農業發展保留了極為珍貴的文化傳統。目前，日本擁有5個全球重要農業文化遺產，它們分別是：
1. 佐渡島稻田—朱䴉共生系統
朱䴉一直以來被日本皇室視為聖鳥。日本新瀉縣的佐渡島地區在接受1998年中國政府贈送的兩隻朱䴉後，當地的朱䴉數量持續增加。如今，佐渡島不僅成為了朱䴉的生存樂園，還形成了“佐渡島稻田—朱䴉共生系統”，擁有著豐富的農業生物多樣性和良好的生態環境。該系統於2011年入選全球重要農業文化遺產。
2. 熊本縣阿蘇可持續草地農業系統
熊本縣阿蘇山位於九州島中部，這裡有世界級的破火山口，是日本著名的活火山。當地人對寒冷高地的火山土壤進行了改良，建造出草場用於放牧和割草，形成了水稻種植、蔬菜園藝、溫室園藝和畜牧業相結合的多樣化的農業生態系統。“熊本縣阿蘇可持續草地農業系統”於2013年入選全球重要農業文化遺產。
3. 能登半島山地與沿海鄉村景觀
能登半島的山地與沿海的鄉村被大海從三面包圍，整個景觀彙集了梯田、防護林、池塘和村落等不同的自然生態，也被稱為裡山裡海。難得的是，這裡至今還保存著自然曬稻穗、漁女捕魚等傳統農林捕魚法。與農耕相關的文化祭祀活動貫穿一年四季，是傳承久遠的珍貴民間文化遺產。 “能登半島山地與沿海鄉村景觀”於2011年入選全球重要農業文化遺產。
4. 靜岡縣傳統茶—草複合系統
靜岡的茶不僅栽培量位居日本第一，茶葉品質也非常好。這裡的茶種植在暖溫帶旱地的茶—草複合系統：草地環繞在茶樹周圍，不僅保護了茶樹根部，也提高了茶葉質量。這是一種典型的綠茶生產與草地管理相結合的傳統農業系統。“靜岡縣傳統茶—草複合系統”於2013年入選全球重要農業文化遺產。
5. 大分縣國東半島林—農—漁複合系統
“大分縣國東半島林—農—漁複合系統”是一種包含橡木林、稻田和灌溉池塘等的循環性農業模式，其中利用鋸齒橡木原木進行香菇栽培是其特色生產方式，為當地居民提供了食物來源和生計保障。其傳統的林農管理方式還傳承了農耕文化，保護了農業生物多樣性。該系統於2013年入選全球重要農業文化遺產。
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