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作者 | 周亦川
英國劍橋大學研究人員在4月8日在《美國科學院院報》（PNAS）發佈的一項研究指出，中國武漢的COVID-19與歐洲和美國等其他國家地區的COVID-19分屬不同類型。
文章作者，英國劍橋大學遺傳學家Peter Forster博士介紹，研究組對第一批160個COVID-19人類患者完整病毒基因組序列進行分析，繪製了病毒突變的原始傳播圖，發現這些突變創造了不同的病毒譜系。
Forster說，病毒發生了很多的快速突變，無法精確追蹤COVID-19的譜系，但我們可以利用數學網絡算法將所有可能的進化譜系進行可視化。這種算法常用於通過DNA分析史前人類的活動情況，這是第一次用於追蹤COVID-19一類的冠狀病毒感染途徑。
研究人員使用了自2019.12.24至2020.3.4期間從世界各地採集的病毒基因數據，發現COVID-19存在三種不同的變體，可分為“A、B、C”三種類型。
其中，“A型”與蝙蝠和穿山甲身上發現的COVID-19最接近，即“原始人類病毒基因組”。“B型”來源於“A型”，“C型”又是由“B型”變異而來。A型病毒出現在武漢，但它不是武漢疫情爆發中主要的病毒類型。我們在居住在武漢的美國人身上發現了變異的A型病毒，同時在美國和澳大利亞患者樣本中發現了大量的A型病毒。
武漢患者樣本中最主要的是B型病毒，這在東亞各地的患者中普遍存在。然而，研究人員發現，它可能是東亞一個孤立的感染群體中建立起來的，如果沒有進一步的突變，這種變異不會傳播到世界其他地方。這意味著東亞以外的其他地區人類對B型病毒產生了“抵抗”。
另一種可能性，B型病毒在免疫和環境方面適於在東亞人群中傳播，我們看到在東亞的突變率低於其他地方。或許，該病毒在東亞之外需要通過變異適應新的環境。
“C型”是歐洲樣本中最主要的類型，我們在法國、意大利、瑞典和英國早期患者中發現了這種病毒。在中國大陸地區沒有發現C型病毒，但存在於新加坡、中國香港和韓國的樣本中。分析表明，意大利標本中的C型病毒與1月27日首先記錄的德國感染病例有關，而意大利另一類感染途徑與新加坡來源有關。
Forster在總結中表示，利用基因網絡技術，我們可以準確追蹤病毒感染途徑，通過突變和病毒譜系的分析將已知病例互相關聯。這種系統方法可以應用於最新的冠狀病毒基因組測序，預測未來疾病傳播和激增事件，遏制疾病在全球範圍內進一步傳播。
劍橋大學官網補充，目前，研究人員已將病毒基因組由160個擴展到1001個。現在的結果表明，COVID-19在人類首次感染和傳播發生在2019年9月中旬至12月初之間。
1.Cambridge
COVID-19: genetic network analysis provides ‘snapshot’ of pandemic origins
https://www.cam.ac.uk/research/news/covid-19-genetic-network-analysis-provides-snapshot-of-pandemic-origins?from=timeline&isappinstalled=0
2.PNAS
Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes
https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117
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