二、從宇宙真粒子論看物質進化
如上，粒子宇宙論重點闡述了世界的物質性，從形體角度闡述了宇宙物質的運動屬性和存在狀態及其關係，但這並沒有涉及物質的本質。物質的本質是在運動狀態下實現的進化。我們把這一範疇的研究稱為物質進化論。達爾文著有《生物進化論》，闡明動物從低級向高級進化的規律；物質進化觀是要從物質運動角度闡明物質從低級向高級進化的規律，也即無機物向有機物、向動物、向人類進化的軌跡以及其間的傳承關係，進而闡明物與心的關係問題。研究中華國學，破解人類思維之謎，透徹地理解前人的思維成果，必須破解物質進化的秘密。這個問題也是古今哲人一直關心的問題。物質進化說白了就是物質從低級向高級，從簡單到複雜，從“無生命”到“有生命”，從低級生命到高級生命的運動變化。
從生命的演化過程來看，一切生命都來自有機物，一切有機物都來自無機物，也即一般所指的物質。有機物、無機物實際上都屬“物質”，只是機有區別而已。
從無機物質進化到有機物質，最顯著的區別是前者沒有吞吐循環（新陳代謝）的能動功能，後者有之。最簡單的細胞蛋白質就具有這樣的功能，這種功能也叫生命功能。生物最重要和基本的特徵在於生物能進行新陳代謝。
現代科學定義指出：生命泛指有機物和水構成的一個或多個細胞組成的一類具有穩定的物質和能量代謝現象（能夠穩定地從外界獲取物質和能量並將體內產生的廢物和多餘的熱量排放到外界）、能回應刺激、能進行自我複製（繁殖）的半開放物質運化系統。生命個體通常都要經歷出生、成長和死亡。生命種群則在一代代個體的更替中經過自然選擇發生進化以適應環境。
病毒在有寄主可寄生的時候，會表現出生命現象；但在沒有寄主可寄生的時候，不會表現生命現象，所以病毒是介於生命與無生命物質之間的一種奇妙的生物。生命表現的這些機能就是生命的特性，它是宇宙物質長期運動的結果。
物質進化論是20世紀初化學進化論的繼續。化學進化論主張從物質的運動變化規律來研究生命的起源。認為在原始地球的條件下，無機物可以轉變為有機物，有機物可以發展為生物大分子和多分子體系直到最後出現原始的生命體。1924年，蘇聯學者A.N.奧帕林首先提出了這種看法；1929年，英國學者J.B.S.霍爾丹也發表過類似的觀點。他們都認為地球上的生命是由非生命物質經過長期演化而來的；這一過程被稱為化學進化，以別於生物體出現以後的生物進化。1936年出版的奧帕林的《地球上生命的起源》一書，是世界上第一部全面論述生命起源問題的專著。他認為原始地球上無遊離氧的還原性大氣在短波紫外線等能源作用下能生成簡單有機物（生物小分子），簡單有機物可生成複雜有機物（生物大分子）並在原始海洋中形成多分子體系的團聚體，後者經過長期的演變和“自然選擇”，終於出現了原始生命即原生體。現在，化學進化論的實驗證據越來越多的為絕大多數科學家所接受。物質進化論沿著化學進化論這一思考路線，結合粒子宇宙論、全息論等新觀點，以馬克思辯證唯物主義為指導，以實事求是的精神為原則，以中華國學精髓理念為土壤，深入探討物質的真相以及它與高級動物、人和思維靈魂的關係，進而破解宇宙起源、生命起源、人類起源、思維起源、唯心和唯物間的秘密及聯繫，把人類認識帶入一個新的時代。不僅如此，它還可以包容並解釋古代生命觀、現代生命觀、生命起源觀、蓋婭觀點等一系列思考的根源和成就，從而為和諧人類認識開闢出一條金光大道。
在物質進化論中，我們探討的是有機物無機物的“機”和它們的區別及聯繫。無機物各類物質的機和構—方面表現在其粒子（分子、原子）的構成，它們的區別重點在組成的數量和形狀上；另一方面表現在其性能上，其區別重點在能量不同、性能各異上。它們的共同點就是都處在粒子狀態的運動變化之中，我們平時所說的物質的運動變化實際是指粒子的運動變化，這些粒子都既有不同的形體，又有不同的性能。其間形體與性能一體兩面，同時存在，共同體現物質的屬性。在物質範疇，沒有無體的性，也沒有無性的體。這裡，我們可以把物質的性稱作物質的靈魂或靈性。這種靈性、性能是物質變化的關鍵。秉承著形體與性能兩大要素（基因），物質的運動從無機走向有機，從簡單走向複雜，從低級走向高級。這其間的橋樑便是水（還包括空氣、溫度、壓力等要素）。水是介於有機與無機之間的物質，傳統的說法把它劃為無機物，是從它的形體構成和一般性能來說。水分子本身沒有能進行自我複製（繁殖）的半開放物質系統，但是，水是生命之源，是有機物存在和進行自我複製（繁殖）的必要條件。從這一點講，它就接近了有機物。它有機的方面重點不在自我複製，而在它的靈性也即感應性上。日本科學家的水結晶實驗證明了水的靈性，水結晶表現出其對人不同情感——以物質為基礎的情感表達——有著不同的反應，這一現象是解開世界萬物靈性相通之謎的鑰匙，同時也是破解無機物進化到有機物奧秘的開山斧。無機物通過水的運動變化，進化為有生命像徵的有機物，從核糖核酸到蛋白質（體），從無機物的性能到有機物的靈性，沒有水的參與是不能實現的。可以說，水是世界物質最富有靈性的東西，是有機界靈性最基礎的物質，是一切靈性之根。這種靈性最主要的表現之一是能不同程度地回應各類外界刺激，有利自身生存。
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