牡丹與芍藥同為芍藥科、芍藥屬植物，但秦以前的典籍中，只有芍藥而無牡丹的記載。
人們最早是從藥用價值認識了牡丹。1972年在今甘肅省武威市柏樹鄉發現的東漢早期醫簡中，已用牡丹治療“血瘀病”的處方。
另有秦漢時《神農本草經》稱“牡丹味辛寒，一名鹿韭，一名鼠姑，生山谷。”該書是集兩漢以來的藥物經驗談。
以後，唐·韓偓《海山記》記述隋煬帝時（公元605元～618年在位），“闢地週二百里為西苑……詔天下境內所有鳥獸草木驛至京師……易州（今河北易縣）進二十箱牡丹”，並記述了牡丹品種名稱。宋·鄭樵《通志·昆蟲草木略》記載：“古今言木芍藥，是牡丹。……安期生《服煉法》雲：‘芍藥有二種，有金芍藥，有木芍藥。金者，色白多脂；木者，色紫多脈，此則驗其根也。’然牡丹亦有木芍藥之名，其花可愛如芍藥，宿根如木，故得木芍藥之名。……牡丹初無名，故依芍藥以為名……。”安期生為秦琅琊（今山東臨沂人）。由此看來，秦漢之際木芍藥和牡丹兩個名稱幾乎同時出現，不過，其中木芍藥之名僅延續到唐代。
明·李時珍所著《本草綱目》對牡丹及其別名（如鼠姑、鹿韭、百兩金、木芍藥、花王等）記述甚詳，並對其中一些名稱按自己的理解或引用文獻作了解釋。李時珍說：“牡丹以色丹者為上，雖結子而根上生苗，故謂之牡丹。”又說：“唐人謂之木芍藥，以其花似芍藥，而宿幹似木也。
群花品中，以牡丹第一，芍藥第二，故世謂牡丹為花王，芍藥為花相。”又引蘇恭的說法，牡丹“生漢中、劍南。苗似羊桃，夏生白花，秋實圓綠，冬實赤色，凌冬不凋。根似芍藥，肉白皮丹。土人謂之百兩金，長安謂之吳牡丹者，是真也。”引蘇頌的說法：牡丹“今丹、延、青、越、滁、和州山中皆有，但花有黃紫紅白數色，此當是山牡丹……”李時珍的《本草綱目》是中國明代重要的藥物學著作，他說“牡丹以色丹者為上”，指的應是作為藥物的根皮的顏色。
有人認為古代將紅的顏色說成丹、朱、赤，最初看到牡丹的人，因為它開的是紅花，也就叫“丹”，恐為不妥。至於“牡丹”，字義應作雄性解。李時珍說牡丹“雖結子而根上生苗”，“牡”似指其可營養繁殖之意。戴蕃認為“因其花較大，枝幹較粗而有力，因此叫牡。《神農本草經》中，有牡桂、牡蠣、牡荊等藥，命名原則是一致的。”這也是一家之言。李時珍在《本草綱目》中，對鼠姑、鹿韭作為牡丹別名的含義沒有提及，這兩個名稱在《神農本草經》中已經出現，人們至今亦難解其意。
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