古人說：“無瑕不成玉”，天然的玉石多少都會存在瑕疵，不同的瑕疵對和田玉影響是不同的，要具體情況具體對待。一般來說，
和田玉有四種瑕疵，水線、棉、裂和漿。瑕本來是玉石中的缺陷，但是天然通透的玉料本就十分難得，稍有瑕疵的玉石也能充分利用。所以“化瑕為瑜”的雕琢工藝反而會使作品更加形象生動，更有特徵。
棉：
棉是和田玉體內的白色結晶的聚集體，在和田玉中，無論是籽料，山料，都存在棉絮。棉不是區分各個料種的標誌，不過青海料的棉較多較普遍一些。一般青海料的棉是孤立較大的點棉居多，而新疆山料以極細小密集點棉居多。
一般來說，如果肉眼難見的棉點，對於一件籽料作品而言，是可以忽略不計的。值得要提的是棉點如果是穿的，這樣的料是不選擇的。如果料整體比較渾厚，那穿棉可以根據料的情況決定要不要賭賭看。棉在籽料裡扮演的角色一般是減分的，如果玉石的料子、顏色非常上乘，那麼和田玉的綿點也並不會特別影響到玉石本身的價值。
裂紋：
俗話說：“十籽九裂”，籽料存在的裂紋，讓人十分痛心。玉石籽料在惡劣的自然條件下由於撞擊、擠壓以及水冷凍膨脹等複雜因素的作用下，一般都會形成裂紋。其中指甲摳不到的稱為“紋”，摳的到的稱“裂”。不管是裂還是紋都有死的和活的之分。
需要警惕的是活裂。顧名思義，活裂是會長的，這個“長”指的是變長加重，不是癒合。其如同玻璃上的裂紋，縱、深、利，且不易察覺。日常佩戴的磕碰，甚至雕刻中的高頻振動，都可能讓情況進一步惡化，甚至完全斷裂開來。
僵：
玉石裡“僵”也有“漿”的說法，和田玉帶僵的部分其實就是一種瑕疵，有僵的地方用手電筒照射，光線不能夠進入內部，從這點上就能夠判斷出玉石是否有僵。
和田玉帶僵一般分成兩種，硬僵與竄僵，帶有僵的和田玉價值不高，而人們在選擇時是比較願意選擇硬僵的玉料。因為和田玉具有硬僵說明玉料比較細膩。竄僵料通常都不是很好，因為竄僵料一般都是外表美觀，而內部非常差，表裡不一、不易收藏。和田玉竄僵料是最沒把握的料子，有可能從外面看著很美的一塊料，裡面質地很差，是儘量不碰的材料。
水線：
水線就是玉石裡面一條半透明的像筋一樣的東西。水線中的透閃石晶體為細長纖維狀，具有明顯的定向性，較高的透閃石含量和定向緊密排列的顯微纖維構造，是造成水線透明度較高的主要原因。
如果水線在玉表面並且粗獷的，用肉眼一般都可以看到。但是也有少部分的水線看不到，那是因為這種水線很細小，且在肉內而不浮於表面，皮色籽料上面還有皮色掩蓋，所以僅憑肉眼難以發現。不過用手電筒很容易看到。
在籽料中，水線的位置處於邊緣部位，可者肉眼難以發現的情況下，對玉的價值的影響較小。再者，有些玉器的水線雖然比較明顯，但是其它方面(如密度、油性、乾淨程度)都比較好，而且在加工過程中較好地規避或者掩蓋了水線，反而更有特色，對價格的影響也很小。水線如果利用好了會增加玉料的價值。
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