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研究是一個論證的過程，論證是一個嚴密的邏輯思維過程。然而，當前眾多的論文缺乏這種思維，大多數用發散性思維來寫論文的，因而論文就缺乏深度。論證的邏輯體現在一下幾個方面：
1.層次感，而不是平面感
好的論證邏輯一定是立體的、有層次感的，而不是平面性。世界是平的，這只是一種臆想，論文的論證邏輯是立體感的，這是一個剛性的現實要求，而不是臆想。好的論證邏輯就像剝洋蔥，一層一層撥到中心，最後才知道洋蔥中心究竟是什麼。而平面性的論證邏輯缺乏新奇感，就像攤大餅，一開始就知道大餅中是什麼內容了，所以這樣的論證不會給人遐想，也不會帶來新奇。好的論文，同樣要給讀者帶來出人意料的結果。
2.縝密性，而不是一盤散沙
論證真縝密性體現的是作者的思維能力，也體現作者對專業知識掌握的程度。專業基礎紮實的，其邏輯思維能力肯定要強。相反，沒有紮實的專業根基，那麼其論證肯定是碎片化的。因為，他掌握的專業知識本身就是碎片化的。碎片化的專業知識，只能導致碎片化的論證邏輯。有不少學者，雖然在學術界也有一定的知名度了，但專業基礎並不紮實，所以在撰寫論文時，基本上就是用1、2、3、4…… 進行羅列，而缺乏縝密的邏輯推理和邏輯證明。這種狀況可能還不是幾個人，而是一代人的問題。因為，中國又一代學人是在文革中成長起來的，讀書不多，且能有經過專業的訓練，缺乏專業素養，但通過自己的努力也的確躋身於知名學者之列，但這種缺陷他本人根本就沒有辦法彌補。所以，這一代人基本上是在碎片化的知識結構中提出一些碎片化的觀點，而不可能成為治學嚴謹、有深厚學術底蘊的學者、思想者。
3.科學性，而不是宣傳性
學術研究無疑是一個求真的過程，這一過程需要通過大量的事實或史料經過邏輯論證之後才能得出結論。正是這樣，學術才具有真理性和科學性。然而，當今的學術研究越來越缺乏這樣的精神，做歷史研究的不願泡圖書館、檔案館，做現實研究的不願做田野調查，用的是二手材料和二手數據，並且先預設一個價值立場，用這些材料和數據來證明這個預設的立場或觀點。殊不知，同樣的材料和數據可以證實完全相反的兩種觀點。這樣，學術研究因沒有按照學術規範而導致學術失去了科學性和真理性。反過來，預設一個觀點，可以毫不費力地找到相應的材料和數據來證明這個觀點，這同樣也會導致難以找到學術的真理。這兩種情況都會造成對學術的傷害，即任何人都可以從事學術研究，學術也就從根本上喪失了其尊嚴，也無所謂學術權威可言。正確的方法是在閱讀了大量文獻之後而形成新的觀點，然後再回到材料通過更多的材料來證明你的觀點的科學性。
預設觀點然後來找材料這是宣傳的基本方法。當前學術的科學性越來越被宣傳性所取代，原因在於：一是當今行政干預學術的現象非常嚴重，學術質量（評獎）、學術水平（各種學術稱號）、學術考核等都是行政領導來評價的，在這種情況下，甚至行政級別與學術水平成正比。在行政干預之下，學術就越來越多地為行政服務，從而使學術成為政治的附屬品，為政治宣傳服務。二是一些學者為了儘快地提升自己的行政級別而不斷做政治宣傳的“學問”，學理性的研究被束之高閣，應景性的宣傳文章則一揮而就，但往往是正確的空話、無用的廢話。三是宣傳性的“研究”比真正意義的學術研究容易出成果，而且也輕鬆。看積分報紙，瀏覽幾個主流網站的文章，就馬上形成了自己的一篇文章。而且，只要政治正確，這類文章不愁沒有地方發表。學術界的浮躁也就可想而知。
4.學理性，而不是口語化
學術論文肯定是學術性很強的，它必須要超越日常生活的口語化表達。口語強調是能讓讀者聽得懂，所以具有隨意性。而學術論文並不是要大眾聽得懂，而是要有專業背景的人才能聽得懂。如果都能聽得懂，那就不是學術論文了，那就是日常的講話了。有一種觀點在嘲笑，學者的論文時在自娛自樂，別人都看不懂，這種論文對社會根本就沒有用。我覺得這種觀點實在是膚淺可笑。學術論文都聽得懂、看得懂，那就不叫專業學術論文了，學術論文肯定只有專業人士才能看得懂；而且學術論文傳承的不是一般的文化，而是一個民族的核心文化，這種文化是民族發展最大的精神動力和智力支持。它的影響是戰略性的，而不是當前的普羅大眾能不能看得懂和聽得明。當然，學術的思想肯定要進行大眾傳播，這時候就需要用通俗的口語化方式來跟大眾交流。
5.嚴謹性，而不是隨意性
學術研究是一個求真的過程，因而需要研究者必須在論文寫作中要有嚴謹的態度。當前學術的浮躁特別是科研管理部門要求快出成果，從而助長了學術上的各種不端行為。例如，一是隨意使用數據。學術論文在使用數據時一定要是權威性的數據，也就是權威機構發佈的數據。然而，由於當前數據發佈的機構比較多，一些作者在選取數據時太隨意，不去研究一下機構本身的權威性，結果所用的數據被學界所質疑。有的甚至因找不到數據的來源而隨意改動數據，導致數據失去了真實性。包括所用材料和文獻也是一樣，近年來，外國著作引進翻譯太多，翻譯也太隨意，甚至譯著中曲解了原著的意思的都有，但作者在使用這些翻譯著作時沒有認真挑選，手中有什麼就是用什麼，結果把錯誤的文獻內容引入自己的論文中，導致論文出現一些硬傷。此外，研究的嚴謹性還可以從使用文獻中體現出來。有的叢書文獻出版時間是不一樣的，而引者可能會想當然地就整套叢書都是同一出版時間，這也是論文的嚴重硬傷。如《鄧小平文選》（1-3卷）其出版的時間是不一樣的。關於調查的可靠性在於，調查的手段是否可行，抽樣的方法，以及統計的方法等。
6.圍繞核心問題展開論證，而非學術散文天馬行空
學術論文肯定有一個核心觀點，因而在論證過程中就必須是圍繞這個核心觀點展開，所有的材料的目標都是指向這個核心觀點的，而不是從核心觀點延伸出去。一旦延伸出去就有可能偏離主題。然而，現在不少作者完全是為了湊字數，為了這個目的，論文的關鍵詞非常多，幾乎是每一小節講述一個關鍵詞，整篇論文很有可能是一個拼盤，而不是在一個關鍵詞或者一個核心觀點統領之下的論文。結果，篇幅很長，但不知所云，完全是如脫韁的野馬，怎麼也拉不回來。這樣的文章之可以說是學術散文，而不是學術論文。
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