竇建德起義後第二年，杜伏威、輔公祏在長白山舉起反隋旗幟。
杜伏威是齊州章丘人，輔公祏是他的好友，齊州臨濟人。他倆生活都極端貧困，最初參加左才相起義軍，但得不到信任，就離開左才相，自己組織隊伍。杜伏威強悍有力，大公無私，在作戰中“出則居前，入則殿後”，得到廣大群眾的擁護。
大業十年，齊郡一帶農民起義遭張須陀的圍剿，左孝友部失敗。屯軍祝阿的盧明月，也在這年年末被張須陀擊潰，殘部向河南方面轉移。在這樣情況下，杜伏威、輔公祏也離開齊郡，轉向淮河流域。
十二月，杜伏威到達淮北。這時苗海潮領導下的農民軍在下邳活動。杜伏威為了壯大力量，派輔公祏勸說苗海潮合力抗隋，並表示：如果你能當主帥，我們就聽你指揮，假若你覺得無力領導這樣大的隊伍，就聽我們指揮。再不然就兩軍較量一下，誰強就服從誰。苗海潮兵力較弱，只好和杜伏威合併。
兩軍合併後，杜伏威向淮南進軍，準備包圍江都。江都通守派宋顥前來鎮壓。杜伏威誘敵深入，把敵人引向蘆蕩，然後從上風縱火，迫使隋軍陷入大澤，消滅了很多隋軍，取得反擊戰的勝利。
大業十一年（615），杜伏威合併了趙破陣部，佔領安宜等地。冬天，進佔六合。同時，另一支農民軍李子通，奪取了海陵，左才相部也到達淮河沿岸。他們的隊伍，都發展到幾萬人，並且在淮南穩定下來。
大業十二年冬天，隋煬帝回到江都，派遣公孫上哲率近衛軍圍剿杜伏威。在鹽城一帶被杜伏威殲滅。大業十三年（617）正月，煬帝又派大將陳稜領精兵八千餘人前來進攻。
陳稜是能征善戰的將領，曾遠征琉球，並多次打敗農民軍。他到達前線以後，堅壁不戰，消磨農民軍的銳氣，以逸待勞。杜伏威、輔公祏識破了陳稜的詭計，送他一套女人服裝，稱他“陳姥”。陳稜終被激怒，全軍出戰。杜伏威、輔公祏各帶幾百騎兵闖入敵陣，把陳稜軍打得大敗。農民軍乘勝攻破高郵，佔領歷陽。杜伏威自稱大總管，以輔公祏為長史，建立了農民政權。同時分遣諸將，向淮南一帶擴大領地，合併了不少小股農民軍。後來又派大軍渡長江，打敗李子通，佔領丹陽，建國稱吳。在農民軍統治區內，實行“輕賦斂”政策，取消殉葬之風，嚴懲貪官汙吏，“無輕重皆殺之”。他們是江淮地區最強大的農民軍。
江淮地區另有一支李子通領導的農民軍。
李子通是東海人，家貧賤，以漁獵為業。平時，他經常扶老攜幼，見義勇為。大業九年（613），他在長白山參加左才相起義。由於李子通不好殺人，所以“人多歸之”，半年之間，部眾發展到1萬餘人。後來他和左才相發生矛盾，自己引兵到達淮南，並且一度和杜伏威合作。
淮南農民軍勢力的發展，使隋朝的財政受了很大影響。他們為了擺脫困境，於大業十年（614），派大將鎮壓李子通，子通失敗，東奔海陵。由於當時破產農民甚多，所以到這年七月，這支農民軍又擴大到數萬人。
武德元年（618）三月，江都政變，宇文化及帶領十萬人到中原爭奪天下，他任命陳稜為江都通守。
由於江都空虛，李子通乘機圍攻陳稜。陳稜向大士族沈法興和杜伏威求救。當時沈法興正屯兵揚子，杜伏威在清流，他們之間相隔數十里。沈法興招募江南流民，夜襲杜伏威，擴大了沈法興和杜伏威的矛盾，因而無力協助陳稜，從而江都孤立。李子通猛攻陳稜，攻克江都，稱帝，國號吳，年號明政。這樣，農民軍的聲勢大振，又有隋丹陽守樂伯通率萬餘人投降李子通，從此，這支農民軍的勢力便擴充到長江以南。
武德三年（620）十二月，杜伏威派輔公祏圍攻李子通。
這時李子通的部眾甚多，超過對方10倍以上。但輔公祏智勇雙全，他精選甲士千餘人，各執長刀打先鋒，另以千餘人殿後，有臨陣懦怯者立即斬首。輔公祏親自督戰，雙方戰鬥非常激烈。結果李子通大敗，降者數千人。李子通食盡，放棄了江都，渡江到了京口，杜伏威進佔丹陽。李子通奔向太湖區域，擴充農民軍達兩萬餘眾，準備攻打沈法興，奪取浙北地區。
沈法興是吳郡大族出身，曾任吳興太守。他以誅宇文化及的名義擴大武裝，掌握精兵6萬，佔領了吳郡、餘杭、毗陵等10餘郡，武德二年（619）八月自稱梁王，改元延康，署置百官。武德三年（620），李子通渡江攻沈法興，取京口。沈法興敗走奔吳郡，又被李子通襲破，部下也紛紛反對他，最後投江自盡。李子通乘機佔領沈法興故地，佔有“北自太湖，南至嶺，東包會稽，西距宣城”地區。
武德四年（621）十一月，唐政府平定中原，向江南進軍。這時杜伏威、王雄誕已降唐，王雄誕奉命鎮壓李子通。李子通被俘，被解送長安。
江淮農民起義的最後階段是輔公祏的反唐鬥爭。
武德二年（619），杜伏威降唐，五年被留居長安。
他離開丹陽的時候對輔公祏、王雄誕說：“我到長安以後，如果他們保我人身安全，並且有了官職，你們也共同歸唐。否則一定要堅持反唐，不要放下武器。”後在長安被毒殺。
實際上，輔公祏和杜伏威、王雄誕間向來不和，杜伏威走後，長期沒有音信。輔公祏利用王雄誕臥病時機，偽造杜伏威的信件，宣稱伏威進了牢房，我們應當起而反唐。
武德六年（623）七月，輔公祏奪了王雄誕的兵權，發動二次起義。輔公祏在丹陽稱帝，國號宋，署置百官，任左遊仙為兵部尚書、越州總管，以江州農民軍領袖張善安為西南道大行臺，聯合起來共同反唐。首先，派大將徐紹宗進攻海州，令陳正通奪取壽陽。另一方面，輔公祏又派張善安出兵北伐，設法扼守長江中游。張善安系兗州人，於大業九年（613）在齊郡起義，最初只有百餘人，後來合併了孟讓農民軍的殘部，擴充到八九百人。他們打破了廬江郡，從廬江渡江。武德六年（623）七月，他和輔公祏聯合反唐。張善安派兵北進，攻克了夏口，唐將周法明出兵黃州，準備討伐張善安。周法明喪失警惕，夜間在船上飲酒，被張善安的部下刺死。
當輔公祏第二次起兵反唐的時候，中原的農民軍業已失敗，全國的政治形勢對江淮農民軍非常不利。這年十一月，朝廷派李孝恭、李靖等率領強大水陸軍圍剿這支農民軍。武德七年三月，輔公祏軍被擊潰，光榮犧牲。
隋末農民起義是唐朝以前歷史上規模最大的起義。這次起義狠狠打擊了士族門閥及反動官員，從此“
燕趙右姓，多失衣冠之緒。齊韓舊俗，或乖德義之風。名雖著於州閭，身未免於貧賤”（《唐會要》卷八十三）。“關東魏齊舊姓，……皆淪替”（《舊唐書》卷八十二《李義府傳》）。另一方面，由於隋朝政權被推翻，部分地主死亡流徙，有些農民取得土地，唐初個體自耕農顯著增多。與此同時，過去被嚴格控制和奴役的部曲、佃客，多在農民戰爭中爭得人身解放。這次農民大起義，又推動了唐初的政治改革，“貞觀之治”就是在隋末農民戰爭推動下出現的。閱讀更多 日暈三更雨 的文章
