飛龍號航母
回到國內的二航戰立刻投入到偷襲珍珠港前的大強度特訓中。1941年11月26日，蒼龍、飛龍和叢雲、東雲號驅逐艦（吹雪級5、6號艦）在山口多聞少將的率領下隨南雲向珍珠港進發。此時飛龍號艦長是加來止男大佐（也是最後一任），搭載零戰、九九艦爆、九七艦攻各21架。
吹雪級驅逐艦
由於飛龍、蒼龍續航力不如一、五航戰的四艘航母，山口少將下令在飛龍號儲備大量燃料桶，蒼龍號儲備大量重油。這些可都是潛在的重大隱患，雖然這次珍珠港沒出事，但山口到了中途島還這麼幹可就是作了。
山口多聞
1941年12月7日6:00（當地時間），日軍偷襲珍珠港第一攻擊波開始出發。飛龍號出動18架97艦攻（指揮官飛行隊長楠美正少佐、分隊長松村平太大尉）、6架零戰（指揮官分隊長岡島清熊大尉）隨淵田中佐在歡呼聲中飛向美軍基地。
珍珠港和戰列艦大街
附第一攻擊波飛龍艦攻飛行員名單（括號內偵查員、電信員）：
楠美正少佐（近藤正次郎中尉、福田政雄一飛曹）、
石井善吉一飛曹（小林正松一飛曹、文宮府知一飛兵）、
大林行雄一飛曹（吉村武夫二飛曹、矢作實二飛曹）
坂本憲司一飛曹（池龜秀敏一飛曹、實田陸男一飛兵）
永山義光一飛兵（佐藤繁治一飛曹、宮川次宗二飛曹）
上杉丈助二飛曹（橋本敏男中尉、小山富雄一飛兵）
高橋仲夫一飛曹（衛藤親思一飛曹、笠井清二飛曹）
住友清真一飛曹（梅澤幸男二飛曹、田村滿二飛曹）
野中覺一飛曹（龍六郎飛曹長、楢崎廣典一飛曹）
鈴木武一飛兵（山田貞次郎二飛曹、鳥原力二飛曹）
松村平太大尉（城武夫一飛曹、村井定一飛曹）
於久保己三飛曹（肱黑定美二飛曹、稻毛幸平一飛曹）
柳本拓郎三飛曹（湯本智美飛曹長、松井信平一飛曹）
島田直一飛兵（工藤博之二飛曹、谷口一也一飛兵）
角野博治大尉（稻田政司飛曹長、森田寬二飛曹）
杉本八郎一飛曹（丸山泰輔二飛曹、藤山雅照一飛兵）
高橋利男一飛曹（中島政時一飛曹、金澤秀利二飛曹）
笠島敏夫二飛兵（鳥羽重信一飛曹、仲野開市二飛曹）
附第一攻擊波飛龍艦戰飛行員名單：
岡島清熊大尉、村中一夫一飛曹（總戰績9架、活到戰後）、田原功三飛曹、野口毅次郎一飛曹、原田敏堯三飛曹、專當哲男一飛兵。
零戰21，偷襲珍珠港的主力機型
在珍珠港飛龍號艦攻隊排在一航戰之後下手，此時戰列艦大街已經被赤城、加賀的攻擊隊炸了個濃煙滾滾熱火朝天。領隊楠少佐無法準確判明目標及損害狀況，於是率隊攻擊了一些小型艦艇，存在感並不是很強，自身也沒有任何損失，只有飛行員大林行雄一飛曹重傷返航。
濃煙滾滾的珍珠港
7:15飛龍號第二攻擊波出動了18架九九艦爆（指揮官分隊長小林道雄大尉、半道發動機故障返回）、9架零戰（指揮官分隊長熊野澄夫大尉、1架故障返航）跟隨總指揮島崎重和少佐去珍珠港執行補槍任務。
小林道雄大尉 ，死於中途島
此時港內上空濃煙密佈，不時有小股美軍戰機來回騷擾，地面上回過神來的防空炮火也異常猛烈，他們甚至連自己人都打，形勢相當險峻。飛龍號第二波攻擊戰果有限，除重創內華達號戰列艦逼迫其擱淺灘頭外，只是凌亂的毆打了一些漏網的小型戰艦。不過損失可要比第一波多得多，1架零戰、2架九九艦爆再也沒有回到飛龍號上。
內華達號戰列艦
附第二攻擊波飛龍艦爆飛行員名單（括號內偵查員）：
小林道雄大尉（小野義範飛曹長）
崎山保一飛曹（前田孝一飛曹）
坂井秀男一飛兵（大倉昌二飛曹）
下田一郎中尉（住吉語一飛曹）
中尾信通三飛曹（岡村榮光一飛曹）
池田高三二飛曹（宮裡光夫二飛曹）
山田喜七郎一飛曹（吉川諮次郎飛曹長）
土屋孝美三飛曹（福永義暉一飛曹）
外山維良二飛曹（村尾一一飛兵）死於珍珠港
西村敏勝飛曹長（中川俊大尉）
大石幸雄一飛曹（田島一男一飛曹）
黒木順一三飛曹（村上親愛三飛曹）
中川靜夫一飛曹（中山七五三松飛曹長）
瀨尾鐵夫一飛曹（安田信惠一飛曹）
近藤澄夫一飛兵（坂津辰雄三飛曹）
川畑弘保一飛曹（石井正郎飛曹長）
青村勇二飛曹（清水好生二飛曹）死於珍珠港
淵上一生一飛兵（水野泰彥一飛兵）
附第二攻擊波飛龍艦戰飛行員名單：
熊野澄夫大尉、東中龍夫一飛曹、新田春雄三飛曹、重松康弘中尉（總戰績10架） 、西開地重德一飛曹（飛機受損迫降、被當地土著打死）、戶高升二飛曹、松山次男一飛曹、牧野田俊夫一飛曹、千代島豐一飛兵（故障返航）。
西開地重德一飛曹和他迫降在尼豪島的零戰
值得一提的是，西開地一飛曹的零戰油箱管路受損無法返回母艦，於是他迫降在夏威夷附近一處叫“尼豪”的小島上。由於消息閉塞，當地土著居民對這個從天而降的日本人還挺友好，據說當晚專門為他舉行的篝火晚會上，西開地高歌一曲家鄉小調曾短暫的促進了美日民間友好交流。第二天，也許是不喜歡再表演節目，也許是怕土著們把自己捆成粽子送到美國警察局，22歲的西開地聯合島上幾個日裔策劃了一次暴動，結果在與土著居民的互毆中被當場打死。此事後來成為在美日裔被強制關進集中居住點最重要的導火索之一。
美麗的尼豪島
另一個值得提及的人物是重松康弘中尉，他和瑞鳳號的日高盛康都屬於那種沒腦子型選手，只要看見敵機就跟嗑了藥一樣瞬間放飛自我，非得撲過去跟別人打上一架再說，至於任務和責任那都不叫事。這一點他的戰友小林道雄大尉後來體會頗深，只可惜大尉本人沒撈著機會回來捶他。
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