源義朝兵敗被殺之後，他有幾個未成年的孩子幸運地活下來了。其中著名的兄弟倆就是源賴朝和源義經。當時源賴朝僅僅13歲，而乳名牛若的源義經，彼時尚在母親常盤夫人的懷中吃奶呢。
平清盛這輩子最大的遺憾，可能就是未把源賴朝殺死。另一個遺憾就是，他把源義經一直養到六七歲。這其中，與兩個女人有關係:一個是他的繼母池禪尼，一個是源義朝的寵妾常盤夫人。
捉到源賴朝的時候，平清盛是想把他殺了的。但是平清盛的繼母池禪尼看到13歲的源賴朝的時候，非常吃驚，覺得他長得很像她早夭的兒子，於是連哭帶鬧帶絕食地請求平清盛保留源賴朝的性命。平清盛只好答應，把源賴朝流放到伊豆去了。源賴朝在伊豆一被流放就是二十幾年。
在源義朝戰敗之後，常盤夫人帶著自己的三個幼兒，風雪之中想去投靠自己的母親，沒料到自己的母親早就被平清盛捉到了。於是，常盤夫人帶著自己的孩子去平清盛的府邸為自己的母親求情。婦幼入虎口，常盤夫人也是抱了必死的決心的。但是呢，常盤夫人是個美女，這一點平清盛也久聞大名，於是接見了常盤夫人。果然是一見傾心，當時就想據為己有。常盤夫人請求平清盛保全自己孩子和母親的性命，平清盛答應了。於是，大一點的兄弟倆被送到寺廟出家了，尚在襁褓之中的源義經，跟著母親生活到4歲左右，也被送出去當和尚了。在當和尚的過程中，源義經也是很另類的，不僅沒有剃度，也不念經，反而跟著人學習起兵法來。到十幾歲的時候，源義經就是一個文武雙全並且俊美元雙的少年才俊了。他在得知自己的身世之後，決定輾轉投奔自己的哥哥。在後來討伐平清盛的戰爭中，源義經以他的聰明才智和武藝，衝鋒陷陣，發揮了重大作用，以至引起了兄長的嫉妒。
源賴朝呢，在伊豆，過的日子還是挺逍遙的，起碼不像弟弟那樣四處飄零。更重要的是，他還找了一個很好的岳父家——北條家，娶了個文武雙全的老婆——北條政子。當時的伊豆是北條家的領地，源賴朝流放至此，北條家替平清盛監管源賴朝。北條家的女兒北條政子早就很傾慕這位少年英雄，等有機會見到這個年輕人的時候就芳心暗許了。北條家很不同意這門婚事，一個好端端的貴族家的姑娘，怎麼能嫁給一個流放的犯人呢？但北條姑娘相當勇敢，她不顧家人的反對，居然私奔到源賴朝那裡去了。如此一來，北條家也沒有辦法，只好承認。由此，源賴朝多了一個賢內助。這點，他比他弟弟強多了，他弟弟源義經，最後娶了個著名的藝伎做老婆。
等源賴朝被流放到二十多個年頭的時候，平清盛和平家在京城，已經搞得怨聲四起、樹敵頗多了。
平清盛是個很有理想的人，但是，他所面對的是一個骨子裡其實沒有任何改變的日本。太上皇們生活在院政的舊夢裡，天皇們積極地尋求著增強自身權力的辦法。對現有的制度，平清盛並沒有任何改變的力量：他陷入了一個權力的泥坑之中，無法自拔。他也落入了俗套，使用各種辦法增強自己的權力，直到自己成為天皇的外祖父。這時候，他的年歲已經不小了，他的兒孫也已經很多了。有很多事情，他既控制不住自己，也控制不住自己的家族。
後白河法皇，是個不甘寂寞的人。在平清盛權勢日盛的時候，他也沒停止過折騰。1177年，後白河法皇與院政的近臣們進行了一場恢復權力的努力，還沒行動呢，就被告密了。參與者不是被殺，就是被平清盛給流放了。還好，平清盛最終還是沒有直接向法皇興師問罪。
1179年，後白河法皇在平清盛的愛女平盛子去世之時，沒和平清盛商議就把平盛子的莊園給收歸國有了。同樣的事情在平清盛的兒子平重盛去世的時候也發生過一次。這一次，後白河法皇直接沒收了平重盛的領地越前國。平清盛一邊悲傷一邊大怒，親自率領大軍到福原，把支持法皇的那一波大臣，全部給滅了。這次後白河法皇也未能免，平清盛直接把他給抓起來，囚禁在鳥羽殿。後白河法皇的院政時代就這麼結束了，平清盛獨攬大權。
他試圖控制皇室。他硬將自己的女兒建禮門院德子嫁給高倉天皇，讓自己襁褓之中的外孫登基成為安德天皇，徹底控制了整個朝廷。同時，在清理莊園、擴大平家權力的同時，平家幾乎是一夜之間成為五六百個莊園的領主。一時之間，平家攀上繁華的頂峰:“綺羅充滿，堂上如花，軒騎群集，門前若市。揚州之金，荊州之珠，吳郡之綾，蜀江之錦，七珍萬寶，應有盡有。”
隨之而來的是平家行為的不端。一個人沒有擁有權力的時候，永遠不知道它有多誘人也不知道它有多壞。而一旦不好好使用，權力給他人帶來的是災禍，給自己帶來的是災難。平家不僅橫徵暴斂，而且對其他大小貴族也缺乏應有的尊重。1170年，攝政藤原基房外出度假歸來，遇到了平清盛的孫子平資盛的車隊。一般的禮節是，大小官員見到攝政的車隊都要下車行禮，但平資盛顯然沒有將攝政放在眼中，居然沒有下馬。藤原基房的隨從很是憤怒，將平資盛從車上拉下來，羞辱了一番。平清盛聽聞此事大怒，伺機報復。隨後，藤原基房前往宮中參加高倉天皇的元服禮時，平清盛命屬下300名武士，襲擊了基房的車隊，打壞其所乘的牛車，並斷其從髮髻。這個事件在當時影響很大。平重盛的父親平清盛命令平資盛前往伊勢國閉門思過，並取消了他長子的地位。
平清盛做的最讓貴族們怨憤的一件事，就是遷都。1180年，他挾持後白河法皇，高倉上皇及天皇遷都福原。大小貴族和一些平民百姓不得不興師動眾，一路車馬相隨，勞心勞力搬家到福原。遷都之後，京都衰落，瞬間變成一片荒原。平消盛此舉招致了僧侶、武士、權門貴族的普遍不滿，加上京城這幾年米一直處在各種自然災害的襲擊之中，反對派們已經決心行動了。平清盛的末日即將來臨。
1180年的源賴朝，已經有很多的支持者。他人在伊豆，卻時刻關注著平家的動向。當年，平家所有的敵人都有抬頭的跡象。
源賴政和後白河法皇的次子以仁王，首先舉起了對抗平家的大旗。事發之後，平清盛反應非常迅速，他派四兒子平知盛領軍征討之，最後敗逃的以仁王和源賴政兩人都被誅殺。接著，幫助以仁王對抗平氏的人一一被誅殺。而他這時候之所以選擇遷都，也是因為福原是平家的勢力範圍，他已經小心到要把所有的一切控制在自己手心才能夠放心。
1180年8月，伊豆的源賴朝終於與北條家聯手，舉兵討伐平清盛。平消盛派嫡子平維盛帶領大軍進入關東，企圖一舉消滅源賴朝。然而，在與源賴朝交手的富士川一役中，還未等源義經等人真正出戰，駐紮在河邊的平維盛，因為自視甚高，不把源家放在眼中，不去琢磨打仗，反而帶了一幫歌伎夜夜笙歌。因為太過放鬆，大軍居然被水鳥起飛的聲音嚇得潰散。這事一傳出去，平家的老臉算是丟盡了。這事也讓平清盛的反對者覺得，平家的軍隊已經不再是過去的那個平家軍了，平家確實沒落了。
這場源平之戰，持續到1185 年，源賴朝並沒有一帆風順。第一場戰役，他就灰頭土臉地輸了。1180年陰曆八月，他在石橋山與平家軍隊遭遇。對方有三千騎兵，而他只有三百人，實力懸殊，戰爭結果可想而知。在被狠狠地修理一頓之後，他領著剩下的不多人馬，逃到深山中去了。還好源賴朝是個很穩重的人，善於吸取教訓、他一面四處籠絡貴族和武士，一面研究戰術，在接下來的幾年裡，穩紮穩打，終於一點一點地蠶食了平氏領地。這其中比較重要的原因，就是他的天才弟弟源義經。
經過這次源平之戰，源義經在日本民間被稱為"戰神"了。1184年1月20日，源義經一路攻入京都，隨後奉哥哥的命令，進駐了平氏的根據地。2月，源義經在丹波的三草山打敗平資盛。接著一鼓作氣，在一個早晨他隻身帶著七十多人，衝到平氏的老巢，平宗盛不得不帶著自己的外甥一一幼小的安德天皇逃往香川。1185年，在源氏對平氏決定性的一擊中，源義經領兵二百多人渡攝津的渡部津，次日到達阿波。連休息都沒有休息，就去攻打平氏在香川的棲身之地。平氏措手不及，只好自己放火燒了屋子，逃往海上。3月，源賴朝和源義經發動海戰，悉數殲滅平氏殘餘部隊，8歲的安德天皇投海自盡，平宗盛父子(平清盛死後由平宗盛繼承平氏事業)被活捉。這場戰爭，被稱為"壇浦之戰"，接下來的天下，是源家的了。
源義經功高震主，又得到了後白河法皇的信任，曾經被任命接受官職。但是源賴朝並不是很喜歡這個弟弟，他爹源義朝生性好色，妻妾成群，有好幾個私生子在外頭。源義經的母親常盤夫人出身不好，後來又嫁給了平清盛，搞得兄弟二人之間一直是有隔閡的。最後，兄弟二人反目，義經出走，在無奈中自殺。他的孩子在出生之後也被源賴朝殺掉。一代“戰神”的悲劇結局，還是令人欷歔的。當然時代就是如此，歷史在不斷前進，總有人留，總有人去。源賴朝要應付的事情還有很多，活著的悲劇往往比死去的更為嚴重。
從平清盛開始，武家開始控制日本的政治；而從源賴朝開始，這種東西開始制度化了。比起自己的弟弟，源賴朝算不上是一位成功的將軍。但他有更多過人之處。他為擊敗平氏家族所作的努力都在幕後，不像源義經那麼耀眼。他要做的事情不僅僅是打仗，在伊豆的時候，源賴朝就十分注意武士的力量，他蒐集了一大批來自關東的武士在他旗下。當然，他之所以能夠有這個威望，還是沾了老爹的光。關東是源氏的發源地，許多武士本來就是他爹的部下或者部下的兒子，對源氏很有感情。日後他還建立了一套完善的體系，這套體系既保障了武士對幕府的忠誠，也在經濟上保證了武士的切身利益。因此，跟隨源賴朝的武士，既有榮譽，又有安全感。 於是源賴朝手下的武士和士兵越來越多，曾經有過短短一兩個月武士就從幾百漲到幾萬的輝煌紀錄。
在重視武力的同時，源賴朝從未輕視其他人才。因此，他廣招賢能，不論是侍奉過朝廷的官吏，還是地方上的下級武士，只要通曉政務、忠於自己的，他都加以重用。這些人為源賴明組織了一個強大的智囊團，其中不乏博學多才、才華出眾者。這些人幫助源賴管理朝政，促進改革，實行新的制度。
1185年，壇浦決戰之後，源賴朝在軍事上取得了決定性勝利。1190年，源賴朝與後白河法皇見面，正式受封，任朝廷權大納言（編外太政官副職）、右近衛大將軍等職，隨後，他假以法皇名義控制各地軍政大權。1192年，後白河法皇封源賴朝為"徵夷大將軍" 。同年，後白河法皇去世，源賴朝建立了日本歷史上第一個武士政權——鎌倉幕府。
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