克林頓總統還交給《日本是第一》一書的作者、哈佛大學的艾茲拉·伯肯魯教授一克林頓個任務，命令其與奈一起，決不能讓日本成為第一。為此，美國政府從國家利益的戰略高度重新調整了對日政策，決定動用1988年美國國會為對付不公正貿易而通過的以超級301條款為核心的“綜合貿易法案”。1989年美國以不公正貿易為由正式向日本提出了“超級301條款”，對日進行制裁。同時，美國認為，它的商品不能打入日本市場還與日本的經濟結構有關。1989年5月，布什總統指示與日本交涉有關經濟結構問題。1989年9月，日美結構協議談判開始舉行。美國提出了200項以上的改善結構障礙的條款。改造協議實際上是美國對日本的制裁。它從對日本貿易政策的批評開始，涉及到日本的經濟政策，企業行為，商業習慣，甚至於日本的產業文化，最後歸結到打擊和“改造日本”的目的。接著，1993年7月，新當選的美國總統克林頓在《美日結構協議》中，要求日本進一步開放國內市場，併為減少貿易順差確定數字指標，日本拒絕。
1994年初，日本宣佈調整對美國零部件的採購政策，美國則以“超級301條款”相威脅。1995年日本在談判中仍拒不接受美國市場開放的數字目標，並提出了5年過渡方案，受到美國強烈抨擊。美國不失時機地抓住佔對日貿易全部赤字60％的汽車貿易（1004年達370億美元）這一最大元兇進一步對日開刀。當95年5月5日的日美高層汽車貿易談判中因各不相讓而宣告破裂時，美國為逼使日本就範，根據“超級301條款”斷然宣佈了對日實行貿易報復的清單，即對日本向美國出口的五大汽車公司在日本本土生產的13種，20萬輛高級轎車徵收100％的關稅，懲罰金額達59億美元。
與此同時，美國向世界貿易組織提出申訴，要求對日本封閉市場行為予以處分。日本對美國的壓打，雖然曾毫不示弱進行“反抗”，但在最後關鍵時刻還是“屈服”了。僅如此，而且美國還與西方各國聯手，通過操縱國際外匯市場的走勢促使日元升值來打擊和制裁日本。如前所述，進入90年代後，日本國內“泡沫經濟”破滅，經濟陷入衰退（也稱平成蕭條），股價、地價暴跌，消費萎縮，公司倒閉，金融機構陷入困境。正是在這種情況下，日元出現了與其實際經濟情況截然相反的變化。1993年初，美國財政部部長勞埃德·本森表示，強勢日元有利於美國經濟，於是美元便在美國政府的主導下一路貶值。1992年1月20日，日元兌美元由144.79急升122:1，1993年8月17日再升到100:1。
之後，在西方各國持續推促日元升值的情況下，1995年4月19日，日元更升到79.75:1的高價。對“外部環境”嚴重依賴，尤其對美歐操縱著的“國際經濟環境”十分敏感的日本，由於同美歐經濟上的對立和摩擦，自然失去了西方的特別照顧。外部環境的不斷惡化和“打噴嚏”，使得日本經濟連連“感冒”而久病不愈，飽受著折磨和“摧殘”。日元的急劇升值，無疑使處於蕭條、急待恢復的日本經濟更是“雪上加霜”，破壞了日本國內的價格體系，使企業收益降低，資本紛紛外遷轉移，國內投資不振；同時，產業空洞化加劇，失業率上升，收入增長停止，消費低迷，從而使日本經濟的復甦更加舉步艱難。於是，日本由最初的急躁、沉不住氣開始向怨天尤人、唉聲嘆氣的悲觀情緒轉化，“日本完蛋了”，“日本從此以後將瀟灑地走向衰落”“日本是19世紀的英國”等論調開始取代“日本神話論”“21世紀是日本的世紀”“日本是不可戰勝”等論調。加上1995年的神戶大地震，奧姆真理教，一種世紀末的悲哀如同迷霧陰雲般瀰漫覆蓋在整個日本島的上空。
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