清朝入關之後，入主紫禁城，不僅效仿漢族人的宗廟制度，而且直接繼續使用明朝留下的太廟。所謂“宗廟”，就是用來祭祀祖先的地方，皇帝的宗廟就稱為太廟，清朝入關，為了更好地鞏固統治，所以直接享用了先朝的宗廟。雖然是使用了前朝的宗廟，但肯定不會供奉前朝的祖先，那麼明朝的那些皇帝牌位到哪裡去了呢？
歷史上也有很多朝代直接使用先朝的太廟，在劉裕滅司馬氏之前，歷朝歷代的皇帝為了收攏人心，都對前朝的皇室人員給予優待，以顯示自己是繼承正統的。到了南朝時期，劉裕給後世做了反面教材，從此，亡國之君往往不能夠善終，但並不是所有的朝代都這麼做，宋朝和金朝對前朝皇室還是比較優待的，比如金朝雖然是少數民族的政權，但是卻很尊重前朝皇室，封遼天祚帝為豫王、宋徽宗為天水郡王、宋欽宗為天水郡公。
清軍入關之後，打著為崇禎復仇的旗號，卻將崇真的兒子趕盡殺絕，並沒有像金朝一樣對前朝優待。但是雖然清朝沒有給予前朝優越的待遇，但是卻也有所補償。
清軍入關本來就名不正 言不順，所以肯定不會將明朝太廟裡的牌位全都粗暴的清理出去，但是他們自己來的時候就是抱著努爾哈赤和皇太極的皇位來的，總不能將自己先祖的牌位隨便放置或者是和明朝的牌位放在一起，而為了穩定民心前朝的牌位又動不得，一時之間還有些苦惱。但是很快這件事就有了解決辦法,這還要得益於朱元璋，朱元璋在明太廟的旁邊建了一個歷代帝王廟，祭祀歷代著名的帝王。
於是順治就把原來太廟裡的明朝皇帝牌位全部移到了這個歷代帝王廟裡，這個帝王廟裡放置的是歷代有名氣有作為的皇帝牌位，這個歷代帝王廟裡也沒有空間能放下所有的牌位，所以順治也並沒有把明朝的皇帝全都放進去。朱元璋也只是放置了漢高祖、漢武帝、唐太宗、元世祖等十多個皇帝，滿清接手之後又增加了金國、遼國、元朝等國的十多個皇帝，明朝的也是將朱元璋牌位的放置進去，《明季北略》：“ 六月甲申,遷故明太祖神主於歷代帝王廟。”此時歷代帝王廟的皇帝排位達到了三十多個。
當然，明朝其他皇帝的牌位也沒有被隨便處理掉，而是在後來的時期被逐漸地加入進去，明成祖朱元璋的牌位進入歷代帝王廟也就意味著大明朝已經走入了歷史，接下來是清朝的統治。到了康乾盛世時期，滿清的國力達到了鼎盛，國泰民安，為了彰顯家的富強，增進民族團結，證明自己是順應天意，所以一直在不斷地擴充歷代帝王廟，增加歷代皇帝的牌位，至此歷代帝王廟裡的皇帝排位多達160多位。
綜上所述，清朝並沒有將明朝的皇帝排位隨便處理，而是妥善保管，在這件事上清朝做的確實不錯，難怪能夠使天下太平，拓展了國土，創造了盛世。
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