張獻忠攻入成都的時候，清軍已經入關四個月，李自成的大順軍還在苦守山西，南京史可法、馬士英等人擁立福王監國，天下越發的混亂。
但張獻忠沒能抓住這幾個月的寶貴時間，他雖然也建立了政權，但並沒能鞏固自己的統治基礎，反而因為率性妄為，殘忍嗜殺，失盡了民心。
明朝殘餘力量因為他不留餘地的殺降殺俘政策而被迫拼死抵抗，並與南明福王政權取得聯繫，獲得了正統地位，地方上稍有些力量的強者，也總是試圖反抗他。
縱觀張獻忠在四川的所作所為，我們只能說，他雖然一度建立了自己的根據地，但骨子裡信奉的依然還是羅汝才式的流寇理論：“吾等橫行天下為快耳，何專土為！”只會破壞，而不會建設。
張獻忠向成都進軍之時，在重慶留的駐軍很少，防守長江的明將曾英，於一六四五年初又重新佔領了重慶，川東潰散的明軍士兵和難民紛紛歸附他，重慶一時成為川東抵抗張獻忠的旗幟。
對此，張獻忠自然不能忍受，二月間，他派劉文秀率軍再次攻打重慶，卻在曾英和部將於大海的前後夾攻下大敗而逃，這是張獻忠軍自入川以來，遭受到的最大失敗。
張獻忠的處境漸漸不妙起來，李自成的軍隊在清軍多鐸的進攻下，放棄陝西等地，南下進入湖廣，清軍一路攻城掠地，所向披靡，大西政權的東北方門戶洞開。
此時張獻忠更加暴躁，遣兵四出屠戮，稱之為“草殺”，作放棄四川的準備。
保寧等大城市相繼被屠城，成都市民也被有計劃地分批屠殺，大西軍以人手驗功，在驗功的地方，人手堆積如山，甚至有些大西軍的將士，因為實在不忍心下手，乾脆自己自縊身亡或逃走，張獻忠的總兵溫自讓率百餘騎兵逃跑，其全家被殺，溫有個小兒子，粉白可愛，張獻忠在孩子周身烙上萬字符，稱為“錦孩兒”，都督張君用、王明等數十人，都因為殺人少，遭剝皮而死，全家被屠。
被派出擔任“草殺”任務的各路部隊，都不敢把殺人數據報得太低，為了讓張獻忠高興，大興浮誇風，最後經過累計，各路將領共殺了大約六億八千萬人。
這個數據顯然是浮誇的，但浮誇的根源，是在於大西軍上下因畏懼張獻忠而編造的數據，編《明史》的張廷玉，是康、雍、乾三朝老臣，他的話雖有所偏向，但基本還是能找到依據的。
把周邊破壞得差不多後，張獻忠準備跑路了，他嫌士兵們拖家帶口太累贅，殺！嫌老弱病殘人馬太多，殺！連自己的家口也不放過，趁醉把自己的幼子撲殺，醒來又以姬妾人等不勸阻為由將這幫人也殺了…
八月中，他下令摧毀成都城，還燒掉了蜀王府和殘存的民房，成都中園有梨花數千株，每年三月三到此遊賞，已是成都風俗，但這些梨樹也沒能躲過這一劫，被當作柴火燒掉了。
史書評價道：“屠城、屠堡、屠山、屠野、屠全省，甚至千里無人，空如沙漠，自亙古以來，未嘗有也！”
毀滅成都後，他帶兵北上攻陷順慶，在順慶又一次屠城，並宣諭稱四川人為“蜀獠”，說朕待蜀獠最好，而蜀獠每每要反，負朕之極，故盡屠之。
離成都約150裡的彭山江口鎮，是出成都的唯一水路要衝，為兵家必爭之地，明朝將領楊展在偵知張獻忠的行動後，早早就在彭山江口埋下了伏兵。
大西軍擁眾十萬，戰船近千艘，滿載多年搶掠積蓄的金銀財寶，順江而下，威勢赫赫。
楊展人數雖少，卻佔了天時地利人和，他兵分兩翼與大西軍對陣，遣小舟載火器從正面進攻。
戰鬥一打響，老天幫忙，狂風大作，敵船著火，楊展所部前鋒驍勇無比，突入敵陣，勢如破竹，張獻忠見勢不妙，急調船頭逃竄，無奈戰場地處有“老虎灘”之稱的險惡地段，兩岸逼仄，前後數千艘船，首尾相銜，一時間進退兩難，這時風烈火猛，勢若燎原，船隻盡毀，大西軍所搶掠的無數金玉珠寶、銀錠、及物資，全部沉入水底…
張獻忠將劉進忠屯於保寧，所部多是川兵，聽說張獻忠盡屠川兵，都很惶恐，於是索性帶著部隊投降了清軍。
五月中，李自成在九宮山被殺，餘部陷入混亂，清廷遂以肅親王豪格替代阿濟格，統軍追擊大順軍餘部，繼而轉進漢中，準備入川消滅張獻忠，劉進忠投降後，豪格便以他為嚮導，南下進川。
十二月十一日，清軍探知張獻忠屯兵於西充鳳凰山，潛兵偷襲，這天清晨大霧，清將鰲拜率所部登山，張獻忠部下發現敵情，向他彙報，他輕蔑地說：“搖黃賊耳！”將報信的人斬首，不相信清軍來得這麼快。
直到清兵已到營門，他才穿著飛龍蟒半臂，也不披甲，腰邊隨便插著三支箭，嘴裡還咀嚼著早飯，帶幾個人出帳查看敵情，當時清軍前鋒與他只隔一條溪流，他著裝太明顯，立刻被擔任清軍嚮導的劉進忠發現，劉隨即指示鰲拜手下蒙古章京雅布蘭：這就是張獻忠！
雅布蘭抽箭射之，張獻忠咽喉中箭落馬而死，清軍大呼“獻賊死矣”，大西軍群龍無首，大亂，孫可望等人用錦被包裹張獻忠的屍體，草草將他埋葬，然後率殘部突圍向東逃走。
清軍清理戰場，發現了張獻忠的屍體，將他挖出斬首，後懸掛於成都北門示眾。
一代梟雄，就這樣草草落幕了，他只比李自成多活了半年，這一年，是農曆乙酉年，公元1645年。
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