喜歡研究抗日戰爭史的朋友，經常會把日軍的“甲種師團”誤認為就是早期的“常備師團”（又稱常設師團），也有不少網文確實將甲級師團跟全面抗戰爆發前日本軍隊的17個常備師團劃上等號，這是一種想當然的誤讀。要注意三個明顯的區分點：第一，日軍的甲種師團編制僅存在於山海關以南的中國戰場，在太平洋戰區的南方軍、東北的關東軍以及本土，都沒有甲種師團這一稱謂；第二，日軍的甲種師團正式出現的時間，是在1939年以後。
第三點更為重要，即日軍的甲種（級）師團標準為“三單位”編制，即師團不再下轄旅團，而是直轄三個步兵聯隊。由於日本對華侵略的時間較長，部隊動員是隨著戰爭規模的擴大逐步進行的，因此在1939年之前，即有四單位制的師團（常備或特設），也有三單位制的師團（警備或治安），直到武漢會戰結束後，日軍大本營才著手將所有師團統一調整為三單位制定，此時，才正式出現了“甲種師團”的說法。
具體說來，全面抗戰爆發前組建第1-20師團與近衛師團，1925年大正裁軍將第13、15、17、18師團撤銷，第1-12、14、16、19、20師團與近衛師團是日本陸軍的17個“常備”師團；1937年7月發動全面侵華戰爭至1938年6月組建的“特設”師團番號為第101、104、106、108、109、110、114、116師團，期間重建了第13、18師團。上述師團全部下轄兩個旅團和四個步兵聯隊，以及騎工炮輜等聯隊，戰時滿編超過25000人。
1938年底武漢會戰結束後，隨著佔領區的不斷擴大，日軍大本營深感兵力不足，於是又組建了番號在20以後的一批警備師團（三聯隊），這一期間，只有“常設師團、特設師團、警備師團、治安師團”的編制，還沒有什麼甲乙丙丁的說法，是研究抗戰史的同學們需要注意的。1939年開始，理論上在華日軍的師團已全部調整為“三單位師團”。但是，戰爭時期這樣的調整是需要時間來完成的，直到太平洋戰爭爆發時的1941年底，仍有部分師團沒有完成建制修改。
比如駐紮宜昌的第13師團，屢遭進攻戰事不斷，第三次長沙會戰爆發時，還有四個步兵聯隊約26000餘人，戰馬9000匹，但同為常備師團的第6師團只剩下三個步兵聯隊20000餘人。 直到1942年各師團才全部調整完畢，此時在華日軍全部已是三聯隊師團，根據擔負任務的不同，開始出現甲種野戰師團、乙種輔助作戰師團、丙種警備師團（大多是獨立混成旅團升格的）和丁種師團（拼湊的，只轄兩個旅團八個獨立步兵大隊，沒有聯隊建制）。
同樣是三聯隊單位，甲種師團和乙種師團的區別在哪呢？第一是甲種師團繼續保留炮兵聯隊（山炮或野炮），而乙種師團只有炮兵隊（一個或兩個大隊）；第二是甲種師團的騎兵聯隊改為摩托化的搜索聯隊，而乙種師團繼續稱為騎兵聯隊，但兵力只剩下2個騎兵中隊。
此時在中國戰場，日軍的常備師團和特設師團的數量已經很少，大部分常備師團被調往太平洋戰場，在那裡被稱為“重裝備師團”，同時又組建了海洋師團等建制，根本沒有什麼甲乙級之說。而“中國派遣軍”對所屬師團的評級，除僅存的第3和第13師團兩個常備師團之外，其他都根據歷年來的戰場表現決定的，一旦入選甲種師團，即得到優先兵員補充和火力加強。
1945年初，岡村寧次升任“中國派遣軍”總司令之時，他指揮的日軍共有25個師團的番號（山海關以南戰場），其中甲種師團八個、乙種師團四個、丙種師團九個、丁種師團四個。這八個甲種師團的番號分別是：第3師團、第13師團、第22師團、第27師團、第39師團、第47師團、第104師團和第116師團，可以看出，這八個甲種師團原來分屬常備、特設、警備等不同的類別。
比如這個京都第116師團，雖然是特設師團，但戰鬥力一直不弱，原隸屬於在華東駐防的第13軍（司令部上海），師團司令部駐安徽安慶。常德會戰前夕，日軍南京總司令部為加強武漢第11軍的實力，將該師團調入第11軍，成為抗戰後期華中戰場的日軍絕對主力，先後擔任進攻常德和衡陽的主攻部隊。
該師團組建於1938年5月，原轄第119和第130兩個步兵旅團，是四單位的的標準師團建制，1942年9月調整為三聯隊師團，下轄第109聯隊、第120聯隊、第133聯隊，被確定為“甲種師團”後，每個步兵聯隊兵力加強到4000人，另附第122野炮兵聯隊、第116工兵聯隊等，師團總兵力20000餘人。
師團長巖永旺中將，原任第34師團少將步兵指揮官，曾經在上高戰役中被中國軍隊擊傷，1943年6月10日出任第116師團長。1943年11月，第116師團參加常德會戰，是日軍的破城主力；1944年6月參加長衡會戰，是首批強渡新牆河的日軍部隊之一，6月28日投入衡陽攻城作戰，跟方先覺的第十軍苦戰40餘日，這一期間，應該說第116師團的戰力還是很強勁的，是湖南戰場的日軍主力。
1944年10月19日，第116師團劃歸新組建的第六方面軍（岡村寧次）第20軍（坂西一良）指揮，慘烈的衡陽戰役把該師團剔成了骨架，傷亡極其慘重，儘管作為甲種師團優先得到了補充兵員，師團總兵力仍然維持在20000人左右，但70%都是新兵，戰鬥力直線下降，1945年3月，菱田園四郎中將調任師團長，巖永汪被修理回國，第116師團作為第20軍主力，參加抗日戰爭的最後一戰“湘西會戰”，被美式裝備的王耀武第四方面軍擊敗，所謂的甲種師團早已雄風不再。
進攻芷江的戰役企圖破產後，第116師團撤回岳陽整補，1945年8月，在湖南嶽陽繳械投降。因此，不妨可以這樣結論：在中國戰場的常備師團一定是後來的“甲種師團”，但甲種師團不等於常備師團。
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