隨著畜牧養殖業的快速發展，人蓄共糧的矛盾日趨突出，為解決這一問題，世界各國科技界和工業界都在尋找和研究新的飼料資源，其中，發酵飼料也受到重視。
據生物發酵飼料行業未來前景預測報告瞭解，發酵飼料雖然是未來飼料行業發展方向，但不是一些中小企業所能做到的，中小企業只能使用發酵好了的滅菌以後烘乾的發酵飼料原料。微生物發酵飼料的作用主要體現在兩個方面，一是利用廉價的農業和輕工副產物生產高質量的飼料蛋白原料，二是獲得高活性的有益微生物。這些微生物製品的應用，一方面可以提高飼料的轉化率,促進畜禽生長;另一方面可以調節動物的微生態平衡,提高動物的健康水平。還有一些活菌劑可以用於治療動物疾病。在水產動物養殖中推廣應用微生物發酵飼料，可以減少抗菌素的使用，有利於生產安全食品，提高產品出口的競爭力。
1 調節動物的微生態平衡
健康動物腸道內生長著各種各樣的微生物群落，各種微生物群落之間相互依存、相互制約，構成畜禽腸道內微生態系統的平衡，建立一個正常且平衡良好的腸道微生物區系對抵禦病原性微生物感染具有十分重要的意義。由於微生物之間存在著相互作用，某一生態系統中現存的微生物會阻止新的有機體在這一部位的入侵，有益菌通過競爭性抑制作用阻止有害微生物在腸粘膜附著與繁殖。因此對那些菌群形成遲緩或有障礙的動物服用微生物飼料有著十分重要的意義。而對於成年動物由於許多微生物只能在腸道內存活相當一段時間，必須連續服用活菌製劑才能保持某一微生物在腸道內的定植。
2 化學屏障作用
通過有益微生物如乳酸菌類產生的有機酸(乳酸、丙酸、乙酸)使消化道內pH值降低，抑制其他病原微生物生長，環境pH值為4時大腸桿菌和沙門氏菌不能增殖，起到了維持腸道菌群平衡促生長的作用，同時消化道內的酸性環境促進了礦物質元素鈣、磷、鐵以及維生素D的吸收和利用。
3 產生有益代謝物，抑制和殺死有害菌
有益微生物可產生肽細菌素、酶類及少量無機物，可以抑制有害菌的生長或阻止有害菌毒素在上皮細胞的粘附和侵入。如乳酸菌和鏈球菌產生的乳酸鏈球菌肽能抑制沙門氏菌、志賀氏菌、綠膿桿菌和大腸桿菌的生長;嗜乳酸桿菌和保加利亞乳桿菌可以產生少量過氧化氫抑制革蘭氏陰性病原菌的生長;乳酸桿菌和雙歧桿菌產生的胞外糖苷酶可以阻止細菌毒素的入侵。
4 具有營養作用，促進動物生長
微生物發酵飼料中的有益菌本身即為一種高蛋白物質，同時在動物腸道內代謝可產生多種有助於動物營養消化的有益因，從而促進水產動物的生長髮育和增重.如芽孢桿菌能分泌多種消化酶(蛋白酶、澱粉酶、脂肪酶等)促進營養物質的消化與吸收;酵母菌可以產生氨基酸、多種維生素(K、C、B1、B2、泛酸、煙酸、生物素、肌醇和葉酸等)供動物體利用，酵母菌還可以促進植酸酶的產生，提高對磷的利用率。
5 防止有害物質的產生
微生物發酵飼料促進營物質的消化吸收，減少了氨和其他腐敗物質的產生。研究表明：飼餵微生物發酵飼料可減少內容物、糞便、門靜脈中氨的含量以及腸道中甲酚、吲哚、3-甲基吲哚等腐敗物質的含量，減少糞便的臭味，淨化環境。
6 提高機體免疫功能
發酵飼料中的有益微生物可以作為一種非特異免疫調節因子，通過細菌本身或細胞壁成分刺激並激活宿主免疫細胞，促進吞噬細胞活力或作為佐劑發揮作用。有益微生物還可以發揮特異性免疫功能，增強動物體內B細胞產生抗體的能力。直接飼用微生物通過促使機體發生體液免疫和細胞免疫，提高畜禽抗體水平，增強免疫功能，及時殺滅侵入機體內的致病菌，從而防止疾病的發生。實驗發現乳酸桿菌能夠增強機體的免疫能力,一些益生菌能夠影響人體免疫系統的應答能力,其影響能力隨菌體的不同而變化。
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