長期進行系統的運動鍛鍊對消化系統功能有著良好的影響，能使胃腸蠕動能力增強，消化液分泌增多，從而提高消化和吸收的能力。近年有報道,長期的相對低強度的運動會對人體的胃腸道起到保護性作用。研究發現,經常從事小強度運動的人不僅患胃腸疾病的可能性較一般人小，而且還可能使結腸癌的患病率降低50%左右,並且認為這種影響是不依賴於飲食等因素的。
就單次運動而言,肌肉運動產生骨骼肌血管擴張、血流量增加,內臟血管收縮、血流量減少的效應，導致胃腸道血流量明顯減少(較安靜時減少2/3左右)，消化腺分泌消化液量下降；運動應激亦可致胃腸道機械運動減弱，使消化能力受到抑制。
在劇烈的運動過程中,機體所發生的一系列變化將會導致胃腸系統的功能及結構的變化。 這些變化均會降低胃腸道對體液及營養物質的吸收,導致脫水和能量貯存不足,從而影響運動員的運動能力。
為了解決運動與消化功能的矛盾,一定要注意運動與進食之間的間隔時間,飽餐後,血液主要流向胃腸道，此時立即運動,將會影啊消化,甚至可能因食物滯留造成胃膨脹,出現腹痛、噁心及嘔吐等運動性胃腸綜合徵。 劇烈運動結束後,亦應經過適當休息，待胃腸道供血量基本恢復後再進餐,以免影響消化吸收功能。
經常從事適量的體育鍛煉,會使胃腸蠕動增強，消化液分泌加多,食慾增加,對胃腸道功能有著良好的促進作用。然後，在一些大強度的運動訓練及比賽中,運動員經常會出現腹瀉、腹痛、嘔吐、噁心和吐酸水等胃腸症狀，,運動醫學中將這種由運動引起的胃腸系統功能紊亂現象稱為運動性胃腸綜合徵。運動性胃腸綜合徵的發病範用廣、頻率高，已成為影響運動員正常訓練和比賽的一個較為突出的問題。運動性胃腸綜合徵發病的可能機制有：胃腸道血流量的改變；胃腸道血流變量的改變；胃腸道流動性的改變；胃腸道機械性震動；神經-內分泌-免疫功能的變化；胃腸道菌群區繫結構的改變。
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