安德烈·多利亞死後，熱那亞人在政治上與西班牙的哈布斯堡家族越行越遠。由於熱那亞共和國城內28個家族中新老家族之間的矛盾，熱那亞共和國艦隊的建設遇到了極大的阻力。多利亞家族作為城市實際上的統治者，不允許有一支屬於國家的強大的艦隊，他們總是想盡辦法把資金挪到自己的私家艦隊裡面去，導致一度熱那亞艦隊中只有5條戰艦歸共和國所有。這樣的內耗當然無法將熱那亞的海上力量發揚光大，也降低了熱那亞人在哈布斯堡家族中的地位。到了安德烈·多利亞孫子的時候，西班牙王國艦隊司令已經由薩伏伊公爵擔任。此後熱那亞逐漸向一個自由港轉變。
西班牙王位戰爭之後，波旁家族替代了哈布斯堡家族擁有了西班牙王位。西班牙王后法爾內塞一度在意大利興風作浪，企圖將孃家——原帕爾馬公國的版圖納入手中。但是熱那亞並未受這些戰爭的影響。
不過到了法國大革命之後，熱那亞不可避免地被捲入其中。1797年，拿破崙征服意大利後，以熱那亞為中心，建立起一個“利古里亞共和國”。這個國家以法國為樣本，建立國家機構、頒佈法令，並與法國結盟。到了1806年，利古里亞共和國又被拿破崙粗暴地合併到他的帝國裡面。熱那亞就此永久失去了獨立的地位。
1814年，拿破崙失敗後，在維也納會議上，熱那亞被作為獎品分給了薩伏伊家族統治的皮埃蒙特-撒丁尼亞王國。皮埃蒙特-撒丁尼亞王國，一般教科書上稱其為“撒丁王國”，但其經濟中心在以重工業城市都靈為核心的皮埃蒙特地區。作為拿破崙戰爭的受害者，撒丁王國本來想獲得瑞士或法國的部分領土作為補償，但沒能如願。不過將熱那亞收入懷中倒的確是一個意外之喜。都靈的工業產品有了一個理想的出海口，熱那亞在戰火中重生，再度繁榮起來，也帶動整個撒丁王國的經濟發展。
維也納會議強化撒丁王國的主要目的在於堵住法國向阿爾卑斯山以東擴張的路線。但是強大起來撒丁王國反過來與法國結盟，通過三次獨立戰爭，趕走了境內的哈布斯堡家族勢力，改名意大利王國，完成了意大利復興大業。從這個結果上來看，熱那亞通過獻祭了自己，幫助整個意大利民族獲得了新生。
這，或許是古老的熱那亞共和國最美好的終局。
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