導言：在早期階段，自然界就開始了在不改變細菌細胞DNA組織順序的前提下來使其DNA發揮不同的功能，而這就是通過給DNA亞基上添加化學標記來實現的。DNA甲基化是哺乳動物的關鍵表觀遺傳機制，其中5-甲基胞嘧啶（5mc）是最常見的DNA修飾之一。6mdA是細菌限制性修飾系統的基本組成成分，目前在哺乳動物中缺乏已知的限制性修飾系統。先前有不少研究報道，6mdA也存在於哺乳動物中，但並無證據支持。
近日，在《科學進展》上的一項研究中，瑞典林雪平大學的研究人員表明，哺乳動物細胞中存在細菌表觀遺傳標記很可能被汙染了，並且沒有足夠的證據來證明哺乳動物中存在這種修飾。
N6-甲基腺嘌呤（6mdA）是細菌中廣泛的DNA修飾，但最近在哺乳動物DNA中也得到了表徵。然而，研究人員寫道，即使對來自相同哺乳動物細胞類型的DNA進行的6mdA譜圖和豐度測量研究也不一致。
為了進一步闡明6mdA在哺乳動物譜系規格中的作用，研究人員利用了體外將人類幼稚T輔助（NTH）細胞分化為TH細胞亞群的能力。但是，與先前的研究相反，他們發現TH分化過程中6mdA的丰度沒有全局變化，並且觀察到分化的T細胞中的6mdA水平與未甲基化的全基因組擴增DNA相同，這表明6mdA並未以可檢測的水平存在人類T細胞中。
他們還分析了從六個人類細胞系中分離出的DNA中的6mdA，並鑑定出兩個具有高於背景噪聲水平的6mdA水平的細胞系。出乎意料的是，兩種單獨的293T細胞系培養物具有不同的6mdA水平，這表明研究人員觀察到的6mdA信號並非細胞類型本身固有的。確實，當他們進一步看時，他們發現兩條6mdA水平升高的細胞系被支原體屬汙染，支原體屬一種常見的細菌細胞培養物中富含6mdA的汙染物。當他們用支原體特異性抗生素Plasmocin處理細胞系時，6mdA信號降低為WGA陰性對照。
“我們意識到通過這些技術檢測到的6mdA'信號'只是噪聲。但是，由於一些複雜的技術問題，幾種方法中的背景噪聲不是隨機的，而是真實信號。”高級作者Colm Nestor（科爾姆·內斯特）在一份聲明中說。
研究人員分析了以前通過DNA免疫沉澱測序、質譜和單分子實時測序在哺乳動物細胞中定位或檢測6mdA的努力。人們發現每種方法都有侷限性或缺陷，使表觀遺傳標記的假陽性發現率很高，似乎表明林雪平研究人員認為不存在這種現象的證據。
這組作者寫道：“我們證明，RNA和細菌汙染、抗體交叉反應性和其他技術限制的結合已導致6mdA在哺乳動物DNA中的反覆錯誤識別。隨著DNA和RNA修飾家族的不斷增長，以及以前未知修飾的豐富性越來越罕見，即使使用多種互補方法，我們也強調了錯誤發現的可能性。我們建議使用修飾和未修飾的基因組DNA標準作為今後對稀有DNA修飾的研究的最低要求，以及在使用前更全面地驗證抗體特異性。”
內斯特補充說，研究人員在研究非常罕見的現象時必須非常小心，選擇使用哪種方法，並考慮他們是否真正在衡量存在的事物。他說：“現在我們可以毫無疑問地說哺乳動物中不存在6mdA。關於6mdA，如果研究人員停止研究根本不存在的東西，則可以節省大量時間和金錢，並且避免了很多令人失望的事情。”
參考：https://www.genomeweb.com/genetic-research/researchers-find-no-evidence-support-presence-bacterial-epigenetic-mark-mammals#.Xngq-k8zbIW
【熱點】COVID-19在人類宿主中會進化！
《JEM》:網紅“腸微”新突破：實力演繹如何增強癌症免疫治療效果！
【熱點】最新分析顯示COVID-19重症患者危險因素！COPD患者死亡高風險！
【新發現】臨床試驗顯示HIV藥物對COVID-19無效
閱讀更多 轉化醫學網 的文章
